Стоит напомнить, что спрос с работников органов прокуратуры и юстиции, а также судей за неукоснительное выполнение приказов был тогда самый строгий. Любые послабления в карательной практике могли повлечь за собой не только отрешение "провинившегося" от занимаемой должности, но и предание его суду. В августе 1940 года коллегия Наркомюста СССР под председательством Рычкова дважды рассматривала вопросы применения указа от 26 июня 1940 года. Несколько судей, проявивших либерализм в отношении "прогульщиков", сами были отданы под суд. Был уволен нарком юстиции Белорусской ССР, который отказался привлекать к ответственности за прогулы временных и сезонных работников, полагая, что действие указа распространяется только на лиц, постоянно работающих на производстве. Рычков строго предупредил также наркомов юстиции Украины, Узбекистана и Азербайджана.
С началом Великой Отечественной войны наркому юстиции СССР Н. М. Рычкову пришлось работать особенно напряженно. Он направил на места множество указаний и приказов, обращая особое внимание на наведение порядка в исполнении судебных решений, необходимость чуткого отношения к обращениям военнослужащих и членов их семей. В экстренном порядке был подготовлен сборник законодательных актов о пособиях, пенсиях и льготах семьям военнослужащих рядового и начальствующего состава. В одном из своих приказов от
29 июня 1941 года Рычков отмечал, что в эти трудные для всей страны дни "прямым преступлением является волокита, бюрократизм при рассмотрении уголовных и гражданских дел". В другом приказе он обращал внимание на то, что "ни на один день ни один участок народного суда не должен оставаться без народного судьи". Начальники управлений Наркомюста и наркомы юстиции союзных республик должны были лично "ежедневно и ежечасно" решать вопросы укомплектования судов.
Пост наркома (а с 1946 года — министра) юстиции СССР Н. М. Рычков занимал десять лет. За это время он дважды был награжден орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени. Был избран депутатом Верховного Совета РСФСР 1-го созыва (в 1938 году) и депутатом Верховного Совета СССР 2-го созыва (в 1946 году). 28 августа 1944 года ему присвоили воинское звание генерал-лейтенанта юстиции.
"Придирки" к Н. М. Рычкову начались сразу же после окончания Великой Отечественной войны. Вначале он получил выговор от Секретариата ЦК ВКП(б) за назначение людей на должности председателей военных трибуналов без предварительного согласования с ЦК партии.
В декабре 1946 года заместитель начальника управления кадров ЦК ВКП(б) Никитин и заместитель заведующего отделом этого же управления Бакакин направили на имя секретаря ЦК ВКП(б) А. А. Кузнецова большую записку "О неправильном стиле руководства министра юстиции Союза ССР тов. Рычкова Н. М.". В ней Николай Михайлович обвинялся чуть ли не в полном развале всей работы Министерства юстиции. На него возлагалась также ответственность за создание "специальных судов" (их было тогда в стране 887), которые по своей численности уже стояли на втором месте после народных судов, и за нарушения, допускавшиеся судьями.
Авторы записки делали следующий вывод: "Считаем, что т. Рычкова в интересах дела надо очень серьезно предупредить, иначе он, а вместе с ним и Министерство юстиции СССР и его органы на местах по-прежнему будут не выполнять те требования, которые к ним предъявляются Партией и Правительством". Вскоре к служебным неурядицам добавились и личные. Комитет партийного контроля при ЦК ВКП(б) объявил ему выговор за незаконное расходование на строительство личной дачи денежных средств и стройматериалов, принадлежащих министерству.
29 января 1948 года в соответствии с решением ЦК ВКП(б) Верховный Совет СССР освободил Рычкова от должности министра юстиции. Было ему тогда 52 года. Он хорошо понимал, что это конец его карьеры, и очень переживал. До декабря того же года он находился в резерве Главного управления кадров, так как подходящей должности для него не оказалось. В конце 1948 года Генеральный прокурор Союза ССР Г. Н. Сафонов предложил Н. М. Рычкову должность заместителя военного прокурора Сухопутных войск, и Рычков снова вернулся в лоно военной прокуратуры. Спустя полтора года, в апреле 1950 года, Г. Н. Сафонов выдвинул Николая Михайловича на новую в Главной военной прокуратуре должность начальника 3-го управления (по судебному надзору), а в апреле 1951 года назначил его заместителем Главного военного прокурора. Однако занять более высокую должность ему больше не пришлось. Вскоре его отправили в почетную ссылку.
В 1952 году Н. М. Рычков был откомандирован в Венгерскую Народную Республику "для работы в качестве советника по вопросам суда и прокуратуры". 5 июля 1955 года его уволили в отставку "по болезни". Здесь его задержали почти до самой пенсии.
Остается только добавить, что старший сын Николая Михайловича, Виктор, погиб двадцатилетним в самом начале Великой Отечественной войны.
Скончался Н. М. Рычков 28 марта 1959 года в поселке Малаховка Люберецкого района Московской области. Похоронили его в Москве.