Некоторые средства существования монастырь получал от вкладов вновь поступающих в обитель братий, число которых заметно увеличилось после постройки храма, но все же они были недостаточны. В городе Турчасове был открыт постоялый двор монастыря. В селе Пияле монастырь открыл небольшую солеварню для собственных нужд. Община была на полном самообеспечении, и монахи питались от труда собственных рук, но средств было недостаточно, к тому же новооткрытый монастырь должен был выплачивать налоги. Сохранилось послание преподобного Серапиона к царю Феод ору Иоаннов ичу от 1595 года, в котором он просит освободить Кожеозерский монастырь от податей и повинностей в виде содержания опальных людей, поскольку «им, старцам, и самим питаться нечем, и беречь тех людей некому, а царской милостыни ни деньгами, ни хлебом не выдается, и они сами, приезжая, пашут пашню, а крестьян у них нет; сами же варят соль в Пияле для монастырского расхода». Обитель не получала никакой царской руги, то есть материальной помощи на содержание, а должна была платить подати. Более того, в письме говорится, что иноки снабжали ратных людей подводами и «одолжали великим долгом». Очевидно, имеется в виду помощь во время военных действий против шведов в Финляндии зимой 1592 года. От налогов монастырь был освобожден, но ссыльных людей сюда присылать все равно продолжали. При преподобном Серапионе сюда были сосланы князь Иоанн Сицкий и другие провинившиеся перед властью люди. Преподобный отец, сам испытав и плен, и лишения, и вынужденное переселение, как мог старался облегчить участь опальных людей. И это не прошло бесследно: есть сведения, что, например, князь Иоанн смирился со своей участью, принял постриг и до самой смерти трудился в монастыре, стяжав любовь и уважение братии.
В 1599 году преподобный Серапион вместе со своим учеником преподобным Авраамием во второй раз приходит в Москву, уже в царствование Бориса Годунова. Новый царь жалует обители тони на Белом море и четыре деревни по реке Онеге. Патриарх Иов благословляет антиминсом для богослужения в новом храме и рукополагает преподобного Авраамия во священный сан. Преподобного Серапиона патриарх Иов благословил быть в обители строителем. До того преподобный отец, будучи действительным управителем Кожеозерской пустыни, по смирению своему честь начальствования предоставлял другим, и они назывались игуменами.
Как уже было сказано, пожалованная монастырю земля вокруг озера, будучи болотистой и лесистой, почти не плодоносила. Тогда преподобный Серапион на 200 рублей приобрел земли по берегу Онеги в деревнях Кернеше, Клещеве, Кандопелзе, Пияле, купил небольшие участки в солеварнях и тонях на южном побережье Белого моря. Так образовалось хозяйство, дававшее средства на пропитание братии. На монастырских пашнях сеяли хлеб, репу, большое развитие получил рыбный промысел. В этот период именно ловля и продажа рыбы доставляют монастырю необходимое содержание.
Однако среди братии нашлись и такие, кто поносил и оскорблял преподобного старца, забывая его отеческие попечения и любовь; он благодушно переносил все скорби, терпя от таковых порочных лжемонахов посмеяния и поношения. Они же пытались чинить смуту в обители; доходило до того, что его даже изгоняли из монастыря, пытаясь захватить в нем главенство. Изгоняемый ими, преподобный отец, как свидетельствует жизнеописатель, нередко уходил в Москву, но затем снова возвращался.
Видимо, по причине этих нестроений достойные ученики преподобного Серапиона, прославленные впоследствии Церковью, не желая видеть такое бесчиние, один за другим оставляют Кожозеро. Это хорошо видно из сопоставления дат. Около 1605 года из обители уходит в Соловецкий монастырь преподобный Леонид, в то же время удаляется на отшельничество к реке Хозьюге преподобный Никодим, на следующий год отправляются дальше на север преподобные Корнилйй, Герман, Лонгин и Боголеп, сам преподобный Серапион в 1608 году уходит в затвор, а преподобный Авраамий по его благословению доходит до Новгорода и митрополитом поставляется во игумена монастыря.
После этого жизнь в монастыре по-видимому налаживается. Преподобный Серапион провел в затворе три года и мирно почил о Господе 27 июня 1611 года, оставив после себя в обители, в которой он подвизался 46 лет, около 40 монахов при хорошо налаженном хозяйстве и отстроенном монастыре.
Сохранились сведения о посмертных чудесных явлениях преподобного Серапиона Кожеозерского. Точная дата его прославления неизвестна. Житие было помещено в Четьих-Минеях архиепископа Филарета. По некоторым сведениям, имелась также особая служба преподобному, однако до настоящего времени она не найдена.