Однако для многих, и в первую очередь для высших чинов старой армии, назначение Вацетиса главкомом было неожиданностью и вызвало даже неудовольствие. По их мнению, должность Главнокомандующего всеми Вооруженными Силами Республики мог занимать человек, обладавший обширными оперативно-стратегическими познаниями, значительным опытом командования объединениями (армиями и фронтами). Этим требованиям Вацетис как будто не отвечал. После окончания училища и вплоть до конца 1917 года он командовал только подразделениями и частями, то есть имел практический опыт, не выходивший за рамки тактического масштаба. Правда, этот опыт был весьма значительным, и в тактических вопросах Вацетис разбирался досконально. Вот как оценивал Маршал Советского Союза Г. К. Жуков опыт, полученный от командования полком: «Командир части, который хорошо освоил систему управления полком и способен обеспечить его постоянную боевую готовность, всегда будет передовым военачальником на всех последующих ступенях командования как в мирное, так и в военное время».
Есть еще одно немаловажное обстоятельство, свидетельствующее, что Вацетис вполне соответствовал новому назначению. В 1908 году он окончил Академию Генерального штаба и был переведен на дополнительный курс, который был предусмотрен главным образом для практических занятий с офицерами, готовившимися служить в Генеральном штабе. Таким образом, Вацетис получил высшее военное образование, изучил достаточно полно тактику и стратегию и в теоретическом отношении вполне соответствовал своему назначению. Приобрел он и определенный практический опыт работы в высших штабах. В старой армии существовало одно хорошее правило: кроме обязательного трехгодичного цензового командования ротой выпускники Академии Генерального штаба привлекались для работы в крупных штабах, чтения докладов, участия в полевых поездках. В соответствии с этим правилом Вацетис в разное время исполнял обязанности офицера Генерального штаба при штабе стрелковой дивизии, состоял штаб-офицером Генерального штаба при штабе армейского корпуса, возглавлял штаб дивизии, принимал участие в крупных маневрах. Все это способствовало закреплению на практике полученных теоретических знаний и расширению кругозора будущего полководца.
6 сентября 1918 года председатель Реввоенсовета Республики Л. Д. Троцкий подписал приказ о назначении Вацетиса Главнокомандующим всеми ее Вооруженными Силами. На следующий день Иоаким Иоакимович отдал приказ следующего содержания: «По постановлению Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета я принял командование над всеми Вооруженными Силами Российской Республики, обещав приложить все усилия на защиту государства от окруживших его со всех сторон врагов… Я твердо верю, что выйдем победителями мы, ибо мы боремся за святую идею, за право бедного ближнего, за справедливость на земле, и эта справедливость должна восторжествовать над рабством и эксплуатацией… Верю, что все члены Красной Армии проникнутся сознанием великой идеи настоящей борьбы и в ближайшие дни двинутся дружно к блестящим победам на историческую славу нашей хотя и молодой, но крепкой революционным духом Советской Республики, и пусть эти победы еще более укрепят ее дух и дадут ей силы и возможность здравствовать и процветать многие и многие годы!»[74]
Замечательные слова! В них выражена твердая уверенность в правоту идей революции и в непобедимость Красной Армии. Как Главнокомандующий всеми Вооруженными Силами Республики, Вацетис входил в состав Реввоенсовета Республики с правом решающего голоса и имел полную самостоятельность во всех вопросах оперативно-стратегического характера. За свои действия он нес ответственность непосредственно перед Реввоенсоветом Республики. Только РВСР, ВЦИК и Совнарком РСФСР имели право давать главкому какие-либо указания и требовать от него отчетов.
С председателем РВСР Троцким у Вацетиса отношения осложнились еще с весны 1918 года. Тогда латышские стрелки, которыми командовал Вацетис, встретили назначение Троцкого на пост народного комиссара по военным и морским делам с неудовольствием. Дело дошло до того, что на первом в истории Красной Армии майском параде латышские стрелки потребовали, чтобы парад принимал В. И. Ленин. Они отказались брать «на караул» для встречи Троцкого и отвечать на его приветствие. Когда же стало известно, что Троцкий приедет на парад, 4-й и 9-й латышские полки демонстративно под музыку покинули Ходынское поле.