Там его принимают инкогнито и укрывают в тирольской крепости Эренберг. Начинается розыск пропавшего царевича. Капитану гвардии Александру Румянцеву становится известно его местонахождение, что вынуждает царевича прятаться еще дальше, в Неаполе. Но и там его находят царские слуги. 24 сентября 1717 года туда прибывают тайный советник Петр Андреевич Толстой и капитан Румянцев, а 3 октября всеми правдами и неправдами от Алексея получают согласие вернуться в Петербург. Ему обещают прощение отца и даже разрешение жениться на Ефросинье.
31 января 1718 года царевича Алексея доставляют в Москву, и через три дня он предстает перед отцом. В присутствии духовенства и светских вельмож беглец на коленях молит царя простить ему его преступления, что ему было обещано при двух условиях: он должен будет отказаться от наследственных прав на престол в пользу своего брата-младенца и выдать всех людей, причастных к его бегству. Отречение состоялось сразу же в Успенском соборе Кремля, а на следующий день Алексей Петрович давал развернутые показания об обстоятельствах своего побега. По этим показаниям были схвачены его бывший учитель Никифор Вяземский, бывший царский денщик Александр Кикин, камердинер Иван Афанасьев и дьяк Федор Воронов. Свободы передвижения лишаются князь Василий Долгорукий (победитель булавинского бунта) и царевна Мария Алексеевна.
Упорно искали доказательства причастности к «заговору» и матери несчастного – инокини Елены, бывшей царицы Евдокии Федоровны, но раскрыли лишь ее давнюю любовную связь с майором Степаном Глебовым и попустительство этому со стороны духовника, Федора Пустынного. Среди арестованных был лишь один идейный противник Петра – епископ Ростовский Досифей, признавшийся в том, что он осознанно желал его смерти и воцарения Алексея. Расправа была скорая и жестокая: Кикина и Досифея колесуют; Глебова сажают на кол под окнами кельи Евдокии; Афанасьева, Воронова, Пустынного и певчего царевны Марии Алексеевны – Журавского – «убивают не больно». Инокиню Елену отправили в Ладогу – в тамошний женский монастырь, князя Долгорукого – в Соликамск, Вяземского – в Архангельск, а царевну Марию – поближе, под надзор петровских приспешников в Петербург.
Но на этом розыск не закончился. Алексея привозят в Петербург, где он продолжает находиться под домашним арестом. В середине апреля туда же из-за границы привозят и беременную Ефросинью, что дает новый толчок следствию. Уж неизвестно, какие методы допроса к ней были применены, но она якобы дала показания о том, что царевич в своих письмах императору неоднократно жаловался на отца, что посылал русским архиереям прелестные письма, что он радовался плохим вестям из России, надеясь на свое скорое воцарение. Говорил, что, став царем, он прекратит войну, ликвидирует флот, сократит армию, поменяет правительство, будет жить в Москве, а Петербург сравняет с другими провинциальными городами. Другими словами, пустит по ветру все, что так дорого его отцу.
Для полной государственной измены не хватало лишь информации, что царевич для достижения своих целей призывал на помощь иностранных государей, но и этого было достаточно, чтобы Петр утвердился в мысли, что в живых Алексея оставлять нельзя. Он его враг и враг делу всей его жизни. Однако он не хочет сам принимать роковое решение. Следует обращение к духовенству и членам особой комиссии, составленной из светских лиц, с одним вопросом: «Какого наказания заслуживает царевич?» Духовенство ответило уклончиво, хотя и призывало к отпущению грехов и помилованию, светские же чины (127 человек), обязанные Петру своей карьерой и положением в обществе, единогласно проголосовали за смертную казнь.
Но сколько смертных приговоров отменялось в самый последний момент? Да и не было в истории Руси такого примера, чтобы казнить царского сына или сына великого князя. Кроме того, были, видимо, опасения и в самой процедуре публичной смертной казни члена царской семьи и наследника престола. Как среагируют чернь и духовенство, какой резонанс будет в Европе? Выход был найден в «жестокой болезни, которая вначале была подобна апоплексической». Какой же смертью на самом деле умер Алексей Петрович 26 июня 1718 года – остается только догадываться. Одно было бесспорно и очевидно: царь торжествовал, торжествовал несколько дней кряду, празднуя то годовщину Полтавской битвы, то свои именины, то спуск нового корабля.
За смертью царевича все забыли о Ефросинье, а ведь она была беременной. Разрешилась ли она от бремени, когда и кем? Какую судьбу пришлось испытать ей и ее чаду? Полное неведение. Нигде и никогда об ее судьбе – ни строчки, ни слова. Она просто исчезла. Была – и нет ее.
А Петра Первого ожидали новые испытания, новые потери. Менее чем через год после смерти или убийства Алексея Петровича умирает его второй, и последний, сын, теперь уже от Екатерины Алексеевны, – Петр Петрович.