В заливе Неелова, куда поступают воды Быковской протоки дельты, среднее количество микроорганизмов за весь период наблюдения составило 6,9x106 кл/л, сапрофитных бактерий – 3,0x106 кл/л.). В заливе Булункан было обнаружено 80 видов водорослей, из них диатомовых 57 видов, зеленых 6, синезеленых 7, жгутиковых 6. Максимум значений общей численности составляет 778 тыс. кл/л, общей биомассы – 9.74 мг/л. температуры воды и повышением прозрачности. Виды-индикаторы указывают чаще всего на мезосапробные воды, т. е. загрязненные. Видовой состав зоопланктона характеризуется преобладанием организмов солоноватоводной и пресноводной фауны (до 70 % видов – речные). Средняя численность зоопланктона составляла 923 экз/куб. м, биомасса – 135.1 мг/куб. м (в зимний период). Летом средняя численность составляла 932 экз/куб. м, биомасса- 290 мг/куб.м. Устойчивость водных биоценозов мелководий к возмущающему воздействию антропогенных факторов весьма низкая, что определяется экстремальностью и резкими флуктуациями водной среды [5]. Концентрации загрязняющих веществ имеют тенденцию к снижению по мере удаления от устьев проток дельты р. Лены в сторону моря и с возрастанием глубины моря. В отдельные периоды залповые поступления с речным стоком в устье р. Лены загрязняющих веществ, в том числе, сульфидов и хлоридов, приводят к колебаниям численности и биомассы зоопланктона и эпифауны (мобильной части бентоса). Исследования состояния вод в устье Лены (Гуков,1989) показывает прямую зависимость чистоты воды во всем бассейне реки и ее устье. Результаты говорят о возможности воздействия на прибрежную, наиболее мелководную часть шельфа моря Лаптевых, со стороны загрязненных нефтью и другими веществами речных вод. Способность водной экосистемы реки переработать и нейтрализовать загрязняющие вещества (ассимиляционная емкость) достаточна для ликвидации последствий крупных разливов нефтепродуктов в период открытой воды, однако значительно осложняется в зимний период. В самоочищении вод участвуют микроорганизмы, фитопланктон, высшие растения, беспозвоночные животные, планктон и бентос, рыбы.). Для определения качества воды уже апробирована классификация Вудивисса (Вудивисс, 1977). Согласно организмы без изучения деталей их внешнего строения. В зависимости от количества групп организмов бентоса, присутствующих в пробе, а также наличия или отсутствия видов-индикаторов, присваивается определенный балл по предложенной Вудивиссом шкале. Качество воды, в соответствии с этой шкалой, может быть оценено от 0 баллов до 10 баллов (от «грязной» воды до «чистой»). Для определения биотического индекса применяется рабочая шкала, используемая в Гидрометеослужбе. Другим индексом, используемым в работе, является индекс Гуднайта – Уитли, который учитывает роль многощетинковых червей-олигохет в пробе и отношение их к общему числу организмов. Система определения предельно-допустимой концентрации веществ (ПДК) не позволяет учесть отклик экосистем на концентрацию загрязнителя, а также региональные и локальные особенности водного объекта. В воде образуются сложные комплексы различных химических соединений антропогенного происхождения, которые не могут быть учтены методами гидрохимии и только методы гидробиологической индикации позволяют получить реальные данные о состоянии водных объектов, степень антропогенного воздействия на экосистему. Сравнение данных многолетних рядов позволяет выявить динамику и тенденции процессов.