Отношения между «Новой жизнью» и окончательно установившими свою диктатуру большевиками были прохладными и настороженными, но, по крайней мере, до мая — июня 1918 г. не открыто враждебными. При этом напряжение постоянно нарастало: политическая линия, которую проводила «Новая жизнь» после Октябрьской революции, вызывала все большее недовольство Советской власти. 3 марта 1918 г. в Брест-Литовске был подписан сепаратный мирный договор между Советской Россией и Германией. Еще до того, как состоялось официальное подписание, Суханов высказался за продолжение войны, а действия возглавляемой Троцким советской делегации расценил как капитуляцию. За его статью «Капитуляция», помещенную в № 30 (244) от 21 февраля 1918 г., «Новой жизни» грозило закрытие.
В пятницу 22 февраля запланированный № 31 (245) не вышел. «Нас (“Новую жизнь”) закрыли и — кажется — в воскресенье будут судить “за призыв к низвержению Советской власти”, - писал Горький в начале марта 1918 года. — Привлечены к суду Десницкий и Суханов, но на скамью подсудимых сядет вся редакция: и Базаров, и я, и все прочие. Таково наше желание». Революционный трибунал печати действительно усмотрел в статье Суханова призыв к ниспровержению советской власти, но постановил, что выход газеты возможен с тем условием, что редакция известит читателей на первой полосе одного из номеров, что не разделяет точку зрения Суханова.
В конце февраля 1918 г. «Новая жизнь» была приостановлена во второй раз в своей истории, теперь — на 8 дней. № 32 (246) вышел только в субботу 2 марта. «Новая жизнь» писала:
В конце концов «Новая жизнь» подчинилась требованию и опубликовала следующее сообщение:
В 20-х числах марта Горький писал Е.П. Пешковой: «Собираюсь работать с большевиками, на автономных началах. Надоела мне бессильная, академическая оппозиция “Новой Жизни”. Погибать, так там, где жарче, в самой “глубине” революции».