О начале военных действий руководители служб и направлений НКГБ узнали от Меркулова в 3:00 в ночь на 22 июня. На срочном совещании — в связи с выполнением ответственных поручений — отсутствовали Фитин и Федотов. В тот день они находились за городом. Наиболее решительно повел себя Михеев, который немедленно сообщил о том, что в особых отделах армий и флотов имеются исчерпывающие инструкции о перестройке оперативной работы в условиях военного времени. Сообщение Меркулова, разумеется, не было неожиданным. Указания о боевой готовности, об обострении ситуации были переданы по линии органов НКВД и НКГБ 18, 19 и 20 июня 1941 года как в территориальные подразделения, так и по линии военной контрразведки, а также в штабы и командованию пограничных и внутренних войск, дислоцированных на Украине, в Белоруссии и Прибалтике.
Там боевая готовность была объявлена фактически 21 июня в 21:30, то есть до получения санкционированной Сталиным известной директивы наркома обороны. По линии разведки мы также отправили предупреждение об обострении обстановки в Берлин, где посол Деканозов утром 21 июня отдал распоряжение персоналу не покидать без специального разрешения территорию наших миссий за границей и всем сотрудникам докладывать о месте своего нахождения.
В тот же день в Берлин поездом прибыл ряд сотрудников нашей разведки, вызванных из Франции, Дании и Италии. На вокзале их встречал резидент Кобулов.
Надо сказать, что проявленные на местах собранность и дисциплинированность позволили нам без особых проблем быстро эвакуировать свой аппарат по дипломатическим каналам. Настороженность, которую мы проявляли перед войной, предполагая возможность вторжения немцев в наши консульства, положительно сработала и при уничтожении всех средств шифросвязи в Берлине, Париже, Риме, Копенгагене. К сожалению, финнам удалось захватить ряд средств шифропереписки, в том числе кодовую книгу в нашем консульстве в Петсамо. Позже, в 1944 году, финская разведка передала эти материалы английским и американским спецслужбам. Это положило начало почти тридцатилетней операции английских и американских криптографических служб по дешифровке переписки резидентур советской военной разведки и НКВД из США, Швеции, Англии, Турции, Болгарии с Центром в 1941–1946 годах.
Но мы допустили ошибку, понадеявшись, что наши резидентуры в Западной Европе, получив предупреждение, правильно сориентируются и перестроят свою работу на военный лад. Как оказалось, даже опытные работники разведки, находившиеся за кордоном, имели очень смутное представление о том, как организационно будет строиться работа в условиях начала военных действий. Особенно это коснулось радиотехнического обеспечения в условиях перехода агентуры на нелегальное положение.
Все просчеты и недостатки организационного характера органов безопасности в этот сложнейший период для нашей страны, к сожалению, освещены недостаточно. Откровенно говоря, это относится не только к спецслужбам. Воспоминания С. Штеменко, Г. Жукова и А. Василевского, Н. Кузнецова лишь только чуть приоткрывают страницы, связанные с организацией работы военного аппарата в начальный период войны. Недостаточное внимание этой теме, по-моему, уделил и наш военный историк В. Анфилов в своей работе «Провал „Блицкрига“».
Получив указания Берии (17-го или 18 июня 1941 года) об организации разведывательно-диверсионного аппарата на случай начала войны, я столкнулся с исключительно сложным вопросом: каким образом самостоятельная служба диверсий и разведки будет действовать в прифронтовой полосе и ближайших тылах противника во взаимодействии с военной контрразведкой? Ведь в прифронтовой полосе именно она олицетворяла действия органов госбезопасности.
Как известно, в феврале 1941 года особые отделы, военная контрразведка были переданы в оперативное подчинение наркомата обороны. Встал вопрос: кому непосредственно должна быть подчинена военная контрразведка — военному руководству или наркому госбезопасности? Четко отработанного механизма двойного подчинения не было. Военная же контрразведка не может работать эффективно, не опираясь на общие директивы по обеспечению госбезопасности в Вооруженных силах.
Накануне войны был создан так называемый межведомственный совет НКВД-НКГБ и наркомата обороны по координации работы военной контрразведки.