Целью оккупации Илийского края было стремление царского правительства подавить восстание и не допустить его распространения на русские владения в Средней Азии, восстановить выгодные торговые отношения с западными частями Китайской империи и предотвратить захват Кульджи Якуб-беком.
Якуб-бек не рискнул начать войну с Россией, и в 1872 г. вступил в переговоры с Кауфманом и даже заключил с ним взаимовыгодный торговый договор.
Оккупационные военные власти пытались придать русскому господству в крае постоянный характер, но получили указание из Петербурга «избегать всяких мер, клонящихся к упрочению нашего владычества в Илийском крае».
В начале 70-х гг. маньчжурские (китайские) войска начали наступление на владения Якуб-бека. Однако продвигались они очень медленно. Но в 1877 г. Якуб-бек умер, в войсках начался разброд, и уже в следующем, 1878 г., маньчжуры окончательно захватили Кашгарию. Во многих местностях маньчжурские войска поголовно истребляли восставших жителей, обращая страну в пустыню, что вызвало протесты туркестанского генерал-губернатора Кауфмана, опасавшегося, что в результате такой резни пострадает в будущем русская торговля в Западном Китае. Свыше четырех тысяч дунган, спасаясь от истребления, в жестокие январские морозы 1878 г. бежали через горные проходы в русские пределы вместе со своим предводителем Биян-ху.
Теперь Россия должна была выполнить свое обещание и вернуть Китаю Илийский край. Для переговоров по этому вопросу в Петербург прибыл китайский посол — сановник Чун Хоу. Однако многие русские администраторы советовали правительству оставить Илийский край за Россией, тем более что тамошнее местное население, состоявшее из различных народностей, и в особенности уйгуров, в подавляющем большинстве с ужасом ожидали возвращения властей и войск маньчжурского правительства. Опасаясь всеобщей резни и полного физического истребления, население края умоляло русские войска не покидать его.
В сентябре 1879 г. Чун Хоу отправился в Ливадию, где отдыхал Александр II с княгиней Юрьевской. Там 20 сентября Чун Хоу и Н. К. Гирс подписали так называемый Ливадийский договор. Договор предусматривал передачу России небольшого западного участка Илийской долины, долины реки Текес и Музартского прохода через Тянь-Шань. Город Кульджа с окрестностями возвращался Китаю. За расходы по оккупации и управлению Илийским краем Китай должен был выплатить России 5 млн рублей, Договор предоставлял русским подданным право беспошлинной торговли в Монголии и застенном Западном Китае, разрешал отправку караванов не только через Калган на Тянь-цзинь, но, кроме того, через Цзяюй-Гуань)[26]
(Сучжоу) на Ханькоу, а также давал право вести торговлю в нескольких городах Китая, указанных в договоре. В городах Западного Китая и в Монголии учреждалось семь новых русских консульств.Однако Ливадийский договор не получил в Пекине одобрения. Недовольство китайского правительства было вызвано главным образом содержавшимися в договоре постановлениями об изменении границы в долине реки Текес. Китайское правительство отказалось ратифицировать Ливадийский договор. Дипломат Чун Хоу был осужден к смертной казни посредством отсечения головы. Командующий войсками в Западном Китае Цзо Цзун-тан призывал к войне с Россией. Под началом у Цзун-тана было 70 тыс. солдат, он предлагал собрать еще 200 тыс. и начать вторжение в Россию.
В ответ русское правительство увеличило сухопутные силы у западных границ Китая, а в Печилийский залив была введена эскадра адмирала Лесовского.
Принятые меры несколько отрезвили горячие головы в Пекине. Чун Хоу был прощен, а в Петербург был отправлен новый посланник маркиз Цзен Цзи-цзе. 24 февраля 1881 г. между Россией и Китаем в Петербурге был подписан взамен Ливадийского новый договор. Русские власти отказывались от приобретений в долине Текеса и Сузартского перевала. За Россией остался западный клочок Илийской долины «для поселения в оной тех жителей этого края, которые примут российское подданство», иначе говоря, не пожелают жить под владычеством Цинской династии. Кроме того, во изменение Ливадийского договора, для русских караванов по Петербургскому договору был сохранен лишь один путь, а именно через Калган и Тун-Чжоу в Тяньцзинь, а не два пути, как это предусматривалось Ливадийским договором. Русским подданным предоставлялось право отправляться для торговых дел в Сучжоу, но далее этого пункта русские караваны не могли проходить. В этом состояло одно из отличий Петербургского договора от постановлений Ливадийского договора, согласно которому русским купцам разрешалось направлять караваны вплоть до Ханькоу. По новому договору сохранялась выговоренная Россией по Ливадийскому договору амнистия для участников восстания. Тем не менее большая часть дунган и свыше 80 процентов уйгур при передаче Кульджи Китаю, опасаясь расправы, переселились в русское Семиречье, где русские власти наделили их землей.