В октябре 1991 года, во время проведения в Сантьяго-де-Куба IV съезда Коммунистической партии Кубы, над городом летали самолеты и вертолеты с базы, нарушая кубинское воздушное пространство.
В 1994 году база служила опорным пунктом для нападения на Гаити: американская военная авиация использовала аэропорты этого анклава. До середины 1995 года более 45 000 гаитянских эмигрантов побывали в концентрационных лагерях базы.
Также в 1994 году разразился известный миграционный кризис, вызванный ужесточением блокады и трудными годами особого периода, невыполнением Миграционного соглашения от 1984 года вследствие значительного сокращения выдаваемых виз и подстрекательства к нелегальной эмиграции, включая Закон об урегулировании статуса кубинских эмигрантов, установленный президентом Джонсоном уже более 40 лет назад.
В результате созданного кризиса декларация президента Клинтона от 19 августа 1994 года способствовала превращению базы в миграционный концентрационный лагерь для кубинских плотовиков, приблизительное число которых составило 30 000 человек.
В конечном итоге 9 сентября 1994 года администрация Клинтона и правительство Кубы подписали Совместное коммюнике, посредством которого Соединенные Штаты обязались не допускать въезда на свою территорию задержанных незаконных эмигрантов и выдавать как минимум 20 000 виз в год, что обеспечивало бы безопасный канал переезда в США.
2 мая 1995 года в виде составной части миграционных переговоров правительства Кубы и Соединенных Штатов приняли Совместную декларацию, в которой указывались действия, которые следовало предпринимать для возвращения на Кубу всех, кто продолжал пытаться незаконно иммигрировать в Соединенные Штаты и был задержан американской береговой охраной.
Заметьте, что это ссылка относится лишь к незаконным иммигрантам, арестованным береговой охраной. Так были заложены основы зловещего бизнеса — торговли людьми. Смертоносный закон сохранился. Куба оказалась единственной в мире страной, подверженной ударам подобного бича. Около 250 тысяч человек совершили переезд, используя безопасный канал, без малейшего риска; неисчислимы, однако, смертельные жертвы этой процветающей торговли иммигрантами — люди разных возрастов, среди Них женщины и дети.
После миграционного кризиса 1994 года по договоренности двух правительств начали проводиться регулярные встречи между представителями военного командования обеих сторон. Полоса земли, усеянная минами, иногда заливалась водой во время тропических гроз и выходящими из берегов реками. Нередко наши саперы рисковали своей жизнью при спасении людей, которые пересекали эту запретную зону, иногда с детьми.
В период с 1962-го по 1996 год зарегистрированы 8288 серьезных нарушений, происходящих с военно-морской базы в Гуантанамо, включая 6345 нарушений воздушного пространства, 1333 незаконных вторжений в кубинские территориальные воды и 610 территориальных нарушений. Из общего числа нарушений 7755 произошли в период с 1962-го по 1971 год.
Этот закон, подписанный президентом Уильямом Клинтоном 12 марта 1996 года, в Главе II об «оказании помощи свободной и независимой Кубе», в Разделе 201, касающемся «политики в отношении переходного правительства, избранного на Кубе демократическим путем», устанавливает в своем подпункте 12, что Соединенные Штаты должны «быть готовыми для ведения переговоров с правительством, избранным на Кубе демократическим путем, о возвращении военно-морской базы Соединенных Штатов в Гуантанамо или пересмотреть актуальное соглашение во взаимовыгодных терминах». Это еще хуже действия военного губернатора Леонарда Вуда, который вместе с Теодором Рузвельтом высадился поблизости Сантьяго-де-Куба. Речь идет об идее аннексиониста кубинского происхождения, управляющего Кубой.
В результате войны в Косово в 1999 году появилось большое число косовских беженцев. Правительство Клинтона, замешанное в войне НАТО, ведущейся против Сербии, приняло решение использовать базу в качестве убежища для многих из них, и в этот раз, впервые, ни с кем предварительно не проконсультировавшись, как это делается обычно, они сообщили Кубе о принятом ими решении. Наш ответ был конструктивным. Невзирая на наше противостояние несправедливой и незаконной войне, у нас не было причин, чтобы отказать в гуманитарной помощи, в которой могли нуждаться косовские беженцы. Мы даже предложили, в случае необходимости, сотрудничество нашей страны — оказывать медицинскую помощь или предоставлять любые другие услуги, которые им потребуются. В конце концов косовских беженцев не отправили на военно-морскую базу в Гуантанамо.