А Дэвид окончил разведшколу, получил звание лейтенанта и отправился в Северную Африку. К тому времени у него уже родились двое детей — Дэвид-младший и Абигейл. Десяток офицеров разведки, которые должны были собирать и обрабатывать информацию, проживали в Алжире на частной вилле, имели массу свободного времени и тратили его на дегустацию местных вин и покупку деликатесов, отпускавшихся по талонам и недоступных населению. Рокфеллеру было скучно заниматься сведением отчётов, подготовленных другими; владея французским, он предложил своему начальнику составить обзор политической и экономической ситуации в регионе. Тот, поколебавшись, согласился, и Дэвид начал создавать с нуля собственную разведывательную сеть. Мог бы совершить такое простой лейтенант? Но Рокфеллеру оказал помощь Анри Шевалье, главный управляющий компании «Стандард ойл Нью-Джерси» в Северной Африке — свёл его с деловым сообществом, арабскими бизнесменами и политическими лидерами. А премьер-министр Канады Маккензи Кинг рекомендовал сына своего друга канадскому генералу Джорджу Веньеру; Дэвид отправился в десятидневную поездку по Марокко с группой военных атташе союзных стран. Сеть информаторов, занимавших высокие посты, была создана в несколько месяцев. Кроме того, для укрепления связей с французской разведкой Дэвид совершил двухнедельную поездку в Каир и Стамбул.
Дэвид часто писал домой, но письма доставляли с задержкой в несколько недель: после перлюстрации их снимали на микроплёнку, отправляли в США, там увеличивали, распечатывали и рассылали обычной почтой. К счастью, в июле 1944 года Рокфеллера самого отправили с развед-почтой в Вашингтон, а там предоставили двухнедельный отпуск, чтобы он навестил семью. Он впервые увидел маленькую Нейву, родившуюся в июне. В том месяце американцы высадились в Нормандии, и к концу лета Париж был освобождён. Капитан Рокфеллер отправился туда и подготовил со своими сотрудниками большую серию отчётов, предсказавших судьбу лидера «Свободной Франции» генерала Шарля де Голля. «Его высокомерие, негибкость и сосредоточенность на чём-то одном — те качества, которые были столь важны для его политической победы над Жиро в Алжире, — создали серьёзные проблемы, когда французы начали заниматься формированием постоянного правительства и написанием новой конституции. Не прошло и года, как он потерял власть», — вспоминал впоследствии Дэвид.
Через десять дней после капитуляции Германии Дэвид посетил Франкфурт и Мюнхен, лежавшие в руинах. Встречи со старыми знакомыми прошли непросто, между ними теперь зияла гнойная рана войны: он пережил гибель друзей, долгую разлуку с родными, они — страх, сделки с совестью, унижения... Тогда же Дэвид побывал в Дахау и лишь там в полной мере осознал весь ужас нацистского режима.
В августе в Париже проездом побывал его дядя Уинтроп Олдрич, президент «Чейз нэшнл банка». Он полагал, что для Дэвида логичнее всего было бы сделать карьеру в «Чейз». У племянника его предложение не вызвало бурного восторга, но он обещал подумать. Однако демобилизации нужно было ждать несколько долгих месяцев. Только в начале октября его вызвали в Вашингтон. Нетерпеливая Пегги приехала туда из Нью-Йорка и жила в доме у Нельсона на Фоксхолл-роуд; целую неделю она каждый день ездила в аэропорт, надеясь высмотреть мужа в толпе прибывших военных. Наконец, он приехал; дети, для которых он был чужим, не сразу поняли, что это их отец, а не просто мужчина, конкурирующий с ними за внимание матери. После возвращения Дэвида они с Пегги отправились во второе «свадебное путешествие» в Мексику.
В военные годы Пегги часто впадала в депрессию из-за постоянного психологического давления: продукты по карточкам, судьба мужа неизвестна, да ещё мать постоянно указывает, что ей носить, как вести хозяйство и как воспитывать детей... Зато она сблизилась со свекровью, так что Джон-младший теперь ревновал жену к невестке. Их объединяла любовь к современному искусству. В 1944 году Эбби передала Музею современного искусства почти все деньги, которыми могла свободно распоряжаться, — около 600 тысяч долларов — и настояла на увольнении его директора Альфреда Барра, не справлявшегося с обязанностями при росте коллекций.
Дела Рокфеллеровского центра шли на лад: арендаторы уже записывались в очередь: четыре сотни компаний мечтали получить там офисы, так что пришлось достроить еще 93 тысячи квадратных метров, в том числе башню для компании «Эссо» (Eastern States Standard Oil) — так с 1932 года называлась «Стандард ойл Нью-Джерси». Очередь в мюзик-холл, где давали пять спектаклей в день, вытягивалась от угла Шестой авеню и 50-й улицы до Пятой авеню и 52-й улицы — на четыре квартала. Джону Рокфеллеру-младшему вернули долг в 57,5 миллиона долларов, и он разделил эти деньги между сыновьями. Нельсону было этого мало — он с головой ушёл в политику. Франклин Д. Рузвельт, вновь избранный президентом в 1944 году (в четвёртый раз — единственный случай!), назначил его заместителем госсекретаря по делам Американских республик.