В 1492 году пересчитывалась пасхалия на новую, восьмую тысячу лет православного летоисчисления от Сотворения мира. В комментарии митрополита Зосимы, сопровождавшем это важное дело, об Иване III говорилось как о новом царе Константине, правящем в новом Константинове граде — Москве.
Развитие этой идее принесла переписка старца псковского Елеазарова монастыря Филофея с сыном Ивана, государем Василием III, и дьяком Мисюрем Мунехиным. Филофеем была высказана концепция Москвы как «Третьего Рима», в течение многих веков тревожащая умы русских людей. Филофей рассматривал Москву как центр мирового христианства, единственное место, где оно сохранилось в чистом, незамутненном виде. Два прежних его центра — Рим и Константинополь («Второй Рим») пали из-за вероотступничества. Филофей писал: «…все христианские царства пришли к концу и сошлись в едином царстве нашего государя по пророческим книгам, то есть Ромейском царстве, поскольку два Рима пали, а третий стоит, а четвертому не быть». Иначе говоря, «Ромейское царство» — неразрушимо, оно просто переместилось на восток, и Россия — новая Римская империя. Василия III Филофей именует царем «христиан всей поднебесной». В этой новой чистоте России предстоит возвыситься, когда государи ее «урядят» страну, установив правление справедливое, милосердное, основанное на христианских заповедях. Но более всего Филофей беспокоится не о правах московских правителей на политическое первенство во вселенной христианства, а о сохранении веры в неиспорченном виде, о сбережении последнего средоточия истинного христианства. Филофеево «неразрушимое Ромейское царство» — скорее духовная сущность, нежели государство в привычном значении слова. Роль московских государей в этом контексте — в первую очередь роль хранителей веры. Справятся ли они со столь тяжкой задачей?
По словам историка средневековой русской литературы А. М. Ранчина, Москва у Филофея «является последним Римом, потому что приблизились последние времена, в преддверии которых число приверженцев истинной веры, согласно Откровению святого Иоанна Богослова, уменьшится. Именно поэтому эстафета передачи метаисторического Ромейского царства уже завершена. Но неизвестно, удастся ли и Москве — Третьему Риму исполнить свою миссию, свое оправдание перед Богом». Филофей, таким образом, вовсе не поет торжественных гимнов молодой державе, он полон тревоги: такая ответственность свалилась на Москву!
Идея Москвы как Третьего Рима долго не получала широкого признания. Слова, сказанные в «Русском Хронографе», завоевали умы русских книжников быстро и прочно. Концепция Досифея Топоркова о милостивом вмешательстве Богородицы в судьбу Москвы и России получила преобладающее значение. А вот рассуждения Филофея никак не становились столь же известными.
Лишь во второй половине XVI века их начинают воспринимать как нечто глубоко родственное московскому государственному строю.
При утверждении в Москве патриаршества была составлена «Уложенная грамота». Писавшие ее московские книжники вложили в уста патриарха Константинопольского Иеремии похвалу царю Федору Ивановичу: «Твое… благочестивый царю, Великое Российское царствие, Третей Рим, благочестием всех превзыде, и вся благочестивое царствие в твое во едино собрася, и ты един под небесем христьянский царь именуешись во всей вселенной, во всех христианех…» Конечно, и сам Иеремия, и всё греческое священноначалие Православного Востока едва-едва познакомилось с московской историософией; вряд ли они разделяли такой взгляд на Москву и Россию; но, во всяком случае, наши интеллектуалы приписали греку идею Москвы как Третьего Рима как нечто само собой разумеющееся.
Еще одна историософская идея, популярная в допетровской России (может быть, самая популярная), заключалась в сравнении Москвы с Иерусалимом. Русские книжники и русские власти были твердо уверены: новая русская столица переняла особенную божественную благодать от Иерусалима, который был ею прежде щедро наделен, но впоследствии утратил ее. Теперь Москва — город городов, огромная чаша, где плещется эта благодать.