Федерер принял одно решение, касающееся жизни вне корта, весной 2012 года – он разорвал связи с IMG, которая представляла его с лета 2005 года. Контракт Федерера с IMG истек в конце мая 2012 года, и он просто его не возобновил. В то же самое время его личный менеджер Тони Годсик также покинул IMG, потому что срок действия его контракта также подходил к концу, а он искал новые задачи. Было известно, что Годсика огорчали постоянные нападки со стороны СМИ на него и его жену Мэри-Джо Фернандес из-за предполагаемого злоупотребления положением сотрудника IMG (у IMG столько дел в мире спорта и СМИ, что многие рассматривают компанию как олицетворение злоупотребления своим положением, будь то правда или нет), но поговаривали, будто Годсик и Федерер работали над новой идеей: возможно, над поиском и разработкой роли Федерера по окончании карьеры теннисиста.
На Открытом чемпионате Франции у Федерера спросили, будет ли Годсик продолжать его представлять, и Федерер дал отрицательный ответ. На Уимблдоне Годсик определенно еще был членом команды Федерера, его аккредитация гласила, что он был «Менеджером РФ». Он оставался с Роджером на Открытом чемпионате США и Открытом чемпионате Австралии 2013 года, хотя суть их взаимоотношений не прояснялась.
Череда семнадцати побед подряд Федерера, начавшаяся в сентябре, продлилась до двадцати побед, прежде чем он уступил в полуфинале в Дохе Жо-Вильфриду Тсонга, не ударив ни по одному мячу. Если не считать это поражением, то тогда полоса насчитывала двадцать пять побед, и прервал ее Надаль, снова оказавшийся лучше на Большом шлеме и выигравший в четырех сетах на Открытом чемпионате Австралии в полуфинале. Но он сохранял эту движущую силу и одержал еще семнадцать побед подряд в Роттердаме, Дубае и Индиан-Уэллс, причем первые два турнира он вернул в свой календарь, желая вернуться на вершину рейтинга. У него был неплохой сезон турниров на кортах с грунтовым покрытием. Он выиграл на голубой глине Мадрида, когда все вокруг жаловались на то, что из-за этого цвета корт стал намного более скользким. Корт и в самом деле был скользким, но у этого было очень рациональное объяснение, не имевшее ничего общего с голубой краской, которая использовалась для того, чтобы мяч был больше заметен на телеэкранах. В Риме в полуфинале его победил Джокович.
Джокович снова поджидал его в полуфиналах в Париже, и всем хотелось увидеть, сможет ли Федерер показать такую же игру, как в прошлом году. На самом деле мало кто ожидал, что Федереру повезет войти в последнюю четверку, поскольку Хуан Мартин дель Потро лидировал в двух сетах в четвертьфинале. Однако он получил травму, и Федерер снова отыгрался, проиграв в двух сетах, в седьмой раз за свою карьеру. Матч против Джоковича был огромным разочарованием, хотя, возможно, нет худа без добра. Федерер так и не раскачался, Джокович победил его во всех сетах подряд. Сложилось стойкое ощущение, что Роджер не придает большого значения этой игре.
Федерер больше не был третьим фаворитом на Уимблдоне, и его репутация едва ли улучшилась, когда Томми Хаас победил его в финале в Галле. Однако вскоре Уимблдон всколыхнулся, что пошло на пользу турниру: в первый четверг Надаль проиграл малоизвестному чеху Лукашу Росолу, сотой (!) ракетке мира. Чех одолел вторую ракетку мира в пяти сетах благодаря комбинации стремительной игры и доли удачи: крышу пришлось закрывать как раз тогда, когда Надаль разошелся, и, возможно, он был несколько сбит этим с толку.
Федерер часто испытывал облегчение, когда Надаль проигрывал рано в крупном турнире, хотя он запнулся через день после того, как Надаль проиграл Робину Сёдерлингу на Открытом чемпионате Франции в 2009 году. Тогда Федерер проиграл в двух сетах Хаасу и чуть было не потерпел поражение. Через день после того, как Надаль проиграл Росолу, Федерер снова упустил два первых сета. На этот раз победу одерживал Жюльен Беннето, и всего два очка оставалось до поражения на тай-брейке четвертого сета. В конце концов он справился с тем, что оказалось его последним неуверенным моментом за весь турнир, хотя у него все же были некоторые проблемы со спиной в матче четвертого раунда против Ксавье Малисса. Это был матч, по ходу которого зрители могли лицезреть редкое зрелище: в середине матча Федерер позвал своего тренера.
Когда Надаль покинул турнир, то все были уверены, что Федерер выиграет в финале, с кем бы ни играл. Сомнение было разве что в том, сможет ли он в полуфинале одолеть Джоковича. До того они встречались двадцать шесть раз, но ни разу – на корте с травяным покрытием. Большинство из тех, кто следил за событиями в мире тенниса, чувствовали, что у Джоковича было преимущество, но не было опыта игры на траве. Изменило ли что-то умение играть на травяных кортах, сложно сказать. Джокович определенно выступил не лучшим образом (что-то повлияло на него – что именно, он говорить отказался), но и Федерер был полон вдохновения. За четыре сета он положил конец правлению Джоковича как чемпиона Уимблдонского турнира.