Первым пострадал Богдан Вельский: его, как человека близкого к царевичу Дмитрию, Борис всегда опасался. При начале своего царствования он удалил этого боярина из Москвы, послал его в украинские степи строить город Царев-Борисов. Вельский, устроив крепкий город, зажил в нем на широкую ногу, на свой счет снарядил войско, жаловал и ублажал всячески ратных людей.
— Царь Борис в Москве царь, а я царь в Цареве-Борисове! — пошутил Вельский как-то не в добрый час.
Об этом донесено было Борису. Он и придрался к этому случаю, когда стали ходить слухи о спасении царевича Дмитрия. Вельского привезли в Москву. Царь предал его поруганию, велел, говорят, своему иноземцу-врачу выщипать у Вельского его густую и красивую бороду, которой тот очень гордился. Он был сослан и заключен в тюрьму. Посланы были в ссылку и некоторые друзья и сослуживцы его.
Затем пострадали бояре Романовы. Эти бояре, племянники царицы Анастасии, родичи царя Федора, и притом любимцы народа, имевшие во всяком случае более прав на престол, чем Борис, всегда казались ему очень опасными. Устранить их с пути он считал необходимым, но придраться к ним было трудно. Наконец нашелся один из холопов, готовый за деньги клеветать на своего господина, одного из Романовых — Александра Никитича. Этот холоп донес, что его господин замышляет извести царя зельем. Сделан был обыск в доме Александра Никитича, и в кладовой нашли мешок с какими-то корешками, подложенный раньше самим доносчиком. Это сочли вполне достаточной уликой для осуждения Александра Никитича и его родичей. Так рассказывает об этом деле летописец. Так ли было дело или иначе, но несомненно то, что Романовых истязали при розыске, осудили как изменников и царь приказал разослать всех братьев по разным отдаленным местам. Старшего и самого даровитого, Федора Никитича, постригли в монахи под именем Филарета и сослали в Антониев-Сийский монастырь; жену его, Ксению Ивановну, урожденную Шестову, тоже постригли под именем Марфы. Только двое из Романовых, Филарет и Иван Никитич, пережили свое несчастье; остальные же трое (Александр, Михаил и Василий) умерли от лишений и жестокости приставов, наблюдавших за узниками. Пристава эти должны были зорко следить за ними и доносить, если что узнают от них; но ничего важного для Бориса пристава дознаться не могли. О Филарете доносили только то, что он жаловался на недругов своих, бояр, погубивших его, да сокрушался по своей семье.
— Милые мои дети! — говорил он. — Маленькие бедные остаются! Кто их будет кормить и поить? А жена моя бедная жива ли? Где она? Чаю, туда ее замчали, что и слух не зайдет! Мне-то уж что надобно… То мне и лихо, что жена и дети: как вспомнишь их, так словно кто рогатиной в сердце кольнет!..
Нашлись добрые люди, которые тайком приносили Филарету вести о его семье, жене и двух детях: сыне Михаиле и дочке, живших в ссылке с теткой на Белоозере. Не предчувствовали тогда сердобольные вестовщики, какая блестящая участь предстоит этой семье, разрозненные члены которой при жизни друг друга казались уже осиротелыми!..
Пострадали в эту пору и другие боярские семьи: Пушкины были сосланы в Сибирь; дьяк Щелкалов, призывавший народ по смерти царя Федора к присяге боярской думе, был сослан. Подозрительность Бориса разыгрывалась все сильнее и сильнее… Дмитрий не находился. Донесли Борису только о слухах, что враги его, скрывающие Дмитрия, намереваются препроводить его в Польшу. По западной границе была, по приказу Бориса, немедленно расставлена стража; велено было всех желающих переехать через рубеж задерживать и доносить о них. Все знали, по словам одного иноземного писателя, что ищут каких-то важных государственных преступников, но никому не объявляли, кого именно… Много «тесноты и обид» тогда испытал народ, много было захвачено и перемучено людей, ни в чем не виновных, а тот, кого искал Борис, не находился. Доносчиков и разведчиков становилось все больше и больше: за доносы и даже за клевету щедро награждали, и эта язва росла не по дням, а по часам. «Настала у Бориса в царстве великая смута, — читаем в летописи, — доносилии попы, и дьяконы, и чернецы, и проскурницы, жены — на мужей, дети — на отцов, отцы — на детей». За доносами следовали пытки, лишение имущества, ссылки.