В четырнадцать лет после смерти отца 29 января 1676 года Фёдор был объявлен царём, поскольку его два старших брата ушли в мир иной, а сёстры не являлись престолонаследниками. Но процарствовал Фёдор всего лишь шесть лет.
В годы правления молодого царя возникало много проектов, планировался целый ряд нововведений, но действительное преобразование государства было осуществлено лишь при Петре, сводном брате Фёдора. Однако большую пользу для России принёс Фёдор отменой местничества, вносившего немало распрей среди вельможных подданных государя. Он созвал Собор бояр и церковных сановников, разъяснил беды, исходящие от местничества в России, и приказал навсегда покончить с ним. Разрядные книги были сожжены. Знатные дворяне были занесены в родословные книги, которые велись в течение всего правления Дома Романовых, а «новое» дворянское звание стало жаловаться отныне лишь за особые заслуги перед царём и государством.
Фёдор жил в Кремле, редко покидая свои покои. Хилый и болезненный от рождения, он ходил, опираясь на палку. С большим трудом государь выдерживал приёмы в Кремле иностранных послов. Кроме общей слабости организма у него часто болели зубы, так, что он не мог говорить. Нередко Фёдор подолгу вынужден был оставаться в постели. За ним ухаживала сестра Софья, отличавшаяся в противоположность брату крепким телосложением и цветущим здоровьем.
В силу вышесказанного верховная власть у царя была лишь номинальной. Да и характер у молодого государя был слабый — он легко поддавался влияниям. Поэтому всё управление государством было по сути в руках приближённых, расколовшихся как бы на две партии: приверженцы матери царя Марии Милославской и его мачехи Натальи Нарышкиной. Такое положение сыграло впоследствии печальную роль в истории Российского государства.
На пятом году своего правления Фёдор вступил в брак с дочерью польского дворянина Агафьей Грушецкой. В жёны царю она была выбрана из политических соображений. Через год родился сын Илья, но на третий день после родов царица Агафья скончалась, а спустя две недели умер и младенец.
После смерти жены Фёдор Алексеевич серьёзно заболел и не мог некоторое время вставать с постели. В последние месяцы его царствования сестра Софья Милославская стала уже присутствовать на заседаниях Боярской думы, её стул стоял рядом с троном государя, правда на ступеньку ниже.
Вскоре после нового 1682 года Фёдор Алексеевич женился вторично. На сей раз его женой стала семнадцатилетняя Марфа Апраксина, дочь родовитого боярина. Свадьбу отпраздновали тихо, без торжественных обрядов. К молодому супругу, казалось, возвратилась бодрость духа, появилась надежда на улучшение здоровья. Рядом с юной женой он старался крепиться, скрывать свои недуги. Но два с половиной месяца спустя после свадьбы, 27 апреля 1682 года, царь неожиданно скончался. Поговаривали, что он съел ежевичный торт, специально для него приготовленный по особому рецепту, и умер от несварения желудка. А ещё ходили слухи, что царя отравили...
Фёдор Алексеевич умер, едва достигнув двадцати одного года, не оставив наследников.
Московский боярин, отец Михаила, первого царя из династии Романовых.
Родители Фёдора — боярин Никита Романович Захарьин-Романов и Варвара Ивановна Ховрина, скончавшаяся вскоре после родов своего первенца. Фёдор вырос в Москве, в 1586 году он упоминается как боярин и наместник нижегородский. Четыре года спустя Фёдор уже воевода и участник похода на Швецию. В 1593—1594 гг. боярин Фёдор Романов являлся наместником польским, а после смерти своего двоюродного брата, царя Фёдора Иоанновича, в 1598 году считался ближайшим законным претендентом на московский престол. Однако к власти пришёл Борис Годунов.
Опасаясь соперничества со стороны влиятельной и многочисленной семьи Романовых, Годунов подверг Фёдора и его ближайших родственников опале. Он был сослан в Антониево-Сийский монастырь, находившийся в 165 км от Архангельска, и там пострижен в монахи под именем Филарета.
На долю Фёдора Никитича выпало много испытаний и всяческих невзгод. Он пользовался широкой известностью и влиянием при дворе. Природный ум, образованность и светский лоск выделяли этого боярина среди знати того времени. Он был человеком видной наружности, хорошим наездником и первым щёголем в Москве.
После смерти царя Бориса Годунова Филарет был посвящён в иеромонахи, а затем в архимандриты Сийской пустыни. Лжедмитрий I возвратил его из ссылки и назначил ростовским митрополитом.
В 1610 году Филарет был отправлен московскими боярами в Смоленск во главе посольства для ведения переговоров с поляками, покушавшимися на московский престол. Польский король Сигизмунд III приказал арестовать послов и отправить в Польшу.
В польском плену Филарет находился до 1619 года. В Москву он возвратился, когда его сын Михаил уже был царём. Он занял патриарший престол и был наречен «вторым государем». Двор патриарха был перестроен по образцу царского двора.