Уже в октябре 1762 года был открыт заговор, составленный Петром Хрущевым, его братьями Семеном и Иваном и Петром Гурьевым, чтобы возвратить престол Иоанну Брауншвейгскому, томившемуся, как мы это уже говорили, в темнице с 1741 года. Все они были присуждены к вечной ссылке в Якутскую область. В 1772 году Хрущев принял участие в восстании ссыльных в Сибири, поднятом знаменитым Беньовским. Ему удалось бежать и, после ряда романических приключений, достигнув через Америку Западной Европы; впоследствии он служил во французской армии в чине капитана.
Этот заговор, действительный или вымышленный, - потому что виновность преступников так и не удалось установить на суде, - часто смешивают с другой историей, случившейся несколько позже и в которой была замешана сама княгиня Дашкова. В 1763 году, во время пребывания Екатерины в Москве по случаю коронационных празднеств, было произведено несколько арестов по обвинению в государственной измене. Но несчастный Иоанн, прозябавший в своей тюрьме, был на этот раз ни при чем. В обществе распространился слух о желании Екатерины выйти замуж за Григория Орлова, и несколько человек, принимавших самое деятельное участие в возведении Екатерины на престол, с Федором Хитрово во главе, нашли, что это нарушает интересы государства. Они решили воспротивиться намерениям императрицы и, в случае упорства со стороны Екатерины, убить фаворита. Хитрово был выдан одним из друзей, указавшим и других его сообщников: Панина, Теплова, Пассека, княгиню Дашкову - всех героев события 12 июля. Хитрово арестовали и он подтвердил свое участие в заговоре, считая, что только исполнил свой долг по отношению к родине и к Государыне. Княгиня Дашкова объявила на допросе, что ничего не знает о заговоре, но что, если бы что-либо и знала, то все равно молчала бы. Она прибавила, что если императрице угодно, чтобы она, княгиня Дашкова, сложила голову на плахе после того, как она помогла возложить на голову Екатерины царский венец, - то она готова! Это дело не имело, впрочем, важных последствий. Один Хитрово был сослан в свое орловское имение. Кроме того, под барабанный бой на улицах Москвы был прочтен указ, являвшийся в сущности повторением указа Елизаветы от 5 июня 1757 г. и воспрещавший жителям заниматься предметами, которые до них не касаются. К этим предметам были отнесены все государственные дела. Указ этот был возобновлен и в 1772 году.
Почти в то же время ростовский митрополит Арсений Мацеевич поднял против Екатерины знамя бунта, - и поднял его смелее придворных. Отношение императрицы к православному духовенству вызывало в представлениях церкви законный ропот. Вступив на престол, Екатерина осудила было - и при том в самых резких выражениях - мероприятия Петра III, восстановившие против него русское духовенство, Она велела распечатать домовые церкви, закрытые по приказанию императора, воспретила представление языческих пьес, усилила цензуру книг; наконец приостановила секуляризацию монастырских имений. И вдруг все это опять вошло в силу: Екатерина отменила данные ею только что приказания, не находя, по-видимому, нужным защищать интересы духовенства. Часть церковных имений, возвращенных монастырям, была вновь отнята в казну. Духовенству оставалось только молча поникнуть головой, как оно это сделало и при гонениях Петра III. Но Арсений выступил защитником попранных прав. В своем гневе на государыню он дошел до того, что ввел новые слова в богослужение, в которых, предавая анафеме врагов церкви, метил на самое Екатерину. Его арестовали и предали суду. Говорят, что в присутствии императрицы он вспылил и обратился к Екатерине с такой грозною речью, что она должна была заткнуть себе уши. Он был присужден к лишению сана и заточению в монастырь, где, по особому приказанию из Петербурга, его заставили исполнять самую тяжелую работу: носить воду, колоть дрова. Но через четыре года, при новой попытке возмущения с его стороны, он должен был сменить монастырь уже на настоящую тюрьму. Его сослали в ревельскую крепость, обрекая, таким образом, на молчание, так как сторожа его не понимали иного языка, кроме своего родного - латышского. Кроме того, Арсений был расстрижен, лишен имени и должен был называться отныне крестьянином Андреем Вралем или Бродягиным. Он умер в 1772 году. Незадолго до этого за обиженное духовенство поднял голос. и купец Смолин. В письме, обращенном к императрице, полном язвительных и бранных слов, он открыто обвинял Екатерину в том, что она отнимает имения духовенства лишь для того, чтобы раздавать их Орловым и другим фаворитам. Он говорил в своем послании: "Ты имеешь каменное сердце, как фараон... Воров повелеваешь за грабительство и обиды народа наказывать нещадно, а ты чего достойна за разорение святых монастырей; на тебя суда сыскать негде!" Екатерина решила доказать исступленному купцу, что он на нее клевещет: она обошлась с ним довольно милостиво. Смолин только пять лет просидел в крепости, после чего, кажется, по собственному желанию, ушел в монастырь, и скрылся из виду.