«В начале войны, — вспоминает Судоплатов, — мы испытывали острую нехватку квалифицированных кадров. Я и Эйтингон предложили освободить из тюрем сотрудников НКВД. Циничность Берии и простота в решении людских судеб хорошо проявились в его реакции на наше предложение. Берию совершенно не интересовало, виновны или невиновны те, кого мы просили освободить. Он задал единственный вопрос:
— Вы уверены, что они нам нужны?
— Совершенно уверен, — ответил я.
— Тогда свяжитесь с Кобуловым, пусть освободит. И немедленно их используйте по своему усмотрению.
Я начал просматривать личные дела запрошенных сотрудников. Из дел следовало, что все были арестованы по инициативе и прямому указанию высшего руководства — Сталина и Молотова. К несчастью, С.М. Шпигельглас, Ф.Я. Карин, Т.С. Малли и другие разведчики к тому времени были уже расстреляны». Берия отдал распоряжение освободить из заключения более 20 человек из числа осужденных сотрудников советской внешней разведки.
Позже К.К. Квашнин в этой связи вспоминал:
«…По свидетельству П.А. Судоплатова, бывшего в начале войны одним из руководителей внешней разведки, события развивались так: на срочном совещании в Кремле у Сталина о задачах разведки в сложившейся обстановке, в котором принимал участие и Берия, Сталин вспомнил о Серебрянском и задал вопрос: «А где у вас Серебрянский?» Берия отрапортовал, что он осужден к расстрелу и сидит в Лефортово. На что якобы Сталин бросил реплику: «Что это у тебя, Лаврентий, творится, идет война, а у тебя разведчики сидят по тюрьмам?» Через час Серебрянский был освобожден и доставлен в наркомат на работу. Он достойно проработал всю войну. Сделал очень много по организации разведки на оккупированной немцами территории».
Согласно постановлению Президиума Верховного Совета СССР от 9 августа 1941 года, супруги Серебрянские были амнистированы и освобождены из заключения. 22 августа 1941 года Секретариат Президиума Верховного Совета СССР, рассмотрев ходатайство руководства НКВД (протокол № 97) постановил:
«1. Возвратить Серебрянскому Я.И. орден Ленина, Красного Знамени с орденскими документами;
2. Ввиду того, что принадлежащие Серебрянскому ордена Ленина № 3363 и Красного Знамени № 20171 были сданы в переплавку на Монетный двор, разрешить отделу по учету и регистрации награжденных взамен их выдать Серебрянскому ордена из фонда очередного вручения;
3. Выдать Серебрянскому Я.И. орденские документы, книжку денежных купонов с августа 1941 года».
Итак Я.С. Серебрянский был возвращен в органы НКВД и восстановлен в специальном звании старшего майора госбезопасности. 3 октября 1941 года, после двухмесячного лечения и отдыха, он был назначен начальником группы во 2‐й отдел НКВД СССР, который стал преемником Особой группы НКВД СССР.
По инициативе Серебрянского на должность начальника отделения связи 2‐го отдела был назначен его соратник, уволенный в 1938 году член СГОН, коминтерновец Вильям-Август Генрихович Фишер (Р.И. Абель).
В. Фишер в 1942–1944 годах руководил радиотехническим обеспечением оперативных радиоигр «Монастырь» и «Березино». В 1945 году Фишер становится сотрудником нелегальной разведки НКГБ — МГБ.
С 1948 года на нелегальной работе в США. Руководил группой агентов, которая добывала секретные материалы по созданию американцами атомной бомбы в сверхсекретном атомном центре в Лос-Аламосе. Получил широкую известность после выхода на экраны в 1968 году фильма режиссера Саввы Кулиша «Мертвый сезон». Именно тогда о нем и заговорили как о советском разведчике-нелегале полковнике Рудольфе Абеле. Скончался Вильям Фишер в 1971 году и похоронен на Донском кладбище Москвы.
Настоящий Рудольф Иванович (Иоганнович) Абель, уволенный в 1938 году из НКВД в связи с арестом брата В.И. Абеля, был также возвращен в разведку и воевал в составе РДГ ОМСБОН. Участник обороны Кавказа. Скончался в 1955 году.
3 октября 1941 года Особая группа при наркоме внутренних дел была преобразована во 2‐й отдел (зафронтовой работы) НКВД СССР: разведка, диверсии и террор в тылу противника. Начальником отдела был утвержден П.А. Судоплатов. Начальниками ведущих направлений и групп были назначены Я.И. Серебрянский, М.Б. Маклярский, В.А. Дроздов, А.Э. Тимашков, Г.И. Мордвинов.
Я. Серебрянский возглавил 3‐е отделение 2‐го отдела НКВД и одновременно особо засекреченную группу «Я». Он лично курировал вербовку агентуры для глубинного оседания в странах Западной Европы, а также отвечал за перепроверку разведывательной информации.
В составе спецгруппы Серебрянского состояли Герой Советского Союза Н.И. Кузнецов и Герой России Ю.А. Колесников. Последний вспоминал: «Что представляла из себя группа «Я»? О многом до сих пор сказать не могу. В кодексе группы, который, кстати, никто не отменял, было записано, что нигде, никогда, ни при каких обстоятельствах я не буду ни писать, ни рассказывать… Если же я нарушу мою клятву, пусть меня настигнет суровая кара. Для членов группы не было понятий «не могу» или «невозможно». Любое задание командования должно быть выполнено в срок».