Политический строй Нидерландов в период царствования Филиппа II отличался своеобразием и пестротой. Каждая из 17 провинций управлялась на свой лад, но общие для страны дела решались на Генеральных штатах. Во главе же всего управления король поставил своего заместителя — статхаудера; им была сестра Филиппа, Маргарита Пармская. При Маргарите состоял Государственный совет, где заседали представители нидерландской знати, лидерами которой были принц Вильгельм Оранский и прославленный полководец граф Эгмонт. Но Филипп не доверял совету, составленному из местных людей, и всю полноту власти передал тайному совету (Консульте), поставив во главе своего человека, кардинала Гранвеллу. Таким образом, ни Генеральные штаты, ни Государственный совет не имели реальных полномочий, сосредоточенных в руках Маргариты и Гранвеллы, причем власть их опиралась на испанские войска, расквартированные в стране.
Вытягивая с помощью своих подручных значительные средства из Нидерландов, король мечтал о много большем и вскоре нашел инструмент, с помощью которого, казалось, можно было вполне успешно реализовать эту мечту. На помощь Филиппу — страстному фанатику и изуверу — должна была прийти католическая церковь.
XVI век — заря капитализма в Европе — был ознаменован Реформацией, повсеместным идеологическим движением молодой развивающейся буржуазии против католической церкви — оплота феодализма. Лютер и Кальвин провозгласили новую религию, более простую и дешевую, а главное, санкционирующую и утверждающую новые общественные отношения. В тех странах, где капитализм развивался интенсивно — в Англии и Нидерландах, — идеи Реформации пустили глубокие и разветвленные корни. В Нидерландах кальвинизм распространялся особенно быстро. Буржуазия городов создавала консистории по женевскому образцу. Среди ремесленников и крестьян, зараженных различными «ересями» (прежде всего анабаптизмом), также зрело возмущение против католической церкви; особенно это относилось к северным провинциям страны. Вот по этим-то новым веяниям и решил нанести главный удар испанский король. Сам ревностный католик, оплот и радетель «святой» инквизиции у себя дома, Филипп II в своей политике «испанизации» Нидерландов задумал создать там нечто подобное, начав с посылки новых епископов с особыми полномочиями. В Нидерландах запылали костры. Новые епископы разыскивали и хватали «еретиков», которые за отказ перейти в католичество подвергались сожжению, имущество же их конфисковывалось в пользу испанской казны. Нидерландская буржуазия, а вместе с ней и весь народ, понимая, что им угрожает, встали на защиту вольностей страны и национальной свободы, а республиканская организация кальвинистской церкви явилась для них как бы школой грядущей революционной борьбы.
Дворянство Нидерландов на первых порах заняло осторожную позицию. У него не было прямой необходимости порывать с католицизмом, и оно было готово служить испанскому режиму при условии уравнения его прав с правами испанской аристократии. Но твердолобый фанатик Филипп II сам оттолкнул тех, кто мог бы стать его союзниками: знатных дворян он ожесточил, полностью устранив от управления, мелкое же дворянство — перестав призывать в армию. Таким образом, король, разумеется сам того не желая, содействовал созданию единого лагеря национально-освободительной борьбы и ускорению революционного взрыва.