3) с целью дискредитации колхозного строя организовал в пограничных с Латвией районах Калининской области самоликвидацию 30 колхозов;
4) с целью подрыва обороноспособности СССР законсервировал ряд работ по укреплению советско-латвийской государственной границы;
5) поддерживал шпионские связи с бывшим секретарем Бобрикского райкома ВКП(б) Еновым и через него передавал врагу народа Уборевичу секретные сведения, составлявшие государственную тайну.
Следствие по делу Михайлова М. Е. велось с грубыми нарушениями закона.
Михайлов М. Е. был арестован 10 ноября 1937 года без санкции прокурора. Обвинение Михайлову не было предъявлено. К его делу приобщены никем не подписанные и не заверенные копии протоколов допросов 20 лиц, арестованных в 1937 году управлением НКВД по Калининской области, с показаниями которых Михайлов ознакомлен не был. По фактам, которые ему вменялись в вину, и по показаниям других лиц Михайлов ни разу не допрашивался.
В начале следствия у Михайлова М. Е. были отобраны собственноручно написанные им 2 черновика заявлений на имя Ежова и 2 черновых наброска его показаний, в которых Михайлов называл себя участником антисоветской террористической организации правых и приводил названные выше факты своей контрреволюционной деятельности. Однако в дальнейшем Михайлов от этих своих заявлений и показаний отказался и стал категорически отрицать свою вину.
Дело Михайлова М. Е. велось сотрудниками 4 отдела ГУГБ НКВД СССР Гатовым М. Л. и Глебовым-Юфа 3. Н., которые в 1938 году сами были арестованы, как участники контрреволюционной организации в аппарате ГУГБ НКВД СССР и осуждены к расстрелу.
Показания Глебова-Юфа, имеющиеся в его архивно-следственном деле, и показания допрошенных в настоящее время бывших оперуполномоченных 4 отдела ГУГБ Неймана Е. И. и ныне арестованного Родоса Б. В., свидетельствуют о том, что добиваясь от Михайлова показаний, следователи его избивали и применяли другие незаконные методы следствия. Так, на очной ставке с Левиным А. А. в Лефортовской тюрьме Михайлова избивали Ежов, Фриновский, Каруцкий и другие бывшие руководящие работники НКВД СССР.
При рассмотрении дела в Военной коллегии Верховного Суда СССР 1 августа 1938 года Михайлов виновным себя также не признал и вновь отказался от всех своих заявлений и показаний.
Свидетели в суд не вызывались.
Изучением архивно-следственных материалов на лиц, проходивших по делу Михайлова, и допросами свидетелей установлено, что обвинение против Михайлова было сфальсифицировано.
Названные Михайловым М. Е. лица, с которыми он якобы был связан по контрреволюционной деятельности, Копелев С. Л., Енов и другие в числе 14 человек, на следствии никаких показаний о Михайлове не давали. Только Яковлев Я. А. и Левин А. А., допрошенные в один и тот же день 11 ноября 1937 года (т. е. на следующий день после ареста самого Михайлова), показали о нем, как об участнике контрреволюционной организации правых, хотя до того они на допросах Михайлова вообще не называли.
Однако эти показания Яковлева и Левина имели весьма противоречивый и неконкретный характер, расходились с показаниями самого Михайлова и не были подтверждены другими свидетелями. Кроме того, при оценке показаний Яковлева Я. А. следует иметь в виду то, что, по свидетельству бывшего сотрудника 5 отдела ГУГБ НКВД СССР Казакевича В. М. (допрошен 21 августа 1954 года), Яковлев дважды отказывался от своих показаний, а затем после применения к нему мер физического воздействия вновь подтверждал их.
Показания о Михайлове 20 арестованных, копии протоколов допросов, которые были приобщены к его делу, также не могут служить доказательством вины Михайлова М. Е. Из числа названных лиц 10 человек от всех своих показаний отказались, заявив, что давали их вынужденно, после применения к ним мер физического воздействия (эти лица освобождены), а остальные арестованные, хотя и были осуждены, но никаких компрометирующих Михайлова показаний не давали. Всех этих лиц допрашивали бывшие работники управления НКВД по Калининской области: Никонов А. Н., Листенгурт Р. Н., Рождественский А. К., Ягодкин А. А., Моисеев Н. Г., Лисицин А. Н. и другие, которые в 1938–1939 гг. за факты фальсификации следственных дел и извращенные методы следствия сами были арестованы и осуждены, в том числе Никонов, Листенгурт, Рождественский и Лисицин — к расстрелу.
Обвинение Михайлова М. Е. во вредительской деятельности в сельском хозяйстве и организации самороспуска 30 колхозов в пограничных с Латвией районах Калининской области является неосновательным.