В последние годы, а особенно активно с 2000 года, идет дискуссия о допустимости теологии в светских вузах. Исторически водораздел между теологией и религиоведением возникает в ходе самого развития теологии: религиоведение вырастает из теологии, первое выделяется как надконфессиональное, неапологетическое объективное понимание разных форм религиозности. Термин «теология», «слово, знание о Боге (божественности)» возникает в Древней Греции, где первоначально обозначает гомеровские, орфические и т. п. мифические сказания о богах. Первые теологи — это маги и поэты, транслирующие традицию: вечные предания, откровенные истины и пророчества.
От Ксенофана и до диалогов Платона мифические представления о богах десакрализуются, осмеиваются и критикуются, сменяясь монотеистическими доктринами, но только в системе Аристотеля теология начинает пониматься как «первая философия», фундаментальное рациональное постижение единого первоначала бытия. В этой связи теология начинает пониматься как логическое знание, способное научить подлинному обращению с Богом и миром, подобно тому как «природоведение» учит правильному обращению с природой. Здесь теологом может быть уже только философ, а не маг, поэт или сказитель. Теолог-философ критикует традиционные народные «мнения» и разрабатывает универсально-рациональную картину истинного основания бытия, Бога.
В Римской империи не отдают абсолютного приоритета той или иной философской теологии или не-философскому, магическому культу. Уважаются в определенной мере традиционные культы и учения, «теологии» всех завоеванных народов. При этом решающая роль в признании или непризнании легитимности теологических систем или культовых практик отводилась представителям имперской администрации как собственно «религиоведам». Термин «religion» в древней латыни, согласно Цицерону, должен был обозначать полезные государству, легитимные верования и культы, противопоставляемые вредным, «суевериям», при этом первые предлагалось поддерживать, тогда как вторые — искоренять. Чиновники были именно «религиоведами», а не «теологами» или «теологоведами», важным было не столько само по себе учение, сколько вытекающая из него практика, социальное поведение адептов.
Христианство начинает квалифицироваться как «религия» и «теология» только с IV—V веков нашей эры, после наполнения его преданий философской апологетикой и официального признания «государственным культом империи», тогда как в течение предшествующих столетий чиновники империи относили это новое исповедание к «суевериям». Апологетика начинает аргументирование обосновывать превосходство христианства (его теологии и культа), над другими религиями империи и называет именно его «истинной религией (теологией)», дающей спасение. Утверждение христианства в качестве единственного имперского государственного культа и «Откровения» приводит к гонениям на другие теологические системы как «языческие суеверия». По мере становления церковного канона начинается борьба с сектами и ересями. Христианский теолог теперь уже сам становится государственным религиоведом, специалистом по верованиям, утверждающим уникальность истины Евангелий и разоблачающим ложные иноверия во всех их формах.
История христианства, столкновение его с исламом, собственные расколы и официальное утверждение «сект» (к примеру, лютеранства в Германии) в качестве государственных церквей, военно-политическое противостояние православия, католицизма и протестантизма как государственных религий национальных европейских государств, знакомство европейцев в ходе колониальных завоеваний с неевропейскими государственными духовными традициями — индуизмом, конфуцианством и буддизмом привели к формированию современного, «философского», «неконфессионального», отношения к теологии в Новое время. Апологетика, защита своего исповедания как единственно истинного, начинает считаться «предвзятостью», противостоящей универсализму рационализма, экспериментальной науки и права человека на свободу совести.
Начинается широкое сравнительное изучение религий (теологии и культа) без деления их на истинные и ложные. Термин «теология» превращается здесь в собирательный термин, обозначающий возможное видение трансцендентного мира, лишенное научного экспериментального подтверждения, но логически встраиваемое в развивающуюся систему мировоззрений (Д. Бруно, Б. Спиноза, Д. Юм, И. Кант, Г. Гегель).. О. Конт, Л. Фейербах, К. Маркс и З. Фрейд разоблачают теологию, отделяя ее от всего чудесного, переосмысливая и десакрализуя ее содержание в терминах философии и естествознания, выводя ее саму за пределы академических знаний. К. Барт, Р. Отто, М. Хайдеггер, М. Бубер, Н. Бердяев и Антоний, митрополит Сурожский, возвращают теологию в академический и философский дискурс в качестве совершенно особого измерения и осмысления реальности.