В идею «предустановленной гармонии» с Природой верил Ломоносов. «Напрасно думают, — писал учёный, — что все, как видим, сначала творцом создано. Таковые рассуждения весьма вредны приращению наук. Легко быть философом, выучив три слова: бог так сотворил, — и сие дая в ответ вместо всех причин». М. В. Ломоносов. Избранные философские произведения. М, 1950, стр. 397.
Вот так он описал обряд крещения, на котором ему пришлось побывать в 1883 году. «Большой каменный зал родительского дома, где должно было произойти крещение, не отапливался сутки, воду взяли прямо из колодца... ребенок кричал как резаный, изо всех сил, прерываясь только в короткие промежутки, когда переводил дух после полного погружения... он впал в бессознательное состояние, развились судороги и лихорадка...»
Ломоносов требовал чёткого разграничения науки и богословия. По инициативе Михаила Ломоносова в 1740 году была издана книга Фонтенеля «Разговор о множестве миров». Священный синод признал книгу «противной вере и нравственности», книгу изъяли и уничтожили. В 1757 году Ломоносов был обвинён Синодом в написании антиклерикальных произведений по ст.ст. 18 и 149 Воинского Артикула Петра I, предусматривавшим смертную казнь. Архимандрит Д. Сеченов написал пасквиль на Ломоносова, в котором требовал сожжения ученого именно за распространение материалистического понимания мироздания. Учёного не тронули, но многие его произведения и работы не увидели свет при его жизни.
Не угодил духовенству профессор математики Московского университета Д. С. Аничков (1733-1788). Прогрессивный ученый отвергал божественное происхождение религии. Диссертацию Аничкова «Рассуждение из натурального богословия о начале и происхождении богопочитания у разных, особенно невежественных народов» сожгли на Лобном месте в Москве.
В список запрещенных по религиозным мотивам книг в 1840-х годах были внесены сочинения Г. Р. Державина, А. Д. Кантемира, А. С. Пушкина, В. Г. Белинского, М. Шенье, В. Гюго, О. Бальзака и многих других.
При издании полного собрания сочинений Н. В. Гоголя в 1853 году по требованию духовных властей из его произведений исключили тексты, которые якобы были оскорбительными для церкви.
Ректор Троицкой духовной семинарии Савва, узнав, что у семинаристов есть печатные и рукописные сочинения Гоголя, Лермонтова, Пушкина, Белинского и других, ночью сделал обыск. Все отобранные книги он распорядился предать «торжественному сожжению» в присутствии преподавателей и учащихся. Митрополит Филарет одобрил действия Саввы и
впоследствии назначил его своим помощником.
При издании собрания сочинений Н. С. Лескова в 1889 году духовная цензура «растерзала» шестой том, в котором находились произведения из жизни духовенства. Тираж книги был уничтожен. Эту расправу Н. С. Лесков назвал «подлым самочинством и самовластием со стороны всякого прохвоста».
Знаменитый исследователь народного творчества А. Н. Афанасьев в 1860 году издал сборник народных сказок. Обер-прокурор Святейшего Синода граф Александр Петрович Толстой направил письмо министру Народного просвещения: «По поводу изданной книги господина Афанасьева под заглавием: «Русские народные легенды» высокопросвещенный митрополит Филарет обратился ко мне с письмом, в котором изъяснил, что… к имени Христа Спасителя и святых в сей книге прибавлены сказки, оскорбляющие благочестивые чувства, нравственность и приличие, и что необходимо отыскать средство к охранению религии и нравственности от печатного кощунства и поругания». Главное управление цензуры запретило перепечатывание книги Афанасьева, отпечатанные 5000 экземпляров были уничтожены.
Л.Н. Толстой находился под личным надзором обер-прокурора Синода Победоносцева. В 1901 году Синод запретил роман «Воскресение» за «неуважительные отзывы о православной церкви и христианстве».
Многие произведения писателя Льва Николаевича Толстого не были опубликованы, как противные учению и духу христианства. Священник Иоанн Кронштадтский назвал Толстого предтечею антихриста и даже самим антихристом, а его борьбу с Церковью – делом дьявольским.