В первых числах ноября 1917 года Склянский — комиссар Главного штаба, затем некоторое время комиссар Ставки Верховного главнокомандующего в Могилеве. Он устанавливает связь с ревкомами всех фронтов и армий для обеспечения переговоров о перемирии. В свой недолгий выезд в 5-ю армию организует встречу делегацией 5-й армии вновь назначенного Верховного главнокомандующего Н. В. Крыленко и подготовку переговоров о перемирии на участке 19-го корпуса. Большевистские организации 5-й армии без колебания стали на сторону Советского правительства, что определило изоляцию реакционно настроенного командования 5-й армии и последующее безболезненное его устранение.
Когда в 9 часов утра 12 ноября чрезвычайная делегация по переговорам о перемирии прибыла в Двинск, поезд Верховного главнокомандующего Н. В. Крыленко встретили представители 5-й армии во главе со штабс-капитаном Э. М. Склянским. В тот же день на совещании делегатов 19-го корпуса Э. М. Склянский сообщил, что в полосе корпуса через линию фронта пойдут советские парламентеры и надо сделать так, чтобы ни один провокатор не смог им помешать. После корпусного совещания он выступил на митингах непосредственно в окопах. Рано утром 13 ноября Н. В. Крыленко, А. А. Иоффе, Л. М. Карахан, сопровождаемые представителями армейского комитета и делегатами 19-го корпуса, вышли к передовым окопам Московского пехотного полка, а во второй половине дня парламентеры перешли линию фронта. На фронте воцарилась тишина.
Все эти обстоятельства обусловили ходатайство революционного комитета Ставки в Совнарком утвердить Э. М. Склянского комиссаром Ставки главнокомандующего. Телеграмма Ревкома была рассмотрена на заседании Совнаркома 29 ноября 1917 года, и по предложению В. И. Ленина Склянский, уже показавший свои незаурядные способности организатора, был оставлен для работы в Петрограде.
23 ноября приказом по военному ведомству Э. М. Склянский совместно с Н. И. Подвойским, К. А. Мехоношиным и Б. В. Леграном назначается в коллегию по управлению делами военного министерства.
С преобразованием Совета Народных Комиссаров по военным и морским делам в коллегию Наркомвоенмора Склянский назначается в состав коллегии, некоторое время работает председателем Военно-хозяйственного совета, а 22 декабря 1917 года Совет Народных Комиссаров назначает его товарищем (заместителем) народного комиссара по военным делам.
После утверждения полного состава Высшего военного совета 19 марта 1918 года Э. М. Склянского назначают его членом, а затем заместителем председателя Высшего военного совета.
Находясь в центре практического руководства строительством Красной Армии, Э. М. Склянский уже в конце марта 1918 года пришел к убеждению, что создать массовую армию на началах добровольности не удастся.
Характерно в этом отношении его выступление на объединенном совещании командного состава Петроградского военного округа и представителей районных советов Петроградской трудовой коммуны. На совещании обсуждался вопрос о создании военного комиссариата Петроградской коммуны. Сторонники всеобщей выборности командного состава утверждали: «Передача власти в руки генералов допустима быть не может. Истые революционеры в такую армию не пойдут. Армия, стоящая на страже интересов социализма, должна быть создана из чисто революционных масс».
Формулируя ответ на эти ультрарадикальные мнения, Склянский заявил: «Будущая армия должна быть построена на принципе принудительности, состав армии будет не чисто пролетарский, а смешанный. Армию необходимо поставить в такие условия, при которых бы она служила защите пролетарских интересов. Диктатура пролетариата должна быть проведена в жизнь. Если при создании армии руководствоваться исключительно добровольцами, то желательных результатов мы не достигнем».[67]
Как известно, эта точка зрения впоследствии стала преобладающей. В апреле — мае 1918 года Советское правительство провело ряд подготовительных мероприятий, и летом 1918 года Красная Армия перешла к методу мобилизации на основе обязательной военной службы трудящихся.
В осуществлении этих мероприятий Э. М. Склянский принимал самое непосредственное участие, являясь убежденным сторонником строительства строго дисциплинированной армии.
Когда в мае 1918 года вспыхнул чехословацкий мятеж и к началу августа фронт приблизился к Волге и пала Казань, все руководящие работники Наркомвоенмора и Высшего военного совета выехали в боевые части. Склянскому В. И. Ленин поручил важнейшие задания по организации Красной Армии и ее боевого обеспечения, военно-дипломатические и другие самые разнообразные дела. В эти напряженные дни Владимир Ильич по многим военным вопросам обращался непосредственно к Склянскому.