Душой обороны крепости и виновником того, что Порт-Артур продержался почти год, был генерал-лейтенант инженерных войск Р. И. Кондратенко. Под его руководством за очень короткий срок была модернизирована система укреплений крепости и отбиты четыре штурма неприятеля. Он тоже погиб, но это случилось в самом конце обороны — 2 декабря 1904 года.
16 декабря Стессель собрал Военный совет, на котором было постановлено: сражаться дальше. Однако, нарушив устав и проигнорировав мнение Военного совета, командующий через четыре дня своей властью подписал капитуляцию. 21 декабря к Николаю, находившемуся в очередной инспекционной поездке по западным военным округам, пришло сообщение о случившемся.
«Получил ночью потрясающее известие от Стесселя о сдаче Порт-Артура японцам ввиду громадных потерь и болезненности среди гарнизона и полного израсходования снарядов! — записал царь в дневнике. — Тяжело и больно, хотя оно и предвиделось, но хотелось верить, что армия выручит крепость. Защитники все герои и сделали более того, что можно было предполагать».
Россия воздала и героям, и трусам. Прах генерала Кондратенко был перевезен в Петербург и с воинскими почестями захоронен в Александро-Невской лавре. А генерала Стесселя в 1907 году отдали под военный суд, который признал его главным виновником сдачи крепости и приговорил к расстрелу. Правда, сердобольный царь заменил смертную казнь десятилетним тюремным заключением, а в 1909 году и вовсе помиловал его.
Война не закончилась с падением Порт-Артура. После взятия крепости японцы значительно улучшили свое положение, ибо смогли усилиться в Маньчжурии за счет войск, высвободившихся на Ляодунском полуострове. Не теряя времени, японцы перешли в наступление под Мукденом и во второй половине февраля 1905 года снова разбили русских, потерявших 89 тысяч солдат и офицеров, заставив отступить на 160 километров. Главные силы Куропаткина остановились на Сыпингайских позициях и оставались на них до конца войны.
28 февраля Николай II собрал совещание, на котором было решено заменить Куропаткина генералом от инфантерии Н. П. Маневичем, занимавшим должность командующего 1-й армией. Перемена главнокомандующих ничего не изменила в ходе войны на суше, а ее центр переместился на море.
Первый удар в этой войне японцы нанесли по русскому флоту и во все дальнейшее время систематически били его разрозненные эскадры и отряды, рассредоточенные в разных портах — Владивостоке, Порт-Артуре, Дальнем, Чемульпо. Блокировав главные силы Тихоокеанского флота в Порт-Артуре — 7 броненосцев, 9 крейсеров, 27 миноносцев и 4 канонерские лодки, — японцы сразу же стали полновластными хозяевами морских коммуникаций.
После падения Порт-Артура японцы уничтожили остатки 1-й Тихоокеанской эскадры и стали ждать появления еще двух русских эскадр — 2-й и 3-й, — которые шли в Тихий океан из портов Балтики. Они соединились 9 мая 1905 года и 27 мая вступили в бой с главными силами японского флота в Корейском проливе, у острова Цусима. В результате сражения, длившегося около двух суток, японцы одержали полную победу, утопив и взяв в плен почти весь русский Тихоокеанский флот.
7 июня 1905 года царь получил письмо от Президента США Теодора Рузвельта, предлагавшего свое посредничество в урегулировании конфликта между Россией и Японией.
В июле-августе 1905 года в американском порту Портсмуте прошла конференция, завершившаяся подписанием договора, по которому Порт-Артур, Дальний, южная часть Сахалина и Южно-Маньчжурская железная дорога переходили к Японии.
Теперь познакомимся с некоторыми вопросами российской внутренней политики этого периода.
В конце 1901 — начале 1902 годов произошло объединение разрозненных народовольческих организаций, называвших себя теперь «социалистами-революционерами» и существовавших нелегально и в России, и за границей. В Берне, благодаря усилиям супругов Житловских, обосновалось руководство «Заграничного союза социалистов-революционеров», члены которого жили во многих странах Европы и Америки. В России до объединения существовало несколько не имевших единого центра, но все же связанных между собою организаций — «Южная партия социалистов-революционеров», «Северный Союз социалистов-революционеров», «Аграрно-социалистическая лига» и еще несколько более мелких (в аббревиатуре их члены именовали себя «эсерами»). Считая себя носителями традиций «Народной воли», члены этих организаций исповедовали и индивидуальный террор.