Заинтересовавшись темой дегуманизации традиционного медицинского образования, отправился в командировку по поручению Чилийского университета в США, чтобы познакомиться с работой Самуэля Реншоу и Хойта Шермана по психологии восприятия и перцептивному обучению в Университете штата Огайо.
В 1962 году работал по приглашению в Гарварде, как стипендиат программы Фулбрайта в Центре исследования личности, и в Эмерсон-Холле, где был слушателем семинара Гордона Олпорта по социальной психологии, а также учеником Пауля Тиллиха. До своего возвращения в Чили, в 1963 году, работал с Раймондом Кэттеллом, в Институте тестирования личности и способностей (IPAT), Шампейн (Иллинойс), затем был приглашен в Калифорнию для участия в деятельности Лаборатории исследований личности Университета Беркли (IPAR). Проведя некоторое время в исследовательском центре медицинской антропологии на медицинском факультете чилийского университета, вновь вернулся в Лабораторию Беркли, где проработал до 1970 года. В это время обучался у Фрица Перлза гештальттерапии, а затем начал преподавать в Институте Эсален.
В те годы, когда Фриц Перлз был одним из ключевых фигур в Эсалене, профессор Клаудио Наранхо дополнительно обучался и у Джима Симкина в Лос-Анджелесе и участвовал в семинарах чувственного сознания Шарлотты Селвер. Он стал близким другом Карлоса Кастанеды и участвовал в новаторской психоделической терапии Лео Цеффа (1965–1966). На основе опыта этих встреч Клаудио Наранхо позже написал отчеты о примерах терапевтического использования гармалина, тенамфетамина (MDA), ибогаина и других фенилизопропиламинов, которые легли в основу книги «Исцеляющее путешествие».
В 1969 году был приглашен как консультант по образовательной политике в Исследовательский центр, созданный Уиллисом Хармоном в Стэнфордском исследовательском институте (SRI). Доклад Клаудио Наранхо об использовании современных психологических и духовных техник в образовании был позже включен в его первую книгу «Единственный поиск». В тот же период стал соавтором книги Роберта Орнштейна о медитации («Психология медитации») и по приглашению доктора Равенны Хелсон подключился к исследованию различий литературы, представляющей «матриархальность» и «патриархальность», с помощью факторного анализа детских сказок, что дало материал для написания книги «Божественный ребёнок и герой», опубликованной гораздо позднее.
Случайная смерть единственного сына в 1970 году стала поворотным пунктом в жизни Клаудио Наранхо. Он совершил паломничество под руководством духовного учителя Оскара Ичазо, включавшее его уединение в пустыне Атакама неподалеку от Арики в Чили. По его мнению, это стало началом его духовного опыта, созерцательной жизни и внутреннего руководства.
После возвращения из Арики он набрал первую группу в Чили, в которую входили его мать, соученики по гештальту и друзья. Эта группа, начавшая работать довольно спонтанно, послужила опытом для его дальнейшей работы в Беркли в 1970-е годы и породила идею создания некоммерческой организации «Институт SAT». На первых программах SAT работали в качестве приглашенных преподавателей Залман Шахтер-Шаломи, Дхиравамса, Чу Фан Чу (Ch'u Fang Chu — наследник последнего патриарха даосизма), Хариш Джохари и Боб Хоффман.
В 1976 году Клаудио Наранхо преподавал два семестра в Калифорнийском университете (кампус Санта-Крус) и потом периодически работал в Калифорнийском институте азиатских исследований. Одновременно он начал выступать с семинарами в Европе. Таким образом он смог дополнять и совершенствовать программу SAT.
В 1987 году был открыт обновленный институт SAT для личностного и профессионального развития в Испании. С тех пор программа SAT стала известна в Италии, Бразилии, Мексике, а затем, в последнее время, во Франции, Германии, Колумбии, Великобритании и Южной Корее.
С конца 1980-х годов доктор Наранхо делит свое время между зарубежными поездками и писательской деятельностью у себя дома в Беркли. Среди его многочисленных публикаций — несколько книг по гештальттерапии, а также растущее количество произведений о применении метода эннеаграммы для развития личности («Характер и невроз», «Трансформирующее самопознание», «Эннеаграмма общества»), новая книга о медитации («Между медитацией и психотерапией») и «Песни пробуждения» — интерпретация великих книг западной цивилизации о внутреннем пути и вариаций рассказов о герое. Им также написано несколько книг социально-политического содержания: в «Агонии патриархата» (предшествующей книгам «Вылечить цивилизацию», и «Патриархальный разум») впервые дается интерпретация мирового кризиса как выражение психокультурного феномена, присущего нашей цивилизации, когда женское начало и детская инстинктивность обесцениваются и подавляются культурой воинов, и предложено возможное решение этой проблемы через гармоничное развитие трёх частей мозга.