Одзаки написал историю своего сотрудничества с советской разведкой, но совсем в другом ключе — как историю падения. "Сейчас я ожидаю окончательного приговора. Я достаточно хорошо осведомлен о важности законов, которые я нарушил… Выйти на улицу, жить среди друзей, даже после того, как пройдет много лет, уже невозможно и с точки зрения моей совести, и с точки зрения моих возможностей и сил… Я счастлив при мысли, что родился и умру в этой, моей стране…"
За время заключения он написал 250 писем жене и дочери. 73 письма были потом изданы и составили книгу, которая вышла под названием: "Любовь подобна падающей звезде".
"Моя любовь к семье проявила себя, как неожиданно мощная сила… поначалу читать письма жены было для меня так болезненно, что я не мог взглянуть на фотографию моего ребенка. Иногда я рыдал, иногда обида переполняла меня, и я думал, насколько все было бы проще, не будь у меня семьи… Профессиональные революционеры не должны иметь семьи…"
А еще он написал: "Я не трус, и я не боюсь смерти".
По японскому законодательству того времени заключенным разрешалась переписка только с близкими родственниками, находившимися на территории Японии. Зорге, как и супруги Клаузен, таких родственников не имел и был лишен прав на переписку. Однако после вынесения смертного приговора Зорге и Одзаки было разрешено написать предсмертные записки, и оба воспользовались этим разрешением. По заявлению бывшего начальника тюрьмы С. Итидзимы, он прочитал объемные предсмертные записки Одзаки и отправил их в министерство юстиции, сняв для себя копию. Эта копия и сохранилась, а оригинал сгорел вместе с другими материалами в здании министерства юстиции. Очевидно и предсмертные записки Зорге сгорели. Начальник же тюрьмы, не зная немецкого языка, не мог снять с них копию. Поэтому о последних записках Зорге известно лишь из воспоминаний профессора Икомы.
В 2004 году в Японии были обнаружены документы с описанием казни советского разведчика Рихарда Зорге и его ближайшего помощника Хоцуми Одзаки. Фотографии четырёх листков с описанием приведения в исполнение двух смертных приговоров 7 ноября 1944 года опубликовала газета "Асахи". Их случайно разыскал в одном из букинистических магазинов Токио исследователь деятельности группы Зорге Томил Ватабэ среди старых документов штаба оккупационных войск США Как сообщил Ватабэ, эта находка ставит точку в череде домыслов о последних минутах жизни выдающегося разведчика. В выписке из "Регистрационной книги приведения в исполнение смертных приговоров в тюрьме Итигая и токийском изоляторе Сугамо за 1932–1945 гг.", в частности, говорится: "Начальник тюрьмы Итидзима, проверив имя и возраст осужденного, сообщил ему; что, согласно приказу министерства юстиции, приговор будет исполнен в этот день и от него ожидают, что он спокойно встретит смерть. Начальник тюрьмы спросил, не желает ли осужденный что-либо добавить к своему завещанию, составленному ранее, относительно своего тела и личных вещей. Зорге ответил: "Моё завещание остаётся таким, каким я его написал". Начальник спросил: "Хотите ли вы ещё что-то сказать?" Зорге ответил: "Нет, больше ничего". После этого разговора Зорге повернулся к присутствовавшим тюремным служащим и повторил: "Я благодарю вас за вашу доброту". Затем его завели в камеру исполнения приговоров. В соответствии с волей казненного, а также со статьей 73, параграфом 2 и статьей 181 тюремного регулирования тело было захоронено в общей могиле".
Казнь Зорге состоялась 7 ноября 1944 года в 10.20. В 10.36 он был объявлен мертвым. Сердце Зорге билось ещё 8 минут. Ранее, в 9.33, был повешен Одзаки, объявленный мертвым в 9.51.
В печати об этом ничего сообщено не было. Японские власти, кроме заявления от 17 мая 1942 года, никакой информации о деле Зорге не давали.
Рихард плохо владел японским языком, но последнюю фразу произнёс именно по-японски, а не на русском или немецком: "Сэкигун (Красная Армия)! Ко кусай кёсанто (Коминтерн)! Собиэто кёсанто (Советская компартия)!"
Зорге похоронили во дворе тюрьмы Сугамо, а в 1967 году урну с прахом перезахоронили на кладбище Тама в Токио, с отданием воинских почестей. Перезахоронила Зорге на этом кладбище его японская жена Исии Ханако. Это она обнаружила и опознала останки Зорге — по следам от трёх ранений на ногах, очкам, пряжке на поясе и золотым коронкам.
На могильном камне Зорге — плита из полированного чёрного мрамора с надписью на русском языке: "Герой Советского Союза Рихард Зорге", изображением медали и лавровой ветви. Ниже идет надпись на японском языке, слева и справа — гранитные плиты с описанием жизни Зорге и с именами и датами смерти его соратников. Ханако навещала могилу Зорге вплоть до своей смерти в 2000 году и была похоронена рядом с ним.