В царствование Николая I давление пр-ва на еврейское население усиливается. В 1827 на евреев была распространена рекрутская повинность, причем в повышенной норме. Призывали в «кантонисты» детей и подростков с 12 лет, к-рых зачастую насильно заставляли креститься. За отличную службу некрестившийся еврей-солдат мог быть награжден, но не имел права иметь звание выше фельдфебеля. Вместе с тем отслужившие 25-летнюю службу «николаевские» солдаты получали право повсеместного проживания. В 1844 кагалы «как оплот религиозного фанатизма» упраздняются и в том же году в Вильно и Житомире учреждаются два раввинских училища для воспитания будущих духовных наставников в угодном для пр-ва духе. В кон. царствования Николая I пр-во было сильно обеспокоено распространением среди крестьян исконно русских губ. Саратовской, Московской, Тамбовской, Воронежской и др. «еретических» сект «жидовствующих», или субботников, отвергавших христ. культ. Хотя было доказано отсутствие к.-л. миссионерской деятельности со стороны евреев, это безусловно способствовало введению новых ограничений для «лиц иудейского вероисповедания». После отмены крепостного права и либеральных реформ Александра II был отменен институт «кантонистов» и евреи были уравнены с др. гражданами в отношении воинской повинности. Постепенно «право жительства» вне черты оседлости было предоставлено богатым купцам и промышленникам, лицам с высшим образованием, ремесленникам, провизорам и фельдшерам. Это способствовало появлению новых общин как в коренной России, так и в Сибири. С развитием революционного движения в России в кон. 19 нач. 20 в. усиливается тенденция правового ограничения в отношении евреев. По городам и местечкам юга страны прокатываются волны еврейских погромов, вводятся строгие процентные нормы для еврейских учащихся в учебных заведениях. Такое положение приводит, с одной стороны, к массовой эмиграции евреев в Америку и Европу, а с другой к уходу радикально настроенной молодежи в различные русские революционные партии или в националистическое сионистское движение. Влияние религии начинает ослабевать, хотя в нач. 20 в. большинство из более чем 5-миллионного еврейского населения империи все еще проживало в городках и местечках черты оседлости, придерживаясь освященных веками традиций. Согласно переписи 1897, подавляющее большинство евреев указало в качве родного языка идиш и только 67 тыс. русский. Среди «лиц иудейского вероисповедания» числились сравнительно небольшие этнографические группы грузинских, горских, бухарских евреев и крымчаков. Несколько тысяч приверженцев неталмудического иудаизма «караимов» никаким правовым ограничениям в Российской империи не подвергались. Однако переход в караимство др. евреев запрещался.
После ликвидации катальной системы продолжали существовать автономные еврейские релит. об-ва, без четкого юридического статуса. Раввины сначала избирались еврейскими обвами, а после издания специального закона 1901 уполномоченными прихожанами молитвенных домов. Избранные утверждались начальством губ. Наряду с утвержденным «казенным» раввином существовал неформальный «духовный» раввин, уважаемый всеми за высокую ученость. В масштабах империи существовал высший официальный орган для решения вопросов по религиозно-духовным делам евреев — Раввинская комиссия, выполнявшая, в части., консультативные функции при Министерстве внутренних дел.
В начале 20 в. ведущими центрами ре лиг. иудейской жизни становятся (наряду с прежними в Одессе, Варшаве, Вильно) Санкт-Петербург и Москва, где сооружаются монументальные синагоги. В последние годы существования империи, особенно после революции 1905, резко усиливается антиеврейская идеологическая кампания, нашедшая свое концентрированное выражение в т. наз. «деле Бейлиса». Скромного киевского мещанина Менделя Бейлиса в 1911 обвинили в совершении ритуального убийства христ. мальчика. Этот процесс вызвал широкий отклик среди передовой российской общественности ввиду его явной сфабрикованности.
Несмотря на попытки властей осудить Бейлиса, решением присяжных он был оправдан. Тем не менее антиеврейское «черносотенное» движение продолжало свою активную деятельность, идейно опираясь на сфабрикованные в недрах тайной полиции т. наз. «Протоколы сионских мудрецов», якобы свидетельствующие о тайном заговоре еврейских вождей, намеревавшихся захватить власть над всем миром.