Иван III, отправляя «из своей руки» архиепископа в Новгород, с присущей ему политической мудростью предварительно организовал пышные выборы владыки. За основу обряда была взята новгородская традиция избрания архиепископов по жребию из трех кандидатов. На архиепископию в Новгород претендовали архимандрит Спасского монастыря Елисей, архимандрит Чудовского монастыря Герасим и старец Троицкого монастыря Сергий. Митрополит Геронтий лично «вынеся жеребии Сергиев на архиепископьство в Великыи Новъгород» [1191].
Однако «освящение свыше» не прибавило авторитета Сергию в его епархии. С новым архиепископом Иван III прислал в Новгород «боярина своего с ним и казначея и диака» в сопровождении военного отряда, видимо опасаясь, что новгородцы выгонят его ставленника. Но и эта мера не помогла. «Того же лета в Новегороде владыце Сергию многажды начаша являтися святители новгородстии, лежащии в дому святого Софья, овогда во сне овогда яве, обличающе яве безумное дрьзнутие на поставление святительства ему, яко презревшу и поруганно оставльшу положеныя каноны святыми отцы, в них же глаголеть, яко живоу сущю епископу, и не яту бывшю, ни обличену ересьми или инеми вещьми пдобными извержениа и не праведно ни по правилом изгнану бывшю, не подобает иному на престол его мучительскы дръзати: престани, безумие, от таковаго начинания; и сия глаголюще в многыя недугы вложиша его».
В Новгороде еще долго отказывались верить в отречение и смерть владыки Феофила. В церковной среде после ареста архиепископа складывается отношение к нему как к мученику. Соответственно, его незаконного преемника Сергия восприняли крайне негативно. Видимо, новгородское окружение нового владыки постаралось создать давящую атмосферу вокруг Сергия, что и сказалось в конце концов на его здоровье. «Он же не радити нача о семь, и конечнее невидимою силою порази его о землю, и еле жива остави его токмо дышюща, и пребысть неколико, не глаголя, но нем. И от того часа оставль епископьство, пострижеся в скиму в манастыри святого Спаса на Хутыни; и тамо его невидимо паче перваго явления оумоучи и вне манастыря изверже; и тако воскоре отъеха на Москву со всеми своими дворяны, месяца июля в 23 день. Тогда и московская застава ратная сила отъехаша на Москву, а стояли в Новегогороде 17 недель». Применить силу против неугодного им Сергия новгородцы не решились, опасаясь московской «ратной силы». Но против «чудес» военная сила великого князя оказалась бессильна.
Согласно одной из новгородских легенд, болезнь поразила Сергия за оскорбление местного святого — архиепископа Моисея. Когда Сергий в 1484 г. приехал в Новгород, он пожелал осмотреть останки Моисея в Сковородском монастыре Михаила Архангела, вероятно, чтобы проверить святость покойного архиепископа. Новому владыке показали раку Моисея, но приказ открыть гробницу местный священник выполнить отказался, аргументировав свой отказ следующими словами: «Подобает святителю святителя скрывати». Тогда новоявленный владыка «возвысився умом высоты ради сана своего и величества, яко от Москвы прииде к гражданам яко пленным» пренебрежительно произнес: «Кого сего смердовича исмотрети?» Вскоре после этого Сергий тяжело заболел и потерял разум — «Сергий бысть от того времени изумлен» [1192]. Москвичи объясняли болезнь Сергия колдовскими действиями новгородцев: «они же ум отнята у него волшебством; глаголаше, Иоан чюдотворець, кое на бесе ездил, тот створе ему» [1193]. Впрочем, эта победа новгородцев окончилась ничем — следующий архиепископ был также назначен из Москвы.
Анализ легенд, связанных с гибелью республики Святой Софии, позволяет понять, как отнеслась новгородская церковь к падению республики. Церковные власти слишком поздно осознали, что потеря Новгородом политической независимости влечет за собой и ограничение власти церкви. Духовные лидеры республики недооценили стремление великого князя полностью подчинить себе Новгород и новгородскую церковь, как он уже подчинил себе митрополита всея Руси. Придерживаясь промосковской политики, новгородская церковь после падения республики лишилась своего исключительного положения в Русской митрополии.