Такова была общая картина в московских хирургических клиниках в момент, когда Склифосовский вступил в заведование факультетской хирургической кафедрой. Легко представить себе ту колоссальную перемену, которая произошла, как только Склифосовский твердо принял принципы антисептики и постепенно освоил технику знаменитых листеровских повязок. Лапаротомии по поводу больших овариальных кист были для Склифосовского не новость: он их делал довольно много еще в самую раннюю пору своей деятельности в Одессе, а затем в Киеве. Здесь, в Москве, под покровом антисептики он начал делать глухое зашивание мочевого пузыря, операции зоба, экстирпацию гортани, операции мозговых грыж, гастростомии. А когда антисептика карболовой кислотой была заменена кипячением и стерилизацией белья и марли перегретым воздухом, то репертуар операций еще расширился, а венцом всего явились костнопластические операции при ложных суставах, вошедшие во все мировые учебники хирургии под названием «русский замок» или «замок Склифосовского».
Все это были невиданные и неслыханные вещи. Авторитет Склифосовского поднялся чрезвычайно высоко не только в России, но и во всем мире. Впервые слава московской хирургической школы бесспорно превысила традиционный примат хирургии петербургской, и притом не одним лишь блеском и талантом учителя, но также и обширной и очень яркой плеядой учеников-ассистентов, среди которых надо упомянуть Василия Алексеевича Красинцева.
Заслуги Склифосовского далеко не исчерпываются его деятельностью как хирурга-новатора и крупного ученого. Для Московского университета Склифосовский выстроил новые клиники – целый больничный городок на Девичьем поле; сам он начал работу в старой клинике на Рождественке. Склифосовский организовал Международный съезд врачей в Москве в 1897 г. и председательствовал на нем. Он же был главным инициатором и устроителем чествования 50-летия научной деятельности Н. И. Пирогова весной 1881 г. Склифосовский добился разрешения и открытия памятника Пирогову во время Международного съезда. Огромную организационную работу развернул Склифосовский и в последний период своей медицинской деятельности в роли директора Еленинского института усовершенствования врачей в Петербурге.
Но нас интересует его деятельность как военно-полевого хирурга, тем более что Николай Васильевич принимал непосредственное участие в четырех войнах. Первый раз австро-прусская война в 1866 г. застала Склифосовского усовершенствующимся в клинике Лангенбека, откуда он и выехал на фронт и даже занимал ответственную медицинскую должность при генеральном сражении под Садовой. Второй раз он уезжал на войну, уже будучи профессором в Киевском университете, на этот раз во время Франко-прусской кампании 1870 г. Здесь он увидел широкое применение в германской армии госпитальных палаток русского образца, предложенных и горячо рекомендованных Пироговым. Об этих палатках Склифосовский потом писал неоднократно и сетовал, что у себя на родине они не вводятся военным ведомством.
Третий и четвертый раз Склифосовский был на войне на Балканах. Сначала он был командирован в Черногорию в качестве хирурга-консультанта Красного Креста, а затем в 1877 г. уехал на русско-турецкую войну.
Опыт трех предыдущих войн многому научил Николая Васильевича, а потому в турецкой кампании его деятельность в качестве военно-полевого хирурга протекала особенно блестяще. Он был не только талантливым хирургом, но и опытным организатором. К этому надо добавить, что Николай Васильевич проявил большую личную храбрость в боях при переправе через Дунай, при трех штурмах Плевны и особенно у Грабова, у подножья Шипки, когда при контратаках армии Сулейман-паши Склифосовский работал под действенным огнем турок.
О масштабах работы можно судить по безукоризненным отчетам, ведшимся Склифосовским даже в наиболее горячие периоды боевой работы. Лишь под Булгарени через лазареты Склифосовского прошло около 10000 раненых.
Николай Васильевич оперировал иногда по четверо суток без сна и отдыха. Врачи и сестры, среди которых была и Софья Александровна – супруга Николая Васильевича, сопровождавшая мужа на войну и не покидавшая его ни при каких трудностях походной и бивуачной жизни на фронте, поддерживали силы Николая Васильевича тем, что изредка вливали ему в рот несколько глотков вина. Многочисленные сотрудники и ученики Николая Васильевича долго и с благодарностью вспоминали этот горячий период его работы, когда Склифосовский являлся не только несравненным мастером хирургии, но и лицом, объединявшим и воодушевлявшим всех окружающих своей доблестью и героизмом. «В награду за самоотвержение и мужество» в боях под Плевной Склифосовский был награжден орденом Св. Владимира 3-й степени с мечами.