Он часто выступал в судах, вел общественную работу. Его жена Анжелика Павловна была уже тяжело больна, почти ослепла. Старший сын Николай проживал в Берлине, сыновья Владимир и Георгий пошли по стопам отца — тоже были членами коллегии защитников; юристом стала и дочь Галли, работавшая в Главспирте.
Но спокойная жизнь продолжалась недолго. Наступил 1937 год. В сентябре, защищая в так называемом спеццеле очередного "контрреволюционера", Малянтович, как отмечено в документах, допустил в своей речи "выпад" (надо полагать, против власти) и снова был изгнан из коллегии защитников.
1 ноября 1937 года Павел Николаевич был в очередной раз арестован. 26 ноября ему предъявили обвинение в том, что он, "будучи членом партии меньшевиков и непримиримым врагом пролетарской революции, в 1917 году вошел в состав Временного правительства, заняв пост министра юстиции и главного прокурора", "подвергал преследованиям и репрессиям большевиков, издал приказ об аресте В. И. Ленина". После Октябрьской революции он якобы "вел активную борьбу против Советской власти до дня ареста как член партии меньшевиков". Из этого постановления мы узнаем о том, что Малянтович писал "контрреволюционные мемуары", то есть воспоминания о своей жизни, которые у него были отобраны при аресте и исчезли где-то в архивах НКВД.
На одном из первых допросов Павел Николаевич признался, что являлся участником контрреволюционной организации, но впоследствии твердо отвергал все возводимые на него обвинения. Он признавал только общеизвестный факт — телеграмму о розыске и аресте В. И. Ленина. Судя по материалам следствия, Малянтовича только в течение первого года заключения допрашивали тридцать пять раз, а ведь расследование тянулось больше двух лет. Можно только поражаться мужеству, с каким стареющий адвокат держался на допросах, когда уличающие его показания давали не только люди, с которыми он дружил и которых уважал, но даже сын и брат.
Следователи так и не смогли вернуть Малянтовича к признательным показаниям. 19 января 1940 года Прокурор Союза Утвердил обвинительное заключение, и дело было направлено в суд. К этому времени были осуждены и расстреляны сыновья Малянтовича, Владимир и Георгий, его брат, Владимир Николаевич, друзья — А. С. Тагер, А. М. Никитин, А. М. Датматовский, Н. Г. Вавин и другие участники так называемого контрреволюционного заговора, "идейным вдохновителем" которого считался Малянтович. 21 января 1940 года дело слушалось Военной коллегией Верховного суда СССР на закрытом заседании без участия обвинителя и защитника, без вызова свидетелей — по упрощенной процедуре, установленной еще законом от 1 декабря 1934 года. Не прошло и получаса, как суд приговорил П. Н. Малянтовича к смертной казни. Приговор был приведен в исполнение на следующий день.
Обеспокоенная длительным отсутствием каких-либо достоверных сведений о судьбе мужа, Анжелика Павловна Малянтович в марте 1940 года добилась приема в Военной коллегии Верховного суда СССР. Ей объявили, что мужа осудили на десять лет без права переписки, правду о расстреле скрывали еще долго. После этого старая, больная женщина в отчаянии пишет председателю Верховного суда СССР: "Приостановите выполнение судебной ошибки (наговора, клеветы, может, невыдержанных человеческих мучений)! Спасите жизнь честного, талантливого, преданного человека, отдавшего всю свою жизнь на борьбу с судебными ошибками!.." В ответ — полное молчание.
Анжелика Павловна умерла в декабре 1953 года, так и не дождавшись реабилитации мужа.
В сентябре 1955 года Главная военная прокуратура по жалобе дочери Малянтовича Галли Павловны Шелковниковой снова изучила дело, но в реабилитации отца отказала. Спустя некоторое время полностью реабилитируются все лица, "изобличавшие" Малянтовича в контрреволюционной деятельности, его сыновья, но не он сам. Галли Павловна настойчиво продолжает добиваться пересмотра дела. Наконец в августе 1959 года появляется заключение, утвержденное Генеральным прокурором СССР Р. А. Руденко. В нем отмечается: "Дело по обвинению Малянтовича Павла Николаевича и материалы дополнительного расследования… представить в Военную коллегию Верховного суда СССР с предложением прекратить дело производством: а) в части обвинения в принадлежности к антисоветской террористической организации — за отсутствием состава преступления; б) в части обвинения в активной деятельности в составе Временного правительства — в силу акта амнистии".
Военная коллегия Верховного суда СССР 29 августа 1959 года с этим предложением полностью согласилась. Но опять было принято половинчатое решение — реабилитация оказалась лишь частичной.
Последняя точка в этом деле была поставлена лишь 13 мая 1992 года. Генеральная прокуратура Российской Федерации по заявлению внука бывшего министра юстиции, Кирилла Георгиевича, пересмотрела дело его деда и признала, что на Павла Николаевича Малянтовича полностью распространяется действие Закона РСФСР от 18 октября 1991 года "О реабилитации жертв политических репрессий".