В самом начале Великой Отечественной войны про Карела Смишека вспомнили в НКВД СССР. Возможно, его имя как радиоспециалиста назвал бывший главный резидент в Австрии Иван Винаров, который и сам уже работал в этой системе. В июле 1941 г. Карел Йозефович был командирован от этого ведомства на юг страны и пробыл там до сентября. Вполне вероятно, что он принимал участие в подготовке десантных групп, которые в конце лета были высажены в Болгарии и известны в истории как «подводники» и «парашютисты». Ведь среди руководителей их обучения был и Винаров. А Бейдо-Байер стал радистом одного из этих отрядов. В дальнейшем (до августа 1943 г.) Смишек служил радио-инструктором в органах того же наркомата, где занимался подготовкой кадров радистов для работы в тылу врага. В служебной характеристике указанного времени, с которой автору удалось познакомиться, его деятельность оценивалась положительно (30.12.1942 г.): «Тов. Сцинда подчеркивает, что знает т. Толлера только с положительной стороны по работе в системе НКВД». Густав Сцинда – немецкий коммунист, позднее отправленный из Москвы в советский партизанский отряд для выполнения особых заданий.
Вскоре встал вопрос об отправке в тыл противника и Карела Смишека. В связи с этим руководство Компартии Чехословакии дало ему такую оценку (30.03.1943 г.): «Он многие годы был изолирован от партии, но его специальная нелегальная работа, которую он продолжительное время выполнял, является гарантией его надежности». И в августе того же года его направили на учебу в спецшколу НИИ-100 при ЦК ВКП(б). НИИ-100 это одно из нескольких учреждений возникших в результате ликвидации Исполкома Коминтерна и заменивших его. Восьмимесячная подготовка успешно завершилась в апреле 1944 г. И на последнем ее этапе школьное начальство доложило по инстанции, что Карел Йозефович «к работе относится очень добросовестно и с интересом», а также «может самостоятельно изготовить и наладить аппаратуру».
Несколько месяцев он проработал в Москве в аппарате ЦК Компартии Чехословакии и в сентябре получил приказ десантироваться на базу одного из партизанских отрядов в Чехословакии, где в это время началось Словацкое национальное восстание. По начальству он доложил: «Все сообщения буду подписывать кличкой Смотров» (21.09.1944 г.), т. е. фамилий того ссыльного большевика, с которым судьба свела его в Сибири.
Перед отправкой Смишек забежал домой к Марии Сергеевне, попрощался с ней и с дочерью Любой, которая в это время гуляла во дворе. Больше они его не видели и не имели от него вестей. Ранее, в начале войны, спасаясь от налетов немецкой авиации на Москву, мать, дочь и сын эвакуировались из столицы в родные места Марии Сергеевны – деревню Большие Бугры Елецкого района, там, на короткое время, они оказались в оккупации, но вскоре были освобождены наступающей Красной Армией. Однако деревню немцы успели спалить, правда, предварительно выгнав из нее всех жителей. Через некоторое время после освобождения им удалось вернуться домой в Москву, где их и застал Карел Йозефович.
Прибыв на предназначенное ему место, он, в качестве радиста, работал с одним из лидеров КПЧ Яном Швермой, погибшим в бою с нацистами в ноябре 1944 г. Словацкое национальное восстание, в разнородном руководстве которого не было единства, разгромлено гитлеровцами в октябре. Однако на партизанское движение это особо не повлияло. Партизаны продолжали успешно действовать против врага и активно участвовали в освобождении страны. Потери вермахта в ходе восстания были значительными: 10350 военнослужащих убито, уничтожены 100 орудий и миномётов, 2 бронепоезда, 30 броневиков и бронемашин, свыше 1000 автомашин.
Когда наступило мирное время, партия направила Карела Смишека на работу в Министерство внутренних дел Чехословакии. Поначалу он был сотрудником МВД, потом помощником министра. Многие годы (1948–1961 гг.) возглавлял оперативно-технические подразделения в центральном аппарате Госбезопасности страны. В рамках своей компетенции он успешно обеспечивал деятельность всей системы ГБ, в том числе и внешней разведки. Несомненно, в этом ему помог десятилетний опыт работы на ВТМ в Праге и пятилетний – в НИИ по технике связи РУ Штаба РККА – РУ РККА.
Вместе с тем около трех лет (1945–1948 гг.) он был единственным радистом нелегальной партийной радиостанции, которая три раза в неделю поддерживала связь руководства КПЧ с Москвой. Материалы для сеанса связи ему доставлял специальный курьер. Некоторое время работа этой радиостанции продолжалась и после прихода к власти в ЧСР коммунистов (февраль 1948).
Надо заметить, что в чехословацком МВД в те годы трудился и хорошо знакомый ему Йозеф Бейдо-Байер.
После выхода на пенсию в 1961 году Карел Смишек не остался в стороне от своего ведомства, он участвовал, например, в подготовке молодых специалистов Корпуса национальной безопасности.
За свою многолетнюю деятельность он был награжден советскими орденами Ленина, Красного Знамени, Красной Звезды, медалью «За отвагу»; чехословацкими орденами и медалями.