Как Прокурор Союза ССР, к тому же не пользующийся популярностью, Панкратьев, конечно же, не мог что-либо противопоставить тем беззакониям, которые продолжались в стране. Уже через несколько месяцев после его назначения некоторые старейшие работники центрального аппарата обратились с письмом в ЦК ВКП(б), к тогдашнему секретарю А. А. Жданову — о том, что постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года "Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия" указало на "грубейшие искривления советских законов органами НКВД и обязало эти органы и прокуратуру не только прекратить эти преступления, но и исправить грубые нарушения законов, которые повлекли за собой массовое осуждение ни в чем не повинных, честных советских людей к разным мерам наказания, а зачастую и к расстрелам". И далее: "Эти люди — не единицы, а десятки и сотни тысяч — сидят в лагерях и ждут справедливого решения, недоумевают, за что они были арестованы и за что, по какому праву мерзавцы из банды Ежова издевались над ними, применяя средневековые пытки".
В письме утверждалось, что не происходит выправления "линии мерзавца Ежова и его преступной клики", а идет обратный процесс и что пришедший на смену Вышинскому Панкратьев "не может обеспечить проведение в жизнь" решения СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года, "в силу своей неавторитетности в прокурорской среде, а особенно в глазах работников НКВД". Это якобы наглядно проявляется на заседаниях Особого совещания, где "решающее значение и окончательное слово" принадлежит не представителю надзора — прокурору, а Берии и его окружению. Прокуроры просили Жданова "взяться за это дело первостепенной важности". "Подумайте только, — продолжали они, — что сотни тысяч людей, ни в чем не повинных, продолжают сидеть в тюрьмах и лагерях, а ведь прошел почти год со дня решения ЦК партии. Неужели это никого не беспокоит? Поговорите с прокурорами специальных прокуратур (железнодорожной, водной), и они Вам расскажут факты, от которых волосы встают дыбом, и покажут эти "дела", этот позор для Советской власти". Наряду с этим прокуроры просили "исправить грубейшую ошибку" с назначением Панкратьева. "Дайте нам высокоавторитетного руководителя, способного дать по рукам и Берии". Старые работники напоминали в письме о том, что прокуроров нельзя на протяжении десятка лет держать "в полуголодном состоянии", что "полуграмотные юнцы" в аппарате НКВД имели оклады вдвое большие, чем прокуроры центрального аппарата, работающие по десять — пятнадцать лет.
Конечно, это обращение ничего не изменило ни в положении самих прокуроров, ни в отношении к органам прокуратуры со стороны властей. Панкратьев продолжал оставаться на посту. По словам Г. Н. Сафонова, Панкратьев во время заседаний Особого совещания первое время пытался защищать протесты прокуратуры и возражал Берии. Но последний с присущей ему наглостью и бесцеремонностью в присутствии работников НКВД и прокуратуры однажды так отчитал его, что после этого Панкратьев вообще перестал ходить на совещания.
При Панкратьеве появилось пресловутое решение Политбюро ЦК ВКП(б) об освобождении арестованных за контрреволюционные преступления лиц только с согласия органов НКВД. В своих воспоминаниях Н. П. Афанасьев так рассказывает об этом. В начале 1940 года к нему, бывшему тогда заместителем Главного военного прокурора, попало заявление члена Военного совета Ленинградского военного округа Магера, арестованного за причастность к "заговору" Тухачевского и других военачальников. Он писал о том, что незаконно арестован, подвергается избиениям и издевательствам. Изучив дело и допросив Магера, Афанасьев выяснил, что занимавшиеся им лица сами арестованы за фальсификацию материалов следствия. Тогда он предложил допросить следователя, и тот признался, что никаких оснований для ареста не было, что на допросах Магера избивали, наказывали "стойками", не давали спать. Афанасьев вынес постановление о прекращении дела за отсутствием состава преступления. С этим он и пошел к Панкратьеву. Тот с постановлением согласился и попросил оставить дело для изучения, но через несколько дней вернул его Афанасьеву, сказав при этом: "А вы что, боитесь ответственности? Зачем тут мое утверждение? Решали же вы до сих пор дела — решайте и это".
Афанасьев попытался было объяснить, что дело Магера наверняка дойдет до ЦК партии. "Ну и что? — заявил Панкратьев. — Вот тогда, если будет нужно, мы пойдем вместе в ЦК и докажем, что Магер не виноват. А сейчас давайте кончайте дело сами".
Магер был освобожден из тюрьмы, но неосмотрительно явился в Наркомат обороны, а затем в ЦК партии для решения вопроса о трудоустройстве, и его дело снова "завертелось". Афанасьева вызвал нарком внутренних дел Берия. "Как только я вошел, — пишет Н. П. Афанасьев, — Берия стал спрашивать, на каком основании и почему я освободил из тюрьмы Магера и прекратил дело. Я объяснил.