Первые фамилии подозреваемых по делу № 0778 (дело НРИ) были названы работниками ФСБ лишь спустя полгода. Главой "Инициативы" сотрудники спецслужб назвали двадцатичетырехлетнего уральца Александра Бирюкова. Исполнителем взрыва на Манежной - радикального эколога Якова Кочкарева.
Бирюков был арестован 10 июля 1999 года в Екатеринбурге. В оперативных сводках он проходил как член Бауманской организованной преступной группировки по кличке Алан. Утверждалось, что, прежде чем устроиться разнорабочим на завод, Бирюков успел повоевать в горячих точках и в совершенстве изучить подрывное дело.
Кочкарева арестовали чуть позже. Через неделю после взрыва на Манежной одна из газет опубликовала рассказ Владимира Сливяка, одного из деятелей отечественного "зеленого" движения:
6 сентября я выходил из парадной своего дома. Несколько сотрудников в штатском окружили меня и приказали предъявить документы. Свои документы они тоже предъявляли, но так, чтобы нельзя было заметить фамилии...
Меня полтора часа продержали в машине, не предъявляя обвинения и не ведя протокол. Единственный, чьи документы мне удалось увидеть, был старший лейтенант 6-го отдела МУРа Костеров...
Он заявил, что занимается террористами, и стал расспрашивать о взрыве на Манежной. Я отказался отвечать. Тогда чекисты извлекли на свет пачку из-под сигарет "Честерфилд", внутри которой лежала марихуана.
- Хочешь, мы сейчас ее у тебя найдем? - спросил один из них...
Эколог рассказывал, что от ареста его спасла случайность. Во время допроса ему на мобильный позвонил знакомый, и, прежде чем люди в штатском опомнились, тот успел сказать, что его задержали.
После этого спецслужбисты-анонимы заявили Сливяку, что они сотрудники МУРа и что их интересует личность его товарища, также эколога, Якова Кочкарева. Из подслушанного телефонного разговора МУРовцам стало известно, что тот должен появиться здесь с минуты на минуту.
Кочкарев действительно вскоре появился. Перед тем как его арестовать, сотрудники прошли в квартиру Сливяка и угрозами убеждали дать хозяина показания против Кочкарева. Понимая, к чему идет дело, Кочкарев пытался бежать из квартиры, но был пойман, силой запихнут в машину и увезен в неизвестном направлении.
Суд над Кочкаревым несколько раз откладывался. Родственникам заявляли, что Кочкарев арестован в связи со взрывом в Манеже. Однако осужден он был за хранение наркотиков с целью сбыта... Найдены наркотики были в пачке из-под сигарет "Честерфилд".
Адвокат Кочкарева, Николай Григорьев, утверждал, что, прежде чем отвезти его подзащитного на медэкспертизу, следователи продержали его в неустановленном месте больше семи часов. Он заявил, что "во время допросов к Якову были применены психотропные вещества, подавляющие волю".
Жене Кочкарева было отказано в праве на свидание с мужем. Позже она также заявляла, что на протяжении всего периода содержания в СИЗО ФСБ "Лефортово" Якову вводили сильнодействующие снотворные препараты.
После апрельского взрыва на Кузнецком мосту в распоряжении спецслужб появился список примет одной из преступниц:
Славянский тип лица. Волосы русые, короткие. Нос прямой. Особых примет не имеет...
Профессионалам сыска этого оказалось достаточно. Согласно информации ФСБ, обнародованной в апреле 2000 года, НРИ - "глубоко законспирированная левацкая организация численностью около пятидесяти человек. Большинство боевиков - девушки. Некоторые из них уже задержаны..."
Выловлены девушки были не где-нибудь, а в сибирской тайге, в общине последователей пророка Виссариона, именуемой "Новый Иерусалим".
В 1992-м бывший кубанский милиционер Сергей Тороп неожиданно понял, что является не кем-нибудь, а Сыном Божиим, и взял себе имя Виссарион. Для начала, в окружении учеников, он съездил в Израиль. Там, на горе Фавор, он разговаривал с небесным Отцом, который повелел ему основать в Сибири, неподалеку от города Минусинска, поселения для нового избранного народа.
Отчую волю Виссарион нарушать не стал. Вскоре под Минусинском выросло внушительное поселение. Сибиряки, разевая рты, смотрели на бородатых приезжих и девушек в холщовых балахонах до пят. Продавая городские квартиры, члены избранного народа переезжали в Сибирь целыми семьями. К 2000-му году избранный народ состоял уже из нескольких тысяч взрослых людей.
Именно в Минусинске следователи и отыскали двух исполнительниц терактов, которые были подписаны аббревиатурой НРИ. Несколько арестов было проведено и в Москве.
22 февраля 2000 года на станции "Калужская" московского метрополитена была арестована двадцатиоднолетняя Ольга Невская. Пресс-секретарь московского УФСБ рассказал, что Невская уже давно находилась во всероссийском розыске. Офицер ФСБ Кожевников случайно опознал ее в метро и тут же провел задержание.
На следующий день двое людей в штатском остановили на улице молодую учительницу Надежду Ракс, усадили ее в машину и доставили прямо в "Лефортово". Еще одна девушка, Татьяна Нехорошева, была задержана две недели спустя.