Реальное состояние Военно-Морских Сил страны, с которого должно было начаться преобразование, оказалось не менее удручающим, чем состояние Военно-Воздушных Сил
Вопросам состояния дел в Военно-Морском Флоте, качества его боевой подготовки большое внимание уделяли лично народные комиссары НКВМ и председатели РВС СССР М.В. Фрунзе и К.Е. Ворошилов. В июне 1925 г. М.В. Фрунзе участвовал в походе кораблей Балтийского флота на борту линкора «Марат». В 1927 г. в походе боевых кораблей Балтийского флота и в смотре военно-морских сил Черного моря принял участие К.Е. Ворошилов. В подготовленном в связи с этим циркуляре дан ряд положительных оценок силам флота. Вместе с тем указано на крайне неудовлетворительное состояние дел на Балтфлоте, в том числе, на хозяйственный упадок главной базы флота – Кронштадта, на плохое состояние рейдов, фарватеров, причалов, пирсов, фортов, на отсутствие на кораблях чистоты и порядка. Вместе с тем, отмечалось еще более худшее, чем на Балтфлоте, положение дел на Черноморском флоте
На протяжении всех рассматриваемых лет командование, штаб РККФ, руководство и политсостав флотов выражали озабоченность положением дел, предпринимали инициативные действия по вопросам программно-планового судостроении, достройки, судоремонта, модернизации кораблей, снабжения боевых кораблей и вспомогательных судов топливом. Морским ведомством представлялись в Реввоенсовет СССР проекты трехлетнего, пятилетнего и десятилетнего планов строительтства РККФ
Основой в работе центрального аппарата Военного ведомства пленумом РВС был признан принцип разграничения сфер деятельности между четырьмя главными функциями подготовки страны и вооруженных сил к обороне СССР со сосредоточением каждой из этих функций в центральных органах: 1) для подготовки страны к обороне образован Штаб РККА; 2) административное руководство повседневной работой сосредоточено в Управлении РККА; 3) боевая подготовка РККА и ее инспектирование стали прерогативой деятельности Инспектората РККА; 4) снабжение Красной Армии всеми видами довольствия (кроме специального снабжения ВМС и ВВС) сосредоточивалось у Начальника снабжений РККА.
Для выполнения специальных функций по учебной, строевой, боевой, политической подготовке личного состава были созданы соответственно управления Военно-Морских Сил, Военно-Воздушных Сил и Политическое управление РККА.
Подходы, положенные в организацию центрального аппарата февральско-мартовским пленумом РВС СССР, распространились и на местные органы управления войсками – в округах, фронтах, армиях. При этом обращалось внимание на территориальные основания с учетом оперативного и мобилизационного значения того или иного окружного (армейского) аппаратов