Однако процесс исторического развития коренных народов в условиях включения в состав Русского государства, несмотря на рост их совокупной численности, действительно был не всегда однозначным. В отдельные периоды численность населения в пределах некоторых районов реально падала и иногда весьма существенно. Причинами этих колебаний, как выяснили исследователи на примере отдельных народов, были широкие процессы ассимиляции, переселения из одних административных районов в другие, насильственные угоны населения иноземными захватчиками, эпидемии болезней. Были отмечены и некоторые недостатки в системе подсчета численности населения, приводившие к серьезным погрешностям. В то же время, пока детально не выявлен полный комплекс причин колебаний численности, а также не прослежены эти явления на протяжении всего периода совместной жизни русского народа и коренных жителей, поддерживается точка зрения о вымирании коренного населения Сибири.
К моменту прихода русских людей в Сибирь среди коренных жителей уже шли заметные процессы внутренней ассимиляции. Так, у ненцев и северных коми эти явления привели к ассимиляции части ненцев (в основном через брачные контакты) и к образованию в XIX веке особой этнографической группы колвинских ненцев («колва-яран»); к концу XIX века ненцы Усть-Колвинской волости и более южных районов в большинстве своем были уже православными и жили, как зыряне18
. Таким образом, они были исключены из процессов консолидации ненецкого народа. В свою очередь (по данным XX века), среди сибирских ненцев не менее 12 % происходили от ассимилированных ненцами ханты и не менее 8 % – от ассимилированных ненцами энцев. В течение XVII века на Таймыре слились в единое целое «пясидская самоядь» и тавги, образовав новое племя нганасан, которое в течение XVIII века ассимилировало часть тунгусов-ванядов (маятов)19. Другим заметным явлением в процессах ассимиляции в XVII–XX веках была начавшаяся задолго до этого тюркизация угро-, кето-, самоедоязычных и других групп населения по всей зоне таких контактов, от Урала до Саян и Якутии. Среди наиболее масштабных здесь были: ассимиляция в XVII–XVIII веках татарами некоторых групп южных ханты (частично устанавливается также и по данным археологических раскопок в Барабе)20; селькупского и тунгусского населения в Томском Приобье в XVII–XIX веках со стороны различных местных групп тюркоязычного населения; кето– и самоедоязычных этнических групп на Енисее (аринцы, ястынцы, котты, моторы, камасинцы, асаны, кашинцы и другие) в XVII–XIX веках со стороны качинцев, кызыльцев, тубинцев и других тюрков; почти полная к концу XIX века тюркизация кумандинцев (этноса во многом еще не установленного происхождения) со стороны окружающего тюркского населения Алтая; тунгусов и юкагиров со стороны якутов почти по всей территории современной Якутии. На Таймыре оленные эвенки (роды Эджен, Долган и другие) продолжали в XVIII веке якутизироваться и впоследствии стали основой нового тюркоязычного народа – долган. В сегодняшней Якутии, например, нет чисто эвенкийских или эвенских селений – эвенки и эвены, как правило, живут вместе с якутами и русскими. В результате смешения якутов и эвенков появилась этнографическая группа ессейских якутов, отличающаяся по многим признакам от основного этноса. По данным переписей, проживавшие в Якутской АССР эвенки считали своим родным языком якутский: В 1959 году – 76,4 %, в 1979-м – 82,2 %21.