Эта «Отповедь» сильно раздражила католиков, так как, поймав Скаргу на противоречии самому себе, остроумно била его собственным же его оружием. Ответ католиков на «Отповедь» дышит сильным гневом и переполнен бранными выражениями. «Сам дьявол, — говорится в этом ответе, — из ада вылезши, не мог бы большей неправды сочинить, как этот „Христофор Филалет“». (Это имя в переводе с греческого значит «носитель Христа» и «любитель истины».) «Поистине каждый, — говорит сочинитель ответа, — может назвать его не Христофором Филалетом, а Дьявол офором и Филопсевдисом» (то есть «носителем дьявола» и «любителем лжи»).
В это же время явилось обстоятельное и правдивое сочинение о происхождении унии — «Перестрога» (то есть предостережение), написанное православным львовским священником.
Таким образом, борьба православия с унией и католичеством заставляла православных глубоко вдумываться в церковные вопросы, пробуждала их силы и направляла их к литературной деятельности и проповеди.
Король в своей грамоте к русскому народу требовал, чтобы все православные последовали примеру митрополита — приняли унию, и запрещал признавать владыками и иметь общение с епископами, восстававшими против унии, и даже приказывал карать ее противников. Итак, сам король считал православных преступниками и своей властью узаконивал гонение на них.
Наказать всех противников унии, то есть целый народ, и принудить его признать унию было не под силу польскому правительству, но всячески теснить и гнать православных оно могло. Положение униатов было тоже далеко не привлекательным: они от своих отстали и к чужим не пристали. Православные презирали их как отступников; не считали их своими и католики: в унии они видели только переходную ступень к католичеству. Сенаторских мест униатским духовным сановникам польское правительство не дало, зато щедро наделяло их имениями, отнятыми у православных церквей и монастырей. Епископы-униаты своим корыстолюбием и небрежным отношением к церкви еще более роняли унию в глазах всех благомыслящих людей. Паны и шляхтичи, изменяя православию, считали за лучшее переходить не в унию, а прямо в католичество. Уния только и находила себе поддержку в правительстве.
После Михаила Рагозы, горько каявшегося в принятии унии, митрополитом стал Ипатий Поцей (1599). При нем усилились преследования православных: он отнимал у православных церквей и монастырей имения в пользу униатов, изгонял православных духовных лиц и давал их места униатам, теснил братства. Притеснения дошли наконец до того, что раздраженному населению стало невмочь более терпеть. Один православный мещанин в Вильно даже покусился на жизнь Поцея, но отрубил ему только два пальца. Преступник был казнен, а пальцы Поцея как мученика за веру долго лежали на престоле в церкви. Это покушение только сильнее разожгло страсти: преследование православных после этого еще более усилилось. На церковные места в униатской церкви стали допускать прямых католиков, и явно обнаружилось стремление обратить униатов совсем в латинство; преемник Поцея Иосиф Рутский особенно хлопотал об этом.
Начало XVII века, когда Московская Русь страдала от смут, было особенно тяжелым и для православных в западной Руси. Чего только не делалось здесь против них! Шайки голодных и оборванных жолнеров (солдат), воротившихся из похода на Москву, буйствовали, грабили и всячески тешились над православным населением. Иезуиты натравливали даже своих школьников на православное население, и те заводили с православными уличные драки, издевались над их обрядами, врывались в церкви и бесчинствовали. Бывали даже случаи, что «питомцы иезуитов» разносили церкви и дома. Все это буянам сходило безнаказанно с рук. Управы на них найти православным было негде: суды охраняли права лишь католиков и униатов, а не православных. Сильных покровителей их уже не стало. Князь Острожский умер в 1608 году. Многие прежде русские и православные роды ополячились.
В 1610 году появилось сочинение Мелетия Смотрицкого «Фринос» («Плач»). Здесь представлена православная церковь, которая оплакивает утрату западно-русских родов, перешедших в латинство, в следующих словах: