В Святая Святых разрешалось входить одному первосвященнику и только раз в году, в День Искупления (Иом Киппур). Это место было овеяно Шехиной — присутствием Божьим. Никто без опасности для жизни не мог смотреть на Ковчег или прикасаться к нему. Тревожили Ковчег только тогда, когда сыны Израиля снимались со стоянки для путешествия. Священники предварительно снимали со столбов завесу — парохет, которой покрывали Ковчег, сверху клали второе покрывало из кожи тахаша и над ним третье покрывало из голубой ткани.
Ковчег Завета перемещался вместе с разобранной Скинией и устанавливался в Святая Святых Скинии на стоянках. Переносился он левитами из семьи Кегата на плечах. Во время странствования Ковчег перемещался в центре израильского стана и над ним висело облако.
В Талмуде сказано: «Место Ковчега не имеет измерений». Иными словами, Ковчег не занимал физического места в Святая Святых. Это выводится из библейского описания херувимов, которое сделал царь Соломон в Храме: каждое крыло их было 10 локтей, в то время как ширина всего помещения Святая Святых (Двир) была 20 локтей — то есть для самого Ковчега места, по идее, не оставалось.
Когда Ковчег перевозили из Кириаф-Иарима на новой колеснице, в дороге волы его сильно наклонили, и Оза простер руку, чтобы придержать его. Но Господь разгневался на него и поразил его за то, что он простер руку свою к Ковчегу; и он умер тотчас.
Другое чудесное свойство Ковчега, по преданию, заключалось в том, что он «сам нес тех, кто нес его». Иными словами, несмотря на то, что Ковчег должен был быть очень тяжелым, он не только не обременял несших его, но и нес их самих.
Считалось также, что по пути следования Ковчега холмы сравнивались с землей.
Когда филистимляне поместили Ковчег на воз с впряженными в него коровами, те сами взяли точное направление к Вефсамису (Бет-Шемешу).
С началом завоевания Ханаана Ковчег Завета, вероятно, находился в стане израильтян в Галгале напротив Иерихона в течение 14 лет. Затем был перенесен в Вефиль (Бет-Эль). Оттуда вместе со Скинией Ковчег перенесли в Силом (Шило), где он оставался до смерти первосвященника Илия (Эли) в течение 369 лет. Судя по всему, со временем стены святилища в Силоме были выстроены из камней, покрытых завесами. Нередко Ковчег брали из Скинии, например во время перехода через Иордан, завоевания Иерихона, а также на некоторые войны. Когда Офни (Хофни) и Финеес (Пинхас), сыновья Илия, взяли Ковчег на войну с филистимлянами, те, убив священников в битве у города Авен-Езер (близ Мицпы), захватили Ковчег и унесли его в Азот (Ашдод). Однако, вследствие катастроф, связанных с присутствием Ковчега в капище Дагона и в городах Азот (Ашдод), Геф (Гат) и Аскалон (Ашкелон), филистимляне были вынуждены через короткое время вернуть израильтянам Ковчег с приложением золотых даров. Сначала он прибыл в Вефсамис (Бет-Шемеш), где жители, не догадавшиеся сокрыть его от любопытных глаз, поплатились жизнью. Затем жители Кириаф-Иарима (Кирьят-Иеарима) взяли Ковчег к себе, поместив его в частном доме некоего Аминадава (Авинадава), где он оставался в течение 20 лет.
После завоевания Иерусалима царь Давид построил там для Ковчега новую Скинию, с тем чтобы перенести духовный центр в Иерусалим. Однако при перевозке Ковчега из Кириаф-Иарима (Кирьят-Иеарима) произошла трагедия с Озой (Узой), который погиб, пытаясь поддержать Ковчег, вследствие чего Ковчег временно остался у Аведдара (Овед-Эдома), где пробыл в течение трех месяцев. Наконец, Ковчег был торжественно доставлен в Иерусалим, где был помещен в особый шатер из драгоценных ковров. Однако Скиния Моисея и медный ее жертвенник оставались в это время по-прежнему в Гаваоне, и именно этот жертвенник считался в то время главным.
После постройки царем Соломоном Храма Ковчег Завета со всеми принадлежностями Скинии был торжественно перенесен туда и помещен в Святая Святых (Двир) — внутреннее помещение кубической формы, размером в 20 локтей. Здесь он был установлен на каменном пьедестале высотою в 3 пальца от уровня пола. Этот камень назывался эвен штия — легендарный краеугольный камень (Камень Основания), который, по преданию, находится точно в центре Земли и является подножием Всевышнего. Соломон велел также вырезать из масличного дерева и покрыть золотом гигантских херувимов высотой в 10 локтей (около 5 м). Их пятиметровые крылья «простирались над местом Ковчега».
Ковчег был поставлен таким образом, что концы его шестов упирались в завесу (парохет) и образовывали с другой ее стороны выпуклости.
Последнее упоминание о Ковчеге, находившемся в Храме, относится к периоду правления иудейского царя Иосии (Иошиягу), сына Аммона (622 г. до н. э.). Перед разрушением Храма Навуходоносором в 586 г. до н. э. Ковчег исчез. Он не упомянут ни в числе «сокровищ, вывезенных из дома Господня» при царе Иехонии (Иегояхине), ни в подробном списке священной утвари, захваченной вавилонянами при падении Иерусалима. Не упоминается и в списке утвари, возвращенной в Иерусалим Киром Великим.