В 1575 году произошло странное событие, которое многими исследователями трактовалось как рецидив опричнины. Иван Васильевич вновь выкроил себе особый удел в тверских землях и возвел на русский престол крещеного татарского царевича Семиона Бекбулатовича, даровав ему титул великого князя Московского. Номинально правил Семион Бекбулатович, от его имени составлялись жалованные грамоты и указы, а истинный государь отправлял на имя «великого князя Московского» челобитные, написанные в юродском стиле и содержавшие пожелания-инструкции. Соловецкий летописец дает краткое описание того странного времени: «Государь царь на Московское великое княжество на государьство посадил великого князя Семиона Бекбулатовича, а сам государь пошел „на берег“ на службу и стоял все лето в Колуги. А был на великом княжении год неполон. И после того пожаловал его царь и государь великий князь Иван Васильевич всея Русии на великое княжение на Тверь, а сам государь опять сел на царство на Московское». Реальной власти у Семиона Бекбулатовича оказалось совсем немного, монеты с его именем не выпускались, иностранные дипломаты переговоров с ним не вели, в разряды его имя не вошло, сокровищница и царские инсигнии оставались под контролем Ивана IV.
Историки выдвинули множество версий, чтобы объяснить столь странный шаг московского государя. В настоящее время наиболее вероятной справедливо считается та, которая опирается на фразу Пискаревского летописца о неких «волхвах» (астрологах), предсказавших на тот год кончину «московскому царю». Страх государя перед изменой подстегивался действительным заговором «сорока дворян», о котором сообщает имперский дипломат Даниил Принс из Бухау.
Всякий социальный эксперимент и всякий поворот на попятный имеют свою цену. В военном отношении это означало следующее: после опричнины и нашествий Девлет-Гирея, в середине 1570-х, Россия уже не располагала ни достаточным количеством воинов, ни экономическими ресурсами, потребными для ведения войны на нескольких фронтах сразу. Груз колоссальных военных предприятий страна выносила с большим трудом.
Во второй половине 1570-х воеводы, не боясь царского гнева, угрожавшего опалой, ссылкой и казнью, отказывались решать боевые задачи. В Москву летели доклады: сил явно не хватает! Гарнизоны самовольно покидали крепости. Дети боярские бежали из полков.
Ливонская война стала одновременно делом чести и идеей фикс Ивана Васильевича.
В 1570-х царь пытался добиться перелома личным участием в боевых действиях. Это вновь показывает, что, несмотря на изменчивый, неровный нрав и впечатлительный характер, государь не был тем фатальным трусом, каким его порой изображают. Вообще идея была плодотворной: когда сам царь возглавлял войска, отправляясь в поход, московской армии сопутствовала удача; воеводы проявляли чудеса храбрости и рвения — то ли от страха перед крутым нравом царя, то ли исполнившись уверенности в успехе кампании. Да и тактиком Иван Васильевич проявил себя недюжинным.
В 1572 году он возглавил зимний поход на Ливонию, в результате которого была взята Пайда (Вайссенштайн). При штурме крепости 1 января 1573 года «на пролом» были расписаны виднейшие опричники «первого призыва». Среди них Михаил Андреевич Безнин, Роман Васильевич Алферьев, Василий Григорьевич Грязной. Тогда же погиб главный «фаворит» государя Григорий Лукьянович Скуратов-Вельский по прозвищу Малюта. Царь, видимо, хотел приучить старых своих любимцев к новому положению: мол, будете служить как все, а если надо, жизнь ставить на кон тоже придется на общих основаниях. Удачным продолжением взятия Пайды стал поход объединенной армии Магнуса Ливонского и русского корпуса H. Р. Юрьева на Каркус. Эта крепость также пала. Русские воеводы предприняли в середине 1570-х несколько удачных экспедиций на этом фронте, действуя сравнительно небольшими силами. В 1575 году H. Р. Юрьеву удалось взять Пернов, правда, положив немало своих бойцов при штурме. В 1576 году капитулировали порт Гапсаль, города Коловерь, Лиговерь и Падца. Таким образом, наши армии медленно, но верно выталкивали шведов из Ливонии.
Но такие стратегически важные пункты, как Рига, Таллин, Венден, стояли крепко. Очередная попытка взять Таллин провалилась весной 1577 года.