Вскоре на обширных, недавно захваченных территориях Месопотамии Траян встретил новые, еще более серьезные трудности. В 116 г. всю южную часть этой страны охватило восстание. В то же время парфяне вновь собрались с силами и напали на позиции римлян в Северной Месопотамии, Адиабене и Армении. Линии сообщений войск Траяна были атакованы и нарушены во многих местах. Император в некоторой степени восстановил порядок и даже возвел на престол в Ктесифоне парфянского марионеточного царя, однако его ставленник оказался не в силах утвердиться на этом престоле. Еще до того, как это выяснилось, Траян отправился домой. Но едва он добрался до города Селин в Киликии (на юго-востоке Малой Азии), как слег от приступа водянки, завершившегося параличом, и вскоре скончался.
В перерывах между войнами Траян проявил себя умелым цивилизованным правителем. Он твердо придерживался традиционных конституционных методов и уважал привилегии сената. Материальные потребности людей также находились под его пристальным вниманием. Снабжение зерном было обеспечено, а свободное распределение гарантировано его большему числу потребителей, чем прежде. Другим достижением Траяна было создание института алиментаций — системы денежных субсидий для детей бедняков. Он отказался от взимания пошлины при вступлении в должность, которые подданные платили прежним императорам, и облегчил налогообложение провинций. Наместники провинций подбирались с особой тщательностью, хотя управление финансовыми делами в провинциях и на местах, которое иногда выходило из-под контроля, иногда поручалось таким специально назначенным администраторам, как Секст Квинтилий Валерий Максим в Греции и Плиний Младший в Вифинии. Служебные письма Плиния, адресованные Траяну, и ответы на них свидетельствуют о заботе императора о благосостоянии жителей провинций, которая уживалась в нем с подозрительностью и тревогой по поводу собственной безопасности и стремлением по-отечески помочь так называемым самоуправляемым городам. В одном из таких писем Плиний спрашивал, как относиться к секте христиан. «Не следует их затравливать, — отвечал Траян. — Всякий, кто обвинен и осужден на изгнание, если он говорит, что не является христианином, и подтверждает это своим поведением — а именно почитанием наших богов, — тогда, какое бы подозрение он ни навлек на себя в прошлом, он заслуживает прощения своим раскаянием». Этот ответ, смягчающий отвратительную жестокость наказания, показывает, что Траян стремился скорее снизить накал, а не обострить отношения в обществе.
Во времена его царствования постоянно расширялись общественные строительные работы, в том числе и замечательной сети дорог и мостов по всей Империи. Основанная им в 100 г. в Тамугади (в Нумидии) колония для бывших солдат, представлявшая собой укрепленный лагерь с домом сената, базиликой и форумом и находившаяся на пересечении двух дорог провинции, сохранилась лучше всех римских поселений в Африке. В Италии внушительный акведук Траяна, последний в системе столичных водопроводов, существенно улучшил снабжение жителей города водой. Питаясь от источников близ озера Сабатин и протянувшись до Яникульского холма в черте города, этот водопровод направлял воду на крупные мельницы, затем поставлял ее на другой берег реки и заканчивался, как указывали писатели древности, у холма Эсквилин.
На Эсквилине же находились бани Траяна, воздвигнутые возле главного жилого крыла Золотого дворца Нерона и открытые в 109 г. за два дня до введения в действие акведука Траяна. И хотя ныне от бань почти ничего не осталось, можно приблизительно восстановить их план. Ясно, что эта просторная постройка превосходила размерами все виденное прежде и стала первой из крупных городских терм, которых было всего одиннадцать. Центром термы Траяна являлось собственно банное помещение с регулируемой температурой воздуха и воды, которое было втрое больше расположенных неподалеку бань Тита. Огромный главный зал с крестообразным сводом окружала огороженная территория для проведения культурных мероприятий общественного центра. Это массивное, соответствовавшее требованиям того времени сложнейшее утилитарное и монументальное здание стало плодом труда императорского архитектора Аполлодора из Дамаска, мастера по возведению сооружений, скрепленных бетоном, использование которого делало возможным создание устремленных ввысь арок, апсид и сводов высокой прочности.