Школу ЦК ВКП(б) Белоруссии, находившуюся в городе Орле, как накопившую опыт, Пономаренко предлагал сделать центральной по подготовке инструкторов-диверсантов и передать Брянскому фронту. Подготавливать диверсантов необходимо не только для направления в тыл, но и для работы в прифронтовых районах в зоне 100–150 километров от фронта. Пономаренко доказывал, что подготовленные школой диверсанты действуют наиболее надежно, процент выполнения ими боевых заданий колеблется от 50 до 60 процентов. Кроме того, для этого вида работы, по его мнению, очень подходят девушки, женщины и подростки, пожилые люди, то есть группы местного населения, на которые противник не обращает особого внимания.
Любопытно, что вначале диверсионные операции предполагалось осуществлять с помощью сигнальщиков, которых решено было направлять в тыл к немцам. Уже в июле появилась специальная директива народного комиссара госбезопасности о том, что из числа проверенных, лояльно настроенных к нам лиц, а также из числа агентов, которые не могут быть использованы для более активных целей, следует организовать кадры сигнальщиков. Оставаясь на территории противника, они должны были всеми доступными им способами — ракетами, кострами, включением света ночью — во время налетов нашей авиации подавать световые сигналы, указывая тем самым места расположения особо важных объектов противника.
В этот же период была издана директива о специальных акциях на аэродромах противника. В ней говорилось, что быстрое наступление немецких войск неизбежно повлечет за собой перебазирование самолетов. Известные нам аэродромы становились объектом диверсионной работы.
В сентябре-октябре 1941 года стало очевидным, что нахождение в тылу противника партизанских соединений чрезвычайно эффективно, поскольку они и диверсионные группы отвлекают на себя крупные воинские соединения. Поэтому в Генштабе и в НКВД склонялись к тому, что складывающееся движение сопротивления в тылу противника по состоянию к осени 1941 года следует рассматривать как особый фронт борьбы на коммуникациях немецко-фашистских войск. Этот очень важный вывод сделал заместитель начальника оперативного управления Генштаба, в то время генерал-майор А. Василевский. Тогда Пономаренко и Берия поставили вопрос перед Сталиным о взаимодействии операций партизанских отрядов с обороняющейся и контратакующей Красной армией.
В то время мы такие вопросы обсуждали уже на уровне Генштаба и НКВД, Попова и Маленкова в ЦК ВКП(б), которым Сталин поручил этим заниматься.
Партизанское движение было сильно не только тем, что носило народный характер, но и своей организованностью. Немцам, несмотря на предпринимаемые карательные операции, не удалось подавить его. Они не смогли нанести удар по самой сердцевине сопротивления. Без ликвидации организационной основы партизанского движения, его штабов, руководства наших оперативных групп, отдельных видных руководителей нельзя было рассчитывать на успех в подавлении партизанских отрядов.
Как известно, сопротивление националистов в Прибалтике и Западной Украине после Великой Отечественной войны прекратилось только тогда, когда были ликвидированы и разгромлены их штабы. Сделать это мы смогли с помощью агентурного проникновения в их руководящие организации, благодаря разжиганию внутренних противоречий. Кроме того, нам удалось взять под контроль основные линии связей националистического подполья с зарубежными центрами, поддерживавшими его идеологически и материально. Без этого не могло идти и речи о стабилизации обстановки и мирной жизни в Западной Украине и Прибалтике.
Организация разведывательно-диверсионной деятельности в связи с быстрым продвижением противника требовала прежде всего взвешенного подхода, хотя делать это необходимо было в крайне сжатые сроки. Обнаружилось явное несоответствие в разграничении функций между органами военной контрразведки и нами. Военная контрразведка способствовала заброске разведывательно-диверсионных групп в прифронтовую полосу. Для этого она имела большие возможности. Но вся тяжесть работы по организации партизанского движения и разведывательно-диверсионной деятельности на базе периферийных служб НКВД и агентуры, которая осталась на оккупированной территории, легла на плечи аппарата Особой группы — 2-го отдела НКВД.
Прежде всего нужно было наладить использование агентуры в тылу противника, чтобы установить, какие зоны из занятых им территорий находятся под его контролем.