Идут медленной чередой серые дни. Никон, так презрительно относившийся дотоле к власти и связанному с ней могуществу, затосковал. Он не находит себе места, не может скрыть острого желания снова оказаться на патриаршем престоле, снова показать себя во всеоружии и отомстить врагам. Он пишет теперь царю, что ушел-то ведь он сам из Москвы, по своей воле, что благодати святой с него никто не снимал, что сам патриарх — не игрушка, которую можно выбросить на произвол. И когда Крутицкий митрополит, им же рекомендованный в качестве заместителя, позволяет себе заменить патриарха во время торжественного хода, Никон выходит из себя, рвет и мечет. Как?! Какой-то Крутицкий митрополит занимает место, которое принадлежит ему, великому патриарху?!
В 1660 году Особый собор из русского духовенства при участии нескольких греческих духовных лиц обсуждает положение. Собор обвиняет Никона в самовольном оставлении престола и присуждает его к лишению священного сана. Но Никон держится все того же гордого тона. «Это не собор, а некое жидовское сонмище!» — пишет он царю. И царь так и не осмеливается привести в исполнение соборное постановление.
Никон на покое. Никон в отдалении. Никон в опале. Но он по-прежнему чувствует себя патриархом с головы до ног. Когда заменяющий его Крутицкий митрополит запретил поминать имя Никона в церквях, опальный патриарх в своей монастырской церковке торжественно возглашает анафему митрополиту, захватившему патриарший престол.
«Не от царей, — пишет он Алексею, — приемлет начало священство, но от священства на царство помазуются. Священство выше царства. Господь двум светилам повелел светить — солнцу и луне. Царская власть в вещах мира сего — сие луна есть, архиерейская власть над душами, как солнце светит!»
Но и эти мятежные речи проходят без последствий для гордого патриарха. Пока его дерзости касаются личных отношений с государем, все обстоит благополучно. Но вот патриарх осмелился осудить способы и приемы управления. Обстановка сразу же резко меняется. С появлением в его речах опасной крамолы судьба патриарха оказывается предрешенной.
Никону посылается программа допроса, особый анкетный лист с предложением заполнить все его пункты. Удар рассчитан безошибочно. Гордый Никон выскажется откровенно и таким образом сам, своей рукой, подпишет себе приговор.
С таким документом в руках боярам нетрудно было создать обвинение против Никона, желающего якобы погубить пастырским проклятием и самого царя, и всю его семью. Царь горько плачет. «Чем виноваты жена моя и дети мои любезные, чтобы подвергаться проклятию?» — жалуется он собору архиереев. Следствие ведут лютые враги Никона. Улик против патриарха нет, обвинение оказывается вымышленным, но в это время сам Никон допускает новую неосторожность. Некий боярин Зюзин в своем письме к Никону советует ему как ни в чем не бывало явиться в ближайший праздник в Успенский собор, занять свое патриаршее место и пригласить по обычаю государя. Стосковавшийся по делу, по былой власти, Никон рад этому предложению. Он убеждает сам себя в том, что о такой встрече мечтает и сам царь. Разве стал бы боярин Зюзин от себя, на свой страх и риск, этакие слова писать?!
И вот Никон внезапно возвращается в Москву. В Успенском соборе идет заутреня с 17 на 18 декабря 1665 года. В 3 часа ночи распахнулась дверь и с шумом является толпа монахов во главе с Никоном. Впереди несут патриарший крест. Никон властной рукой берет посох св. Петра, занимает патриаршее место, и пришедшие с ним монахи поют с видом победителей. Все присутствовавшие в церкви остолбенели. Гордая патриаршая осанка действует на всех по-прежнему. Когда Никон возгласил призыв духовенства к благословению, все стали почтительно и робко подходить к его руке.
Если бы не «крамольные слова» в письмах Никона, подрывающие основы существующего строя, царь, может быть, и обрадовался бы мирному завершению распри, тем более что не так давно Никон писал царю: «Пришли мы к кротости и смирению, неся с собой мир». Но царь испуган. Что-то уже сломалось в его бесхарактерной и дряблой душе, исправить это не в силах даже присутствие Никона. Он посылает бояр, которые от его имени корят патриарха за самовольное возвращение и заявляют: «Уезжай туда, откуда приехал!»
Никон потрясен. Как? Он, патриарх, сделал первый шаг, и вот, вместо того чтобы оценить это, царь гонит его. Ни одной минуты не останется он более среди нечестивцев!
«Отрясаю прах от ног моих!» — гневно возглашает он, потрясая посохом св. Петра.
«Да разметет вас Господь божественной метлой своей!» — возглашает, покидая Москву, Никон, указывая на горевшую в это время на небе, смущавшую умы, похожую на метлу комету.
Никон уезжает к себе, в Воскресенское, в монастырь. Народ смущен его гневными проклятиями. Но при дворе он уже никому не страшен. В пути его догоняют, по приказу царя силой отбирают посох св. Петра, подвергают допросу. Он называет имя Зюзина, призвавшего его в Москву. Зюзина после лютых пыток ссылают в Казань.