Против нарушителей воинской дисциплины принимались самые решительные меры. Рыков в специальном вагоне посетил ряд районов страны, где в воинских подразделениях наблюдались подобные безобразия. За его подписью на все фронты был разослан приказ, в котором подчеркивалось, что участившиеся случаи конфискации имущества отдельными воинскими частями наносят невосполнимый урон Советской Республике. Рыков в категорической форме предупреждал, что «виновные будут привлекаться к суду по законам военного времени». В армии было тяжелое положение с продовольствием, каждый килограмм хлеба ценился на вес золота. В то же время в середине июля 1919 года на станции Режица было обнаружено 14 вагонов хлеба, который зачерствел и пришел в негодность, ибо долгое время поезд курсировал из Невеля в Пыталово и обратно. Рыков так расценил данный факт: «Это неслыханное преступление перед Красной Армией и революцией». Чусоснабарм приказал срочно расследовать этот факт и строго наказать саботажников. Все они вскоре оказались в великолукской тюрьме. 16 августа 1919 года Рыков указал рыбинскому военкому на недопустимость незаконного присвоения казенного имущества. Он подчеркнул, что за подобные бесчинства будет немедленно предавать суду.
12 июля 1919 года Рыков сообщал Троцкому о необходимости отменить приказ начальника Тамбовского укрепрайона, подчинившего себе губвоензаг и все склады. Этот шаг Рыков расценивал как незаконный и дезорганизаторский. 1 июля 1919 года Рыков протестовал против самовольного захвата в Туле склада, который обслуживал экстренные нужды армии.
Еще до назначения на пост чусоснабарма Рыков активно боролся против незаконных реквизиций. 5 ноября 1918 года он сообщал главнокомандующему И. И. Вацетису, что армейские подразделения самовольно захватили ряд пароходов, которые крайне необходимо использовать в последние дни навигации для перевозки продовольственных и нефтяных грузов. Так, в Казани были реквизированы пароходы «Повелитель», «Буря», «Гоголь», «Коммунистка», «Коммуна» и «Иван Сусанин», в Симбирске — «Аскольд». Аналогичные события произошли в Котласе, Царицыне и других портах.
Но все же главным в деятельности Рыкова на посту чусоснабарма была многогранная работа по налаживанию производства для обороны и его наиболее целесообразного распределения. Препятствий к этому было неисчислимое количество. Резко уменьшилось количество рабочих, особенно квалифицированных. К весне 1918 года число работающих в крупной промышленности сократилось вдвое. Культурный и общеобразовательный уровень рабочего класса был невысок. В 1918 году среди рабочих-мужчин лишь 35―40 процентов имели начальное образование. Среди женщин-работниц более половины были неграмотны.
К январю 1919 года в Петрограде осталось только 55 тысяч рабочих. В Московской губернии численность рабочих уменьшилась на 42 процента, в Иваново-Вознесенской — на 75,5 процента. Именно в этих районах рабочие были наиболее сознательными и квалифицированными. К весне 1922 года было сокращено 25,7 процента всех рабочих промышленности ВСНХ.
С осени 1919 года стал осуществляться перевод на военное положение крупных предприятий. Рабочие объявлялись мобилизованными. Самовольное оставление работы считалось дезертирством и каралось по законам военного времени.
Постоянные мобилизации в действующую армию рабочих играли крайне дестабилизирующую роль в налаживании производства важнейших промышленных товаров, крайне необходимых для армии. Так, завод в Петрограде по производству телеграфных аппаратов в связи с этим обстоятельством находился на грани закрытия. Количество рабочих к августу 1919 года сократилось с 350 до 110 человек. Рыков ставит вопрос перед правительством о необходимости освободить от призыва в армию и возвратить на завод мобилизованных квалифицированных рабочих, а также дать им тыловой армейский паек.
19 августа 1919 года Рыков писал Троцкому, что мобилизация квалифицированных рабочих разрушающе действует на деятельность оборонных предприятий, способствует катастрофическому падению производительности труда. Он напоминал, что необходимо точно и своевременно указывать не только количество, но и место доставки продукции оборонных предприятий. В то же время он призывал пресекать случаи спекуляции солдатами оружием и обмундированием.