Ионову было приказано прекратить «хозяйничанье» китайцев и афганцев на Памире, указать на его принадлежность России, по возможности избегать столкновений и производить геодезические съемки. Преодолев с огромными трудностями перевал Тенгиз-Бай (в Алайском хребте), отряд двинулся правым берегом реки Кызыл-Суу и перешел ее вброд напротив урочища Бордаба. Отсюда 10 июля 1890 г. отряд выступил через перевал Кызыл-Арт и 12 июля был на реке Музкол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником Ионовым пошли на перевал Уз-Бель и озеро Рангкуль, а пехота с вьюками пошла на перевал Акбайтал. Затем пехота по реке Акбайтал вышла в долину реки Оксу, а оттуда в долину реки Аличур, где и остановилась, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал районы, принадлежавшие к Гиндукушу.
От озера Рангкуль Ионов отправился по реке Оксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Карачукура, поднялся по реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик русские арестовали английского лейтенанта Девинсона и отправили его под конвоем в Маргелан. А у Базаи-Гумбеза был арестован английский капитан Юнгхесбенд, с него Ионов взял письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.
После этого Ионов с казаками через перевал, названный его именем, перешел на южную сторону Гиндукуша и через перевал Болрогиль вернулся обратно в долину Вахандарьи к селению Сархад. Отсюда Ионов направился в долину реки Памир и 11 августа, выйдя через перевал Хзаргош в долину реки Аличур, соединился с пехотой у озера Яшилькуль, откуда и двинулся в обратный путь, в город Ош.
Отряд во время своего движения убедился, что население колеблется относительно своего подданства, и поэтому действовал тут, как на территории, бесспорно принадлежащей России – расставлял пограничные знаки, утверждал беков и т. д. Но после ухода русского отряда китайцы и афганцы опять начали хозяйничать в долинах рек Оксу и Аличур, что вынудило туркестанскую администрацию опять отправить в 1892 г. на Памир отряд под началом полковника Ионова.
Отряд был значительно увеличен. В его составе имелись 4 пехотные роты добровольцев, 3 сотни казаков из 6-го Оренбургского полка, двухорудийный взвод Туркестанской конно-горной батареи и команда саперов.
2 июня 1892 г. отряд Ионова выступил из Маргелана и 17 июня прибыл к озеру Рангкуль, где находился китайский отряд, бежавший при приближении русских войск. 27 июня отряд встал биваком на берегу реки Мургаб (Оксу) около слияния ее с рекой Акбайтал вблизи урочища Шаджан. Здесь Ионов получил сведения о нахождении афганского поста у впадения реки Аличур в озеро Яшилькуль и о готовящемся нападении китайской конницы на русский отряд в случае его движения к озеру.
Ионов решил действовать, он сам выступил против афганцев, а капитана Скерского выслал против китайцев. Скерский выбил китайцев из укрепления Ак-Таш в верховьях реки Оксу, а Ионов, после рукопашной схватки 12 июля, уничтожил афганский пост у Сума-Таша около озера Яшилькуль в долине реки Аличур.
25 июля Ионов двинулся в обратный путь на Мургаб (Оксу). Здесь, на месте прежнего бивака, он заложил укрепление и выслал капитана Скерского с полусотней казаков для рекогносцировки отдаленных районов Памира, где снова появились китайцы.
25 августа Ионов отправился обратно в Фергану, оставив в новом укреплении Шаджанский отряд (160 человек пехоты и 40 казаков) капитана Кузнецова. Кузнецов успокоил китайцев относительно неприкосновенности их территории и наладил с ними дружеские отношения.
Зима 1892/93 г. прошла спокойно. Весной 1893 г. афганцы начали стягивать войска к границам Бухары и производить рекогносцировки в Шигнане и Рушане, собирая с местного населения незаконную подать. Для прекращения произвола афганцев в этот район был послан штабс-капитан Ванновский с двумя офицерами и десятью нижними чинами. Афганцы бежали при появлении команды Ванновского.
В начале 1894 г. на Памир были отправлены подкрепления под командой уже знакомого нам полковника Ионова. В мае 1894 г. Ионов получил сведения о появлении вооруженных афганцев в Шигнане и Рушане и немедленно отправил туда два отряда: подполковника Юденича – по реке Гунт и капитана Скерского – по реке Шахдаре, до впадения обеих рек в Пяндж. В ту же сторону был выслан казачий разъезд капитана Александровича.
Шахдаринский отряд (12 человек пехоты, 20 казаков, 2 орудия) 22 июля прибыл к границе Шигнана, где был радостно встречен местным населением во главе с сыном правителя, присоединившимся к отряду. Однако, подойдя к крепости Рош-Кала 28 июля, отряд был встречен огнем. 31 июля Скерский направил к крепости два отряда, и афганцы покинули Рош-Кала и отошли на 12 верст от бивака русских.
К афганцам подошло подкрепление, но и к отряду Скерского подошла команда капитана Эттингена, у которого было 60 пехотинцев, 12 казаков и пара пусковых станков с 32 осколочно-фугасными ракетами.