В феврале 1563 года армия Ивана IV взяла Полоцк. Обосновавшегося там Фому поймали и казнили. Что касается сути учения феодосиан, то ее разобрал и опроверг инок новгородской Отенской обители Зиновий. Перу Зиновия Отенского принадлежит антиеретическое сочинение, ставшее впоследствии знаменитым: «Истины показание».
Иван Васильевич позаботился о том, чтобы московский рубеж надолго стал восточной границей распространения протестантизма. Его походы на запад неоднократно принимали в ходе Ливонской войны вид военных экспедиций, направленных к религиозному очищению, борьбе с засильем «прескверных лютор». Особенную роль сыграли походы 1562–1563 годов на Полоцк и 1577 года в Южную Ливонию. Царь лично принимал участие в религиозных диспутах с иностранными проповедниками, неизменно занимая позицию ревнителя православия.
Одной из самых значительных заслуг царя перед Церковью и страной является введение в России государственного книгопечатания. От 50-х — начала 60-х годов XVI столетия до нас дошло несколько «анонимных» изданий; некоторые из них могут быть с большим на то основанием приписаны неизвестной московской типографии. По всей вероятности, на этом издательском предприятии использовался труд итальянских инженеров, поскольку терминология раннего русского книгопечатания взята из итальянского языка. Некоторые исследователи связывают работу этой типографии с просветительской деятельностью Сильвестра, участника Избранной рады, но доподлинно неизвестно, кто содержал печатню и где она располагалась. В первой половине 1560-х годов государь Иван Васильевич и митрополит Макарий основали Печатный двор в Китай-городе — первое отечественное издательство, деятельность которого документирована. Печатный двор поддерживался государством и Церковью, иными словами, он обеспечивался финансами и кадрами на регулярной основе. В 1564 году мастера-печатники Иван Федоров и Петр Мстиславец выпустили «Апостол» — первую российскую книгу, выходные данные которой известны ученым. Затем вышел «Часослов». По словам самого Ивана Федорова, царь благосклонно относился к его деятельности. Через несколько лет оба печатника переехали на территорию Великого княжества Литовского, чтобы заняться просветительской деятельностью среди православного населения Литовской Руси. Книгопечатание в России продолжалось: некоторое время типография работала в Александровской слободе, но впоследствии вернулась в Москву, на Никольский крестец (Китай-город).
Однако при всей твердости вероисповедной позиции Иван Васильевич с первой половины 1560-х годов стремился как можно меньше стеснять себя и в личной жизни, и в политике. Заповеди Христовы и христианская нравственность слабо связывали его страстную натуру, играя в «постановках» государя-лицедея роль декораций, но никак не стержня всего действия. Христианство же покоится на основах твердых и незыблемых, оно чуждается игр, его нельзя «поставить» на сцене. От артистической натуры оно требует великого смирения. Далеко не всякая артистическая личность с готовностью окунается в стихию смирения. И уж совсем редко — доходит до глубин самоочищения.
Уже в 1564 году, вскоре после смерти митрополита Макария, пользовавшегося у Ивана IV большим духовным авторитетом, государь пишет Курбскому о новой своей позиции по отношению к Церкви: «Нигде ты не найдешь, чтобы не разорилось царство, руководимое попами. Тебе чего захотелось — того, что случилось с греками, погубившими царство и предавшимися туркам?» С установлением опричнины царь всё реже прислушивается к голосу Церкви. Так, он крайне отрицательно относится к попыткам архиереев избавить «изменников» от смерти. Именно в этом состояла главная причина его конфликта с митрополитом Филиппом, пришедшим на место митрополита Афанасия.