Аресты затронули тогда значительную часть сотрудников центрального аппарата Разведывательного управления, которые долгое время работали за рубежом, знали все тонкости оперативной работы. Других отправляли из Москвы на должности в разведывательных отделах штабов военных округов и армий. На их места назначались наскоро отобранные в войсках и военных академиях РККА молодые офицеры, прошедшие краткосрочный курс обучения в специальной разведывательной школе. Эти люди активно стремились овладеть новыми специальностями, но им не хватало опыта, необходимого для квалифицированного управления резидентурами и отдельными группами за рубежом, знания всей специфики агентурной деятельности. Многократная смена руководства управления и основных сотрудников Центра часто сопровождалась отрицанием того, что ранее было задумано и осуществлено прежними работниками, объявленными «врагами народа». Это, к сожалению, стало приводить к серьезным ошибкам в руководстве зарубежными структурами военной разведки.
Никто из новых сотрудников не знал о Рамзае, его возможностях, успехах, достигнутых нелегальной резидентурой в Токио. По практике того времени они искали на каждого зарубежного работника компрометирующие данные, чтобы «выявить и обезвредить врага в рядах разведывательного управления». При этом в делах восточного агентурного отдела были обнаружены документы, содержащие обвинения в адрес Рихарда Зорге. В одном из них содержались его высказывания на одной из встреч с курьером, состоявшейся в 1934 году. Он якобы говорил, что линия Коминтерна построена на пассивной тактике «удержания наличного», то есть оказания помощи строительству социализма в СССР, а поддержка зарубежных компартий недостаточна. Это было расценено как уклонение вправо от линии партии.
Другим документом была характеристика Зорге, подготовленная Покладком после встречи с ним в 1935 году. В ней он написал, что резидент «…скрытный, неискренний и двойственный человек, чего-то не договаривающий… У него “резко” выражены элементы болезненного самолюбия и самомнения… большая доля верхоглядства… относится к числу лиц, которые любят хорошо пожить, ни в чем себе не отказывая и не очень усидчиво и усердно работая…». В выводах Покладок отметил, что у него «чувство недоверия к Рамзаю». В апреле 1937 года, когда НКВД начал «вычищать» Разведывательное управление от всех вызывавших сомнение лиц, тот же Покладок, который неприязненно относился к Зорге (возможно, из чувства зависти: сам он два года находился в Японии в командировке, агентурной работой не занимался, существенных успехов не добился), дал письменную оценку работы резидента в Токио за 1935–1936 годы, которая содержала только критику и противоречила тем оценкам, которые давал Зорге начальник управления Урицкий. В этом документе делался следующий вывод: «Несомненно, ряд сведений от Рамзая носит дезинформационный характер, требует критического отношения к себе и самой тщательной проверки».
В условиях кадровой чехарды, выявления и арестов «врагов народа» новые сотрудники восточного отдела Разведывательного управления не стали разбираться в сути этих бездоказательных обвинений. Во второй половине 1937 года на имя Гендина был подготовлен доклад с предложением отозвать Рамзая из командировки и ликвидировать всю его резидентуру как не вызывающую политического доверия. Старший майор госбезопасности Гендин, направленный в военную разведку, чтобы очистить ее от «шпионов, предателей и враждебно настроенных к советской власти лиц», сначала согласился с этим предложением. Однако через некоторое время отменил свое решение. На профессионального контрразведчика произвели большое впечатление уникальные результаты работы нелегальной группы в Токио, руководимой Зорге. Регулярно ему на стол ложились телеграммы, подписанные Рамзаем, а также секретные документы, добытые резидентурой. В них содержалась настолько важная информация, что прекращать результативную работу резидентуры Гендин пока посчитал нецелесообразным.
Изменившаяся расстановка сил в мире осложнила стратегическое положение СССР как на западе, так и на востоке. Антикоминтерновский пакт способствовал активизации агрессивных устремлений Германии и Японии. Гитлер стал готовить воссоединение с германским рейхом Австрии, аннексию Судетской области, в последующем и всей Чехословакии. Ускоренными темпами развивались вооруженные силы Третьего рейха. Разведывательное управление в своих докладах военно-политическому руководству страны отмечало, что ведущую роль в антисоветском фронте на Западе к началу 1937 года стала занимать Германия, которая становилась серьезной силой, «неудержимо растущей под фашистскими, антисоветскими лозунгами». Однако напасть на СССР она пока не в состоянии, ей необходимо объединить свои силы с Польшей и Финляндией. Для этого требовалось создание нового антисоветского военного союза, который пока еще не был сформирован.