Реферат, курсовая, диплом на компьютере

Чтобы создать копию структуры, выделите ее мышью и в открывшемся окне Group Editor (Редактор групп) нажмите Clone (Дублировать).

В ходе написания реакции мы обратились практически ко всем меню ChemPen3D. Чтобы у вас не возникло путаницы с их многочисленными командами, коротко скажем о назначении наиболее важных из них.

• Symbol (Символ). Вызывает окно Add Symbol (Добавить символ), из которого в рабочую область можно вставить стрелки-разделители реагентов и продуктов реакции (в том числе и обратимой), символы частичных зарядов на атомах, знаки «+», «°С». Отсюда же кнопкой Text (Текст) вызывается окно текстового редактора (Text Editor), в котором создаются комментарии.

• Benzene (Бензол). Команда Add (Добавить) помещает в документ молекулу бензола, Branch (Присоединить) вводит в структуру фенильный радикал, Fuse (Слить) позволяет создать конденсированное ароматическое соединение путем присоединения по двойной связи к бензольному кольцу (если оно есть в документе) еще одного кольца.

• Ring (Кольцо). С помощью команд этого меню в документ можно ввести (Add (Добавить)) циклический углеводород с количеством атомов углерода от трех до десяти, присоединить циклический радикал к другой молекуле (Branch (Присоединить)), создать конденсированную структуру (Fuse (Слить)) или сделать один из углеродных атомов общим для двух циклов (Join (Объединить)). (Размер присоединяемого кольца выбирается здесь же).

• Chain (Цепь). Командой Add (Добавить) можно поместить в рабочую область предельный (нормальный или разветвленный) углеводород (первый столбик списка) или молекулу с двойной или тройной связью (второй столбик списка). Команда Branch позволяет присоединить к молекуле углеводородный радикал.

• Branch (Присоединить). Меню содержит множество групп, наиболее часто встречающихся в органической химии.

• Atom (Атом). Меню позволяет вставлять в документ различные атомы (команда Add), ионы и молекулы (команды Add AHs и Add Molecule), а также присоединять атом к структуре (Branch) или соединять два атома связью (Link Atoms).

• Undo/Redo. Отмена/восстановление последнего действия.

• Reset. Сброс из памяти последней команды.

• File. Данное меню содержит стандартные команды открытия нового (New) или уже существующего файла (Open), сохранения документа в стандартном формате ChemPen3D – СНР (Save) или других доступных форматах (Save As), распечатки документа (Print), копирования формул в буфер обмена (CopyToClipboard), настройки шрифтов (Font).

Помимо стандартных пунктов, в меню File (Файл) есть замечательные команды, позволяющие создавать реальное трехмерное изображение молекулы с соблюдением соотношения размеров атомов, длин связей и валентных углов. Благодаря 3D-функциям вы не только узнаете, в каком виде в действительности существуют молекулы того или иного вещества, но и сможете украсить свой доклад эффектным рисунком.

Как создать 3D-изображение, рассмотрим на примере нуклеотида – основной структурной единицы молекулы ДНК, которая выполняет в организме роль носителя генетической информации.

В первую очередь нужно построить обычную двумерную молекулу точно так же, как мы поступали выше. Мы подробно рассмотрели приемы работы в ChemPen3D, поэтому трудностей с этим у вас возникнуть не должно (рис. 3.15).

Рис. 3.15. Двумерная структура нуклеотида

Как видите, молекулу мы изобразили ровную, с прямыми углами, однако сделали это лишь для удобства восприятия. На самом же деле геометрия молекулы (длины связей и валентные углы) совершенно иная и соответствует наименьшей энергии (другими словами, молекула стремится к тому, чтобы в ней не было каких-либо напряжений и межатомных отталкиваний). Чтобы привести молекулу в реальное состояние с наименьшей энергией, выполните команду File → 3D Optimizer (Файл → 3D-Оптимизатор) и в открывшемся окне Optimize Geometry (Оптимизировать геометрию) нажмите GO. На ваших глазах в структуре изменятся длины связей и углы между ними. Чтобы отобразить скрытые атомы водорода, выполните команду Atom → Add Hs 3D (Атом → Добавить Н 3D).

Теперь переходим к самому интересному – трехмерной визуализации. За вид молекулы в трехмерном пространстве отвечает пункт 3D Views (3D-виды) меню File (Файл). Выполнив соответствующую команду, вы сможете выбрать один из 15 типов отображения. После этого молекула превратится в красочную 3D-структуру (рис. 3.16).

Рис. 3.16. Трехмерная структура нуклеотида (в двух ракурсах)

После выполнения команды File → 3D Animator (Файл → 3D-аниматор) молекула начнет вращаться в выбранном вами направлении.

Глава 4 Построение графиков и диаграмм

Используя диаграммы, вы сможете гораздо нагляднее представить данные, содержащиеся в работе. Диаграммы оживляют числа, с их помощью столбцы значений могут превратиться в рисунки, на которых отобразится тенденция изменения данных. Строить диаграммы можно как в текстовом редакторе Word, так и в табличном процессоре Microsoft Excel, после чего вставлять их в документ.

4.1. Оформление диаграмм