А так как он без полетов жить не мог, то взял на себя и функции наставника. Тренировал и проверял в воздухе летчиков на аэродроме и на маршруте по трассам на Москву, Петрозаводск, в Прибалтику. От полетов в сложных метеоусловиях он получал какое-то особое удовлетворение. Эта черта присуща почти всем летчикам, влюбленным в свое дело: чем сложнее полет, тем большее удовлетворение от его выполнения.
Старых, опытных летчиков почти не было, в основном — молодежь, обстоятельства же требовали выполнения заданий, невзирая на сложные метеоусловия. Так что вывозка и тренировка летных экипажей в сложной обстановке на первых порах была основным участком работы.
В послевоенные годы произошел резкий качественный скачок в сторону совершенствования авиационной техники. На смену поршневым пришли турбовинтовые, турбореактивные двигатели, возросли скорости самолетов, их грузоподъемность. Увеличилась длина разбега при взлете и пробега после посадки. Новую технику аэродром с травяным покровом уже не устраивал, нужны были специально оборудованные аэродромы с бетонированными полосами большой протяженности, с открытыми подходами, радионавигационным оборудованием, с дальним и ближним радиоприводом, качественно изменялись аэродромная, стартовая, диспетчерская службы. Совершенствовалась система заходов и производства посадки.
Все это надо знать, надо изучать. Назрела большая необходимость усовершенствовать знания всего летного, инженерно-технического и обслуживающего персонала гражданской авиации, и в первую очередь — руководящего состава.
В связи с этим в числе других Евгения Ивановича направили в летный центр переподготовки. Обучение он закончил с отличием и в конце 1947 года получил назначение командиром отряда Московского управления ГВФ.
Но должность командира отряда все же больше административная, а в Управлении ощущалась потребность в опытных инструкторских кадрах, и Борисенко переводят на должность инспектора-инструктора Управления.
Эта должность для того периода была очень ответственной. Инспектор-инструктор отвечал за уровень летного мастерства всего летного состава Управления. На него возлагались большие обязанности. Как инспектор, он проверял технику пилотирования летчиков, а как инструктор, обязан был заниматься и их тренировкой, обучением, переучиванием.
Борисенко любил эту работу и взялся за нее с полной отдачей. Последователь школы таких мастеров летного искусства, как ветераны авиации Иван Филиппович Миловидов, Леонард Густавович Крузе, он руководствовался известным принципом: чем больше пота в учебе, тем меньше крови в бою. Дорогостоящую технику и жизнь людей можно доверять только надежным специалистам, мастерам своего дела.
Проверку и тренировку Борисенко начал с инструкторского состава, заместителей командиров по летной службе, а потом все вместе взялись за проверку, тренировку всего летного состава Управления. И первые же проверки показали, что у многих летчиков была завышена классность. Диспетчер, давая назначение в рейс в сложной метеообстановке, руководствовался документами: летчик первого класса, значит, его и посылали, а на деле оказывалось, что он не мог справиться с трудностями, не имел соответствующей подготовки, отсюда и аварийность. Многих надо было переучивать, некоторым понижать классность, а кое-кого и переводить на летную работу, не связанную с перевозками пассажиров.
Результаты кропотливой работы не заставили себя ждать. Аварийность уменьшилась, положение в авиаотрядах значительно улучшилось, но высокое деловое напряжение отрицательно сказалось на здоровье Евгения Ивановича. Организм не выдержал, и он слег в больницу. Напомнили о себе и контузии, и травмы, расстроилась нервная система, пошаливало сердце. В общем, опять, нервное истощение и физическое переутомление. Требовался щадящий режим. Врачи настойчиво рекомендовали перейти на более легкую работу, не связанную с высоким физическим и нервным напряжением. Перед начальством встал вопрос: или потерять специалиста и человека, или облегчить его труд.
После выздоровления Борисенко получил назначение на международные воздушные линии командиром корабля с местопребыванием за границей. Сначала он отбыл за границу один, а потом забрал к себе и семью. Работа обычная, относительно нетяжелая — водить современный пассажирский лайнер, ответственность — в пределах должности командира корабля, условия жизни и работы — хорошие, хотя летать приходилось и днем и ночью, и в плохих метеоусловиях. Евгений свою работу любил, летал мастерски, пользовался большим авторитетом, слыл знатоком своего дела. Здоровье его значительно улучшилось. Чувствовал себя прекрасно, семья была счастлива. Можно, было жить не тужить и пребывать на этой работе столько, сколько позволят тебе годы и здоровье.