2-й Белорусский фронт, наступавший севернее, в Померании, по приказу Ставки должен был двинуть значительные силы в Восточную Пруссию. Рокоссовский считал, что стремление Ставки одновременно иметь два главных направления наступления — на Берлин и Кёнигсберг ведет лишь к затягиванию войны. Он писал в мемуарах:
«На мой взгляд, когда Восточная Пруссия окончательно была изолирована с запада, можно было бы и повременить с ликвидацией окруженной там группировки немецко-фашистских войск, а путем усиления ослабленного 2-го Белорусского фронта ускорить развязку на берлинском направлении. Падение Берлина произошло бы значительно раньше. А получилось, что 10 армий в решающий момент были задействованы против Восточно-Прусской группировки… Использование такой массы войск против противника… удаленного от места, где решались основные события, в сложившейся к тому времени обстановке на берлинском направлении явно было нецелесообразным».
Но Рокоссовского не послушались, возможно, оттянув тем самым падение Берлина на два-три месяца. Политика опять влияла на стратегию не лучшим образом.
Первоначально Сталин, по всей вероятности, предполагал, в случае успешного преодоления вислинского рубежа, сразу же захватить плацдармы на Одере и развивать наступление на Берлин, воспользовавшись тем, что у немцев на одерском рубеже почти не было войск. Войска же Рокоссовского, продвигаясь в Померанию, надежно прикрыли бы правый фланг фронта Жукова. Но затем внимание Сталина все более стало смешаться в сторону Восточной Пруссии. Вероятно, тут играли свою роль несколько факторов.
Близилась очередная встреча Сталина с Рузвельтом и Черчиллем (она состоялась в Ялте 4–11 февраля). Советский Союз предъявил претензии на значительную часть Восточной Пруссии с Кёнигсбергом. Вероятно, Сталин хотел поставить союзников перед свершившимся фактом, захватив к моменту начала Ялтинской конференции Кёнигсберг и большую часть Восточной Пруссии. Возможно, он опасался, что в последние дни войны немцы там могут капитулировать перед англо-американским десантом. Поэтому армии Рокоссовского и были повернуты против Восточно-Прусской группировки. После этого противник вынужден был перебросить против главных сил 2-го Белорусского фронта части, оборонявшиеся на юге Восточной Пруссии, по Августовскому каналу против 50-й армии И. В. Болдина, оставив там лишь слабый заслон. Командующий армией не заметил этого маневра, продолжая докладывать, что противник обороняется в прежней группировке, и Рокоссовский сместил его.
Не удалось и захватить с ходу Эльбинг. Ворвавшийся в город танковый отряд был окружен и уничтожен. Также устояла против первых советских атак крепость Грауденц. Но уже 26 января 5-я гвардейская танковая армия вышла к побережью залива Фриш-Гаф, блокировала Эльбинг и отрезала Восточную Пруссию от остальной Германии.
Однако захватить Кёнигсберг и основную часть Восточной Пруссии не удалось ни к 4 февраля, ни к 1 марта. Хорошо укрепленный и отчаянно обороняемый Кёнигсберг, как известно, пал только 6 апреля, когда из него ушли основные войска, защищавшие город. Но это обстоятельство все равно никак не повлияло на решения конференции. Черчилль и Рузвельт согласились отдать Сталину Кёнигсберг. Были согласованы и зоны оккупации в Германии, причем Берлин оказался в советской зоне, но должен был контролироваться всеми тремя державами. Казалось бы, теперь свободно можно было наступать на Берлин.
Уже 10 февраля 1945 года Жуков докладывал Сталину о плане Берлинской наступательной операции. Целью операции было «сорвать оперативное сосредоточение противника, прорвать его оборону на западном берегу р. Одер и овладеть городом Берлином». По утверждению Жукова, войска 1-го Белорусского фронта были готовы начать наступление на Берлин 20 февраля. Они уже владели в тот момент Кюстринским плацдармом на западном берегу Одера. Но в тот же день, 10 февраля, директивой Ставки 50, 3,48 и 5-я гвардейская танковые армии были переданы из 2-го в 3-й Белорусский фронт для завершения разгрома Восточно-Прусской группировки. Тем самым были значительно ослаблены возможности Рокоссовского по продолжению наступления в Померании.