8 сентября 1790 года Радищева доставили в губернское правление и официально объявили о ссылке в Илимский острог, находившийся недалеко от Иркутска. Писателя заковали в цепи и под „крепчайшей стражею“ отправили в Сибирь. Александру Николаевичу не дали даже проститься с родными. Друг и благодетель граф А. Р. Воронцов, желая хоть как-то облегчить участь Радищева, выделил триста рублей для покупки ему всего необходимого, но даже он не знал точной даты отправления. Когда ему стало известно, что писателя, закованного в ручные и ножные кандалы, отправили в Сибирь без теплой одежды, лишь накинув на него „гнусную нагольную шубу“, взятую у какого-то солдата, возмущению его не было предела. Благодаря активному вмешательству Воронцова вдогонку арестанту был отправлен курьер с повелением императрицы снять у Радищева оковы с ног. Поскольку путь арестанта лежал через Тверь, Воронцов написал письмо губернатору Осипову, прося его оказать писателю всяческую помощь, и выслал деньги на покупку теплых вещей. Осипов выполнил просьбу Воронцова, но 2 октября 1790 года сообщил графу, что, по имеющимся у него сведениям, Радищев довезен до Москвы в „весьма слабом здоровье“.
По дороге в Илимский острог и обратно Радищев вел дневник, записывая путевые впечатления и размышления. Им написано проникновенное стихотворение:
Александр Николаевич Радищев пробыл в Илимском остроге шесть лет, но и там не оставлял своих литературных занятий. Он написал несколько стихотворений, статей, трактатов — в частности, „О человеке, о его смертности и бессмертии“ (издан в 1809 году), „Письмо о китайском торге“, „Повествование о приобретении Сибири“, начата историческая повесть „Ермак“.
После смерти Екатерины II вступивший на российский престол Павел I разрешил Радищеву вернуться из ссылки. Писатель поселился в имении своего отца, селе Немцове под Москвой. Въезд в столицы ему был запрещен, и он находился под бдительным полицейским надзором, разве что ему разрешили навестить родителей в Саратовской губернии.
Только император Александр I разрешил Радищеву вернуться в Петербург. Ему были возвращены чины, дворянские права, орден Святого Владимира. Казалось, жизнь налаживается. 6 августа 1801 года Александр Николаевич, благодаря протекции графа А. Р. Воронцова, поступает на службу в Комиссию составления законов, где ему положили оклад 1500 рублей в год. Как всегда, он очень ответственно отнесся к порученному делу: тщательно изучал многочисленную юридическую литературу, труды по истории и теории законотворчества, тексты различных законодательных актов.
Его работа в комиссии оказалась очень продуктивной — Радищев подготовил проект гражданского переустройства, основанный на началах гражданской свободы личности, равенства всех перед законом и независимости суда, проект гражданского уложения, записку „О законоположении“. В ней Радищев высказал оригинальные мысли о статистическом изучении уголовноправовых явлений. В связи с этим советский ученый профессор С. С. Остроумов отметил, что Радищева по праву можно считать основоположником судебной статистики. Еще Александр Николаевич написал интересную записку „О ценах за людей убиенных“, в которой он доказывал, что жизнь человека не может быть оценена никакими деньгами.
Однако руководивший работой комиссии граф П. В. Завадовский негативно относился к проектам Радищева. По свидетельству Л. С. Пушкина, как-то раз даже сказал ему с упреком: „Эх, Александр Николаевич, охота тебе пустословить по-прежнему! Или мало тебе было Сибири?“
11 сентября 1802 года Александр Николаевич Радищев выпил из стоявшего на подоконнике стакана жидкость, в которой оказалась азотная кислота, использующаяся обычно для чистки эполет, и скончался в страшных мучениях. Было это самоубийством или трагической случайностью, доподлинно не известно, но можно представить себе отчаяние человека, если его надежда искренне и благородно служить России в очередной раз терпит крах.
„Собрание сочинений, оставшееся после покойного А. Н. Радищева“, книгу в шести частях, напечатали только в 1806–1811 годах. Сюда, конечно, не вошли запрещенные произведения, в том числе и „Путешествие из Петербурга в Москву“, — запрет на эту „крамолу“ был полностью снят только после революции 1905 года.