Форсированная демобилизация, особенно в районах, охваченных голодом, при разрушенном транспорте, недостатке обмундирования и невозможности сразу дать всем демобилизованным работу, требовала от Реввоенсовета Республики огромного напряжения сил. И снова, как в моменты самых напряженных боев, Склянский сутками не покидает свой рабочий кабинет. Особенно увеличивается его нагрузка в СТО. С 4 января 1921 года по декабрь 1922 года состоялось 301 заседание Совета Труда и Обороны, и почти на каждом из них присутствие Склянского было необходимо. В эти же годы он был основным докладчиком от военного ведомства и в СНК. Из 134 заседаний СНК Склянский присутствовал более чем на половине из них.
В январе 1924 года Советское государство понесло невосполнимую потерю: 21 января скончался В. И. Ленин.
Склянский, как и весь народ, остро переживал его безвременную кончину. В. О. Склянская-Ваксова, вспоминая эти трагические дни, рассказывала: «В ту ночь, как всегда, Склянский приехал в 2 часа ночи, и не успел он лечь в постель, как позвонили по телефону и вызвали куда-то (мне он ничего не сказал). Вскоре он вернулся усталый, постаревший и, когда я спросила, что случилось, сказал мне: „Умер Владимир Ильич“. Рано утром Склянский уехал в Горки и вместе с гробом вернулся в Москву.
Все дни, пока гроб с телом Владимира Ильича стоял в Колонном зале Дома союзов, я стояла около. Склянский был назначен главным разводящим, он ставил и менял посты у гроба».
Однако, несмотря на напряженную работу Реввоенсовета Республики и Штаба РККА, дело с реорганизацией армии не во всем шло гладко. Обострение угрозы военного нападения в связи с поражением революции в Германии осенью 1923 года заставило предпринять ряд мер по укреплению наших западных границ и привести армию в боевую готовность. И здесь выявилось, что непрерывные сокращения и реорганизации Красной Армии, проводившиеся после окончания гражданской войны без единого плана и лишь применительно к тем средствам, которые могла отпустить страна на военные нужды, привели к ухудшению материального снабжения армии, падению дисциплины и, как результат, к понижению ее боевой готовности. Ко всему этому еще добавилась чрезмерная текучесть личного состава из-за неупорядоченных призывов и ряда других причин.
Как отмечал М. В. Фрунзе на февральском пленуме ЦК РКП(б) в 1924 году, «подготовительная работа, которую мы осенью повели в военном ведомстве, показала, что ни с одной стороны — ни в отношении снабжения, ни со стороны организационной — мы к большой войне не готовы».
Назревала необходимость в коренной военной реформе, которая завершила бы начавшиеся преобразования Красной Армии и установила строгую систему ее организации и подготовки. Специальная военная комиссия под председательством члена ЦКК С. И. Гусева, назначенная Центральным Комитетом в январе 1924 года, вскрыла все эти недостатки и предложила ряд мер для их устранения. Одной из них было обновление руководства РВС СССР.
Выступая на пленуме ЦК, М. В. Фрунзе, в частности, заявил: «Я не хочу и не могу упрекать тов. Склянского в том, что он виноват в непринятии каких-либо мер. Сам он делал все, что было в его силах, для того, чтобы отстоять интересы армии в соответствующих инстанциях. Его работа протекала у меня на глазах, и я свидетельствую, что она выполнялась с должной энергией. Но беда в том, что он не имел достаточного партийного авторитета, благодаря чему все эти усилия сплошь и рядом не могли дать военному ведомству и Красной Армии необходимых результатов».
Действительно, когда Л. Д. Троцкий фактически самоустранился от работы в РВСР и переключился на политическую борьбу в Центральном Комитете, стало заметно сказываться то обстоятельство, что его заместитель не был ни членом ЦК, ни членом ЦКК. «Пробивать» ему предложения Реввоенсовета, требовавшие больших финансовых расходов, было, конечно, трудно, а подчас и невозможно.
11 марта 1924 года постановлением СНК на пост заместителя председателя Реввоенсовета СССР вместо Э. М. Склянского был назначен член ЦК РКП(б) М. В. Фрунзе.
В апреле 1924 года Ф. Э. Дзержинский, тогда Председатель ВСНХ, обратился с просьбой в ЦК РКП(б) откомандировать Склянского в ВСНХ на производственную работу. Его назначили председателем треста «Моссукно», и в июне он приступил к новой работе. И вновь Склянский считал себя как бы мобилизованным, только дивизии сменились фабриками, бойцы — рабочими, но задача оставалась прежней — борьба за новое общество.
Организаторский талант, семилетняя практика работы в Реввоенсовете Республики вскоре выдвинули его в число сильных хозяйственных работников.