Там, где быстро устанавливалась твердая государственная власть (что было характерно почти для всей территории Сибири), коренное население испытывало минимум неудобств и лишений. Там же, где это из-за значительной удаленности или по каким-либо иным причинам происходило с запозданием (например, в Приамурье, на Камчатке, Курильских и Алеутских островах), местные жители, как известно, сильно страдали от бесконтрольного хозяйничанья пришельцев. Так что отношение к коренному населению в Сибири объяснялось не загадочностью и широтой русской души или гуманизмом, а чисто практическим интересом, связанным с задачами удержания с минимальными затратами данной территории вместе с населявшими ее народами и пополнением казны. В основе этого лежал насаждаемый правительством и наработанный в течение столетий положительный стереотип восприятия коренного жителя, позволявший в реальной жизни терпимо относиться к его инокультурной традиции. Это же, несмотря на мощнейшие тенденции ассимиляции, способствовало и сохранению вплоть до настоящего времени подавляющего большинства сибирских этносов. Народы Сибири не были истреблены пришельцами, как это произошло, например, с индейцами многих регионов Америки или тасманийцами. Они в основном сохранили свой бытовой уклад, свой язык. В их истории не отмечалось острых и масштабных конфликтов на национальной, антирусской почве, а отдельные вспышки таких возможных конфликтов гасились покровительственной по отношению к ним политикой русского правительства. Жизнь коренных народов Сибири в рамках Российской империи до наступления процессов модернизации (массовая урбанизация, призыв в армию, ассимиляция) являет собой классический пример сосуществования имперского центра и периферии, в рамках которого периферия обладала достаточно большой свободой для собственного развития и сохранения традиционного социального уклада жизни.
Система управления «инородцами» включала в качестве важнейшего элемента принцип их внутреннего самоуправления. Организацией жизни коренного населения ведали административные органы, созданные из числа самих коренных жителей. Принцип их формирования зависел от конкретных условий района. Местное управление строилось не на территориальном принципе, а на основе этноконфессиональной принадлежности людей. Какие-либо автономные территориальные образования в Сибири, в отличие от Финляндии, Польши и Средней Азии, отсутствовали. Тем не менее в повседневной жизни людей обеспечивалась реальная, внутренняя автономия коренных жителей. Принимаемые в течение XVII–XIX веков меры по организации этого управления оказались достаточно эффективными и положительно сказались на численности коренных жителей, которая выросла к концу XIX века в 4 раза.
В начале XX века царское правительство заняло более интервенционистскую позицию по отношению к сибирскому региону и его населению, которая ухудшила его экономическое положение и привела к уменьшению численности некоторых из проживавших на территории империи народов (применение норм землеустроительного закона 1900 года, мобилизация коренного населения в ходе Первой мировой войны и другое). В результате реакции коренного населения на более интервенционистскую политику имперского центра и правительства, падение царского режима в 1917 году и попытки его восстановления в ходе Гражданской войны не вызвали поддержки со стороны коренного населения Сибири.
В ходе революции и Гражданской войны контрреволюционные власти и большевики на первых порах изменений в системе управления почти не производили. Реальные нововведения начались лишь в 1920-е годы. Советское правительство от принципа этноконфессиональной автономии перешло к системе территориальной автономии, полностью унифицировав в этом отношении Сибирь и остальные территории СССР. Тем самым была ликвидирована определенная национальная замкнутость, оторванность коренных сибиряков от процессов социально-экономического развития в стране, характерная для дореволюционной эпохи. Руководствуясь в основном теми же принципами, что и организаторы реформы управления «инородцами» 1822 года, советское руководство разделило все народы Сибири на отдельные группы и, соответственно, придало им разные формы и уровни автономии – автономные республики в составе РСФСР (Бурятия, Якутия, затем Тува), автономные области в составе краев (Хакасия и Горный Алтай), автономные округа в составе краев и областей (Ямало-Ненецкий, Ханты-Мансийский, Эвенкийский и другие), автономные сельсоветы (например, для селькупов и некоторых других малочисленных народов). После ряда изменений, переделов территорий и т. п. данная система управления к середине 1940-х в основном устоялась и просуществовала почти без изменений до 1991 года.