Летом 1584 года преподобный Серапион, дабы завершить дело своего учителя, преподобного Нифонта, предпринимает поход в Москву и после тридцати лет отшельничества снова оказывается в городе, где некогда принял святое Крещение, отвергнув ислам, и где проходило его воцерковление. Поход его был успешным для обители: 30 сентября 1584 года митрополит Дионисий благословил устроение монастыря, а благочестивый царь Феодор Иоаннович даровал грамоту, по которой монастырю были назначены Лопский полуостров и земли вокруг озера на четыре версты во все стороны. Вся полученная земля состояла из непроходимых лесов и болот. По возвращении преподобного Серапиона братия под его началом приступает к рубке леса и расчищению места под храм. К 1589 году воздвигается первый деревянный храм — Богоявленский (летний). Через два года монахи, руководимые преподобным Серапионом, оканчивают постройку второго храма (зимнего) — во имя святителя Николая. Расчищается также лес под пашни, монахи начинают сеять хлеб.
Некоторые средства существования монастырь получал от вкладов вновь поступающих в обитель братий, число которых заметно увеличилось после постройки храма, но все же они были недостаточны. В городе Турчасове был открыт постоялый двор монастыря. В селе Пияле монастырь открыл небольшую солеварню для собственных нужд. Община была на полном самообеспечении, и монахи питались от труда собственных рук, но средств было недостаточно, к тому же новооткрытый монастырь должен был выплачивать налоги. Сохранилось послание преподобного Серапиона к царю Феодору Иоанновичу от 1595 года, в котором он просит освободить Кожеозерский монастырь от податей и повинностей в виде содержания опальных людей, поскольку «им, старцам, и самим питаться нечем, и беречь тех людей некому, а царской милостыни ни деньгами, ни хлебом не выдается, и они сами, приезжая, пашут пашню, а крестьян у них нет; сами же варят соль в Пияле для монастырского расхода». Обитель не получала никакой царской руги, то есть материальной помощи на содержание, а должна была платить подати. Более того, в письме говорится, что иноки снабжали ратных людей подводами и «одолжали великим долгом». Очевидно, имеется в виду помощь во время военных действий против шведов в Финляндии зимой 1592 года. От налогов монастырь был освобожден, но ссыльных людей сюда присылать все равно продолжали. При преподобном Серапионе сюда были сосланы князь Иоанн Сицкий и другие провинившиеся перед властью люди. Преподобный отец, сам испытав и плен, и лишения, и вынужденное переселение, как мог старался облегчить участь опальных людей. И это не прошло бесследно: есть сведения, что, например, князь Иоанн смирился со своей участью, принял постриг и до самой смерти трудился в монастыре, стяжав любовь и уважение братии.
В 1599 году преподобный Серапион вместе со своим учеником преподобным Авраамием во второй раз приходит в Москву, уже в царствование Бориса Годунова. Новый царь жалует обители тони на Белом море и четыре деревни по реке Онеге. Патриарх Иов благословляет антиминсом для богослужения в новом храме и рукополагает преподобного Авраамия во священный сан. Преподобного Серапиона патриарх Иов благословил быть в обители строителем. До того преподобный отец, будучи действительным управителем Кожеозерской пустыни, по смирению своему честь начальствования предоставлял другим, и они назывались игуменами.
Как уже было сказано, пожалованная монастырю земля вокруг озера, будучи болотистой и лесистой, почти не плодоносила. Тогда преподобный Серапион на 200 рублей приобрел земли по берегу Онеги в деревнях Кернеше, Клещеве, Кандопелзе, Пияле, купил небольшие участки в солеварнях и тонях на южном побережье Белого моря. Так образовалось хозяйство, дававшее средства на пропитание братии. На монастырских пашнях сеяли хлеб, репу, большое развитие получил рыбный промысел. В этот период именно ловля и продажа рыбы доставляют монастырю необходимое содержание.
Однако среди братии нашлись и такие, кто поносил и оскорблял преподобного старца, забывая его отеческие попечения и любовь; он благодушно переносил все скорби, терпя от таковых порочных лжемонахов посмеяния и поношения. Они же пытались чинить смуту в обители; доходило до того, что его даже изгоняли из монастыря, пытаясь захватить в нем главенство. Изгоняемый ими, преподобный отец, как свидетельствует жизнеописатель, нередко уходил в Москву, но затем снова возвращался.